В отсутствие представителей Московского Патриархата в итоговый документ Комиссии была включена формулировка о роли Константинопольского Патриархата, которая уже опротестовывалась делегацией от Русской Православной Церкви на встрече в Белграде в 2006 году. Согласно данной формулировке, критерием единства со Вселенской Церковью на Востоке после разделения с Западом считалось общение с Константинопольским престолом, в то время как на Западе общение с Римом. В пункт 39 документа, посвященный авторитету Вселенских Соборов, было включено утверждение следующего содержания: «После разрыва между Востоком и Западом, сделавшего невозможным созыв Вселенских Соборов в строгом смысле слова, обе Церкви продолжали созывать соборы, когда возникали серьезные кризисы. На этих соборах сходились вместе епископы местных Церквей, находящихся в общении с Римским престолом, и соответственно, хотя это и понималось по-другому, с Константинопольским престолом»7.
По оценке, данной епископом Иларионом, указанная формулировка отвечала как интересам представителей Константинопольского Патриархата, так и Римско-Католической Церкви. Константинополь таким способом подчеркнул свой особый статус среди прочих Поместных Православных Церквей, а Рим попытался показать, что католическое учение о первенстве во многом схоже с православным.
Владыка Иларион также заявил, что, по его впечатлению, Константинопольский Патриархат сознательно подтолкнул московскую делегацию к выходу из диалога, дабы принять те решения, которые при участии Московского Патриархата были бы невозможны8. Будучи заинтересован в расширении православного понимания первенства во Вселенской Церкви, Константинопольский Патриархат стремится через посредство православно-католического диалога подчеркнуть роль Вселенского Патриарха как своего рода «восточного папы».
Русская Православная Церковь продолжила участие в работе Смешанной комиссии в 2009 году (Пафос, Кипр) и 2010 году (Вена, Австрия) на заседаниях, посвященных обсуждению очередного документа «Роль Римского епископа в церковном общении первого тысячелетия». В результате возникших разногласий Смешанная комиссия так и не смогла принять итогового документа на этих встречах.
В сентябре 2016 года в г. Кьети (Италия) XIV пленарная сессия Смешанной комиссии рассмотрела совместный документ «Соборность и первенство в первом тысячелетии: на пути к общему пониманию для служения единству Церкви»9. Благодаря активному участию Русской Православной Церкви в документе был отмечен ряд принципиальных моментов. В частности, было подчеркнуто, что порядок (taxis) пяти патриарших кафедр получил между IV и VII веками признание как основанный и утвержденный Вселенскими Соборами, в этом порядке Римская кафедра «занимала первое место и имела первенство чести» (п. 15); апелляции к епископу Римскому с Востока «выражали общение Церкви, однако епископ Римский не имел канонической власти над Церквами Востока» (п. 19). Документ был принят Смешанной комиссией, однако делегация Грузинской Православной Церкви сделала заявление, в котором выразила несогласие с отдельными параграфами документа10.
В июне 2008 года Архиерейский Собор Русской Православной Церкви принял определение «О единстве Церкви»11. В данном документе Собором была выражена глубокая озабоченность «в связи с тенденциями пересмотра канонической традиции, проявляющимися в высказываниях и действиях некоторых представителей Святой Константинопольской Церкви». В документе отмечалось, что отдельные иерархи и богословы Константинопольского Патриархата развивают новую экклезиологическую концепцию, согласно которой:
а) принадлежащей вселенскому Православию считается только та Поместная Церковь, которая состоит в общении с Константинопольским престолом;
б) Константинопольский Патриархат имеет исключительное право церковной юрисдикции во всех странах православного рассеяния;
в) в этих странах Константинопольский Патриархат единолично представляет мнения и интересы всех Поместных Церквей перед государственной властью;
г) любой архиерей или клирик, несущий служение за пределами канонической территории своей Поместной Церкви, находится под церковной юрисдикцией Константинополя, даже если сам этого не сознает, а следовательно, может при желании быть принят в эту юрисдикцию без отпускной грамоты (как это имело место в случае с епископом Василием (Осборном));