В 1990 году становится начальником Главного управления педагогического образования Министерства образования РСФСР, в 1992 году заместителем, а с 1993 года первым заместителем министра.
После слияния Министерства образования и Госкомитета по высшему образованию в 1996 году заместитель министра общего и профессионального образования, а затем в 2001 году первый заместитель министра образования. Курировал дошкольное и общее образование, педагогическое образование, повышение квалификации, издание учебной литературы и многое другое.
В 1999 году курировал эксперимент по введению Единого государственного экзамена.
В 2001 году был одним из членов рабочей группы по созданию проекта Концепции модернизации образования.
В 2004 году стал руководителем только что созданной Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки РФ (Рособрнадзор).
С 2008 года работает в Высшей школе экономики. В настоящее время возглавляет Центр мониторинга качества образования Института образования НИУ ВШЭ.
Автор более 150 научных работ по математике и педагогике. Награжден орденом Почета, почетными грамотами Президента РФ, Министерства образования РФ. В 2004 году признан «Учительской газетой» «Человеком года в образовании».
Точка зрения: «Главное не помнить формулы наизусть, а уметь понимать логику, учитывать меняющиеся условия, находить какие-то решения. Точную формулу всегда найти можно, а вот если логику не понимаешь, никакой интернет не поможет».
ЦИТАТААнатолий Каспржак:Я тогда был заместителем директора школы. А директором был очень хороший человек Наум Ефимович Сартан, ветеран войны. Он как-то нас собирает и говорит: так, у нас в прошлом полугодии был процент успеваемости 99,8. Значит, мы должны сделать 99,8. Мы можем не расти, но мы не должны упасть. У нас в школе столько-то учеников. Вот эти 0,2 процента это 8 человек. Теперь, товарищи учителя, выписывайте всех своих двоечников. Выписали. И теперь давайте обсуждать, сколько из этого списка кому мы поставим восемь двоек.
Я был потрясен. Хотя я понимал его. Я знал, что он абсолютно честнейший человек. Но ему некуда было деваться.
Школа вообще имела свое представление о том, что должен знать ученик. И к этому представлению готовили. Потому что был выпускной экзамен. Перепроверке подвергались только два вида этого экзамена письменная математика и сочинение. Значительная часть школ выходила из этой ситуации очень просто. Покупались одинаковые ручки и одинаковые тетрадки. И после того, как заканчивалось сочинение или математика, учителя математики или словесности оставались в классе и исправляли ошибки. А если в школе намечался золотой медалист, он приглашался, чтобы исправления были его почерком. И делался правильный балл. Так это было!
ИСТОРИЯ ИЗ ЖИЗНИКак родился поэт ЗелепукинУ меня был плохой почерк. И в школе, и в институте. Поэтому, как только отец купил пишущую машинку, чтобы отстучать на ней диссертацию, я стал тексты для газеты печатать.
Но выпускное сочинение по русскому языку и литературе нужно было писать от руки. И как я ни старался, далеко не все слова вышли разборчивыми. Поэтому вечером после того, как мы всем классом писали сочинения и у меня в боку образовался синяк из-за того, что я для подстраховки засунул за пояс жесткий том «Что делать?» Чернышевского, меня вернули в школу.
В классе меня заперли на ключ и дали тетрадные странички со фиолетовым штампом школы, отпечатанным в правом верхнем углу. В сочинении были подчеркнуты слова, к правописанию которых могла придраться районная комиссия. Ведь сочинения претендентов на медаль проверяли на уровне района (а, может, даже города). Я стал прилежно переписывать не самое выдающееся произведение.
На следующее утро меня снова вызвали в школу старался-то я старался, но текст все равно вышел не идеально четким. И я переписывал сочинение снова.
О том, что я в нем заложил мину замедленного действия, я тогда не подумал.
Сочинение было, естественно, про Великую Отечественную войну. По правилам того времени в сочинении нужно было привести три стихотворных отрывка, описывающих подвиг советских солдат. Два отрывка я вспомнил. А третий ну никак. И я стихотворные строчки нагло придумал. Но я никак не мог сообразить, какому поэту их приписать. Если известному то точно проколюсь. И под стихом я написал «Николай Зелепукин». Как раз незадолго до экзамена я купил его «Словарь шахматной композиции». Я рассудил так Зелепукин писатель, раз книжку выпустил. Но кто вспомнил жарким июньским летом, что именно он написал.