Важнейший вклад в возрождение Православия на чешских землях во второй половины XIXXX веках внесла Русская Православная Церковь. В 1867 г. в Москве состоялась Всероссийская этнографическая выставка и Славянский съезд. В этих мероприятиях участвовала чешская делегация, возглавленная известным ученым-историком Ф. Палацким и видным общественным деятелем Ф. Ригером. В результате их переговоров с властями стало возможным переселение чешских эмигрантов в Российскую империю. В 18681874 гг. более 15 тысяч человек переселилось из Чехии на Волынь, где в дальнейшем большинство переселенцев приняло Православие.
В 1870 г. Первый Ватиканский собор провозгласил догмат папской непогрешимости, против которого среди католиков, в том числе чешских, возникла серьезная оппозиция. Некоторые чехи увидели ценности, которые Православие как «мирная и политически нейтральная конфессия» несет в себе.[21] Вскоре была создана Старокатолическая Церковь, вступившая в переговоры с Российской Православной Церковью. В это же время в июле 1870 г. первые 12 чехов обратились к митрополиту Санкт-Петербургскому и Новгородскому Исидору (Никольскому) с просьбой о принятии их в Православие.[22] В том же году в праздник Покрова Божией Матери в Свято-Троицком соборе Александро-Невской Лавры Владыка Исидор совершил чин присоединения чехов к Православной Церкви.[23] Известный поэт Аполлон Майков воспел это событие в своем стихотворении, которое прочитал после богослужения за братской трапезой. В начале XX века в Киеве и в Санкт-Петербурге возникли сообщества чехов и словаков, которые видели в Российской империи защитника своих интересов.
После освящения 4 августа 1874 г. в центре Праги русского храма во имя свт. Николая (Микулаша) Чудотворца и святых равноапостольных Кирилла и Мефодия члены его причта начали активную миссионерскую работу. Служившие в Праге русские священники наметили путь, которым пошло развитие чешского Православия после распада Австро-Венгрии и провозглашения независимой Чехословакии. Уже в 1870-е гг. протоиерей Александр Лебедев высказывался за перевод богослужебных текстов на чешский язык, творческое переосмысление гуситского наследия, выработку особого чешского варианта Православия, опирающегося на многовековые местные религиозно-культурные традиции. Его преемник о. Николай Апраксин осуществил перевод на чешский язык основных православных богослужебных и вероучительных текстов, выпустил свою редакцию чешского перевода Нового Завета и заложил традицию совершения в Праге православных литургий на чешском языке.[24]
Эти начинания активно поддержал и развил служивший настоятелем храма в 19011914 гг. известный миссионер протоиерей Николай Николаевич Рыжков. С 1903 г. он развернул особенно широкую миссионерскую деятельность в чешской среде и в последующие два года принял в православную веру более 300 чехов-старокатоликов (154 семьи). В том же 1903 г. пастырь начал преподавать Закон Божий на чешском языке, а затем издал православный катехизис на чешском. Он также добился утверждения чешского как литургического языка и права ведать церковными метриками для православных на территории Чехии. Однако создание отдельного прихода для чехов австро-венгерские власти не разрешили, усмотрев в распространении Православия опасность панславизма.
В 1903 г. в Праге при активном участии о. Николая Рыжкова было создано общество «Православная беседа». Его главная цель состояла в православной миссионерской деятельности среди чехов (организация лекций, издание православной литературы и т. д.). В 1905 г. «Православная беседа» насчитывала 76 членов, а к 1914 г. около 100, ее почетным председателем был бывший преподаватель Санкт-Петербургского университета, проживавший в Праге на пенсии Иосиф Антонович Шебор. В 1910 г. на чешских землях насчитывалось уже 1063 православных, в основном входивших в русскую общину.[25] В целом действия русского духовенства были направлены на создание целостной концепции православной миссионерской деятельности в чешской среде, и они добились в этом существенных успехов.
С началом летом 1914 г. Первой мировой войны австрийские консульства попытались мобилизовать своих подданных, в частности переселившихся в Россию чехов, сохранивших гражданство Австро-Венгрии. Но переселенцы не исполнили этого приказа, а уже имевшие российское гражданство чехи и словаки вступили в российскую армию. Часть других переселенцев, а также большое количество мобилизованных в австро-венгерскую армию и добровольно сдавшихся в плен чехов и словаков вошли в состав сформированного в Киеве Чешского легиона, в составе которого было православное военное духовенство. В самой Чехии в годы Первой мировой войны православных храмов не существовало, русская церковь в Праге была закрыта и «о религиозных нуждах православных чехов тайно заботились румынские священники».[26]