В сторону германцев
Ситуация на римско-германской границе всегда была неспокойной, а в конце пятого века ослабевшая римская власть уже не могла сдерживать натиск неспокойных соседей. В 488 году римский полководец Одоакр отдал приказ о выводе римских войск с прилегающей к Дунаю территории. Точно не известно, был ли приказ выполнен в полном объеме, вероятнее всего, часть римских поселенцев осталась. Но во всяком случае в 493 году власть над регионом уже полностью принадлежала остготам, которые начали тут селиться в массовом порядке. Между остатками римских поселенцев и вновь прибывшими на этот берег Дуная германскими племенами (остготами) происходил сложный процесс взаимодействия и взаимопроникновения, особенно большим успехом пользовались римские женщины, что собственно и позволило германцам называть себя в известном смысле потомками римлян.
Остготы сохранили построенные римлянами укрепления, поскольку они были нужны им самим для защиты своих границ от посягательств франков. Но уже в 536 году крепость Гунтия потеряла свое приграничное значение, поскольку остготы признали власть франков. Вероятно в это время здесь возник даже королевский двор (в средние века так назывались все места, где останавливался франкский король, передвигаясь по своим владениям). Полагают, что остатки этого двора сохранившиеся до наших дней фундаменты башни церкви Святого Мартина.
К 700 году относится первое упоминание крепости Райзенбург (Reisenburg), ныне расположенной в черте города: своеобразный путеводитель по Европе раннего средневековья «Равеннская география» говорит о ней как об одной из пяти важнейших крепостей на территории алеманнов (германцев) и называет «Ricinis».
Особая веха в истории Гюнцбурга 1065 год, к которому относится первое письменное упоминание о городе: немецкий король Генрих IV (10651106) подписал грамоту «ze Gunceburch». Наименование «Гунцебурх» это уже важный шаг от Гунтии к Гюнцбургу.
Генрих IV одна из самых крупных фигур немецкой истории. В 6-летнем возрасте он стал немецким королем, а с 1084 года почти до самой смерти был императором Священной Римской Империи Германской Нации. Это тот самый Генрих, чеь противоборство с папой Григорией VII,
завершившееся «стоянием в Каноссе» ярчайший эпизод европейского средневековья. Нетрудно подсчитать, что грамоту, связанную с Гюнцбургом, Генрих подписал в 15-летнем возрасте, имея уже почти 10-летний стаж пребывания на королевском престоле. Именно в этом году Генрих достиг со- вершеннолетия, вышел из под опеки матери, а в январе 1066 года даже женился. Таким образом, первое упоминание Гюн- цбурга в письменных источниках Германии относится именно к периоду начала собственного правления Генриха.
Гюнцбург и Габсбург
Вся территория Священной Римской Империи была разделена на отдельные феодальные владения. Есть сведения о том, что после 1280 года Гюнцбург относился к маркграфству Бургау. Линия маркграфов Бургау прекратилась со смертью Генриха III фон Бурга в 1301 году, после чего территория маркграфства перешла во владение их ближайших родственников Габсбургов.
Габсбурги быстро оценили удобное расположение города на магистральной линии, связывающей территории нынешних Австрии и Германии и далее до Франции. Уже в начале 14 века они начали интенсивную застройку нового района Верхнего города (Oberstadt), перенеся туда, на более высокое место, рынок, судебные учреждения, госпиталь и латинское училище. Нижний город, расположенный ближе к Дунаю, быстро потерял свое значение и затаил обиду, следы которой можно увидеть даже сегодня: уже в середине 20 века при реконструкции каменной мостовой Верхнего города каменщик, проживавший в Нижнем городе, вмонтировал в мостовую большой камень в форме задницы, желая тем самым показать, что думают «нижнегородцы» о «верхнегородцах».
Те, поначалу ничего не заметили, когда заметили, не сразу поняли, когда поняли, решили ничего не предпринимать и рассматривать данный камень не как оскорбление, а как достопримечательность для туристов. Так он и красуется до сих пор в центре Верхнего города.
В течение последующих двух веков город рос, все более приспосабливаясь к своему удачному географическому положению и приобретая типичные черты «маленького города у большого города». Единственным большим историческим событием стал разгром недалеко от Гюнцбурга войсками швабского союза крестьянского ополчения, насчитывавшего около 5000 человек, что произошло в ходе немецкой Крестьянской войны.