Когда по его молитве начали совершаться чудеса, праведный Иоанн воспринял это не как повод для гордости, а как новый тяжелый крест служения. «Я исповедовал пред Господом свое ничтожество и греховность и просил болящим исцеления. И Господь посылал милость Свою. Из этих случаев я прямо уже усмотрел волю Божию, новое себе послушание от Бога молиться за тех, кто будет этого просить», говорил он. Это послушание легло на плечи праведного Иоанна грузом множества людских болезней толпы жаждущих исцеления лишали его отдыха и сна. В горчичном зерне (Мф. 17, 20) своей крепкой веры Кронштадтский чудотворец не видел ничего особенного, считая, что быть услышанным Господом способен каждый христианин: «На молитве всегда твердо верь и помни, что каждая мысль твоя и каждое слово твое могут быть делом. Все силы и чудеса совершает Дух Святой. Тем же Духом подаются иному силы, другому действия сил. Ты только говори с верою, совершение слова не твоя забота, а Духа Святого».
Слепые прозревали, как только праведный Иоанн промывал им глаза святой водой. Он осенял страждущих крестным знамением и вставали на ноги паралитики, обретали здравый рассудок буйнопомешанные. К нему шли телеграммы с просьбами о помощи, и, когда святой Иоанн становился на молитву, за тысячи километров от него возвращались к жизни умирающие.
Громкая слава его деяний распространялась среди богатых, вельможных, власть имущих. Блестящий молодой юнкер ради «дворянской чести» прострелил себе грудь и был спасен молитвою Кронштадтского праведника. Красавица из придворных кругов княгиня Юсупова умирала от заражения крови и выздоровела после совершённого святым Иоанном молебна: свидетель чуда знаменитый профессор Боткин заплакал и сказал: «Уж это не мы сделали». Кронштадтский пастырь провожал в последний путь императора Александра III Миротворца (18451894): держал руку на голове царя, тем смягчая его предсмертные мучения.
Потрясавшие «культурный» мир свидетельства о его чудесах насчитывались сотнями, оставшиеся неведомыми миру десятками тысяч. Прославленный Кронштадтский пастырь с одинаковой любовью по первому зову спешил и во дворец вельможи, и в лачугу бедняка помочь страдающему человеку. «Будь благопослушен сердцем, словом и делом во всякое время на служение другим», призывал он и сам оставался неизменно верен этому завету. Для себя праведный Иоанн не искал ничего. Через его руки проходили миллионы рублей, жертвуемые облагодетельствованными им богачами, он передавал эти деньги на нужды Церкви или помогал обездоленным. После кончины праведника обнаружилось, что все его земное достояние книги и рукописи.
Очевидцы рассказывают, как протекали земные дни Кронштадтского пастыря: «День свой батюшка начинал чтением канона дневному святому за утреней. Литургию он служил ежедневно. За проскомидией приносили большую корзину с просфорами. Сослужившее духовенство подавало ему просфоры, он быстро вынимал частицы и, поминая, бросал просфоры в пустую корзину, громко молясь: Помяни, Господи, заповедавших мне молиться. Лицо его светилось молитвой. И этого было достаточно для исцеления. Когда приближалось время Пресуществления Святых Даров, он чувствовал приближающегося Христа, голос его дрожал, и его благодатный трепет передавался всем. После Литургии батюшка шел в созданный им приют бедняков Дом Трудолюбия. Оттуда он ехал в Петербург посещать больных. Вернувшись вечером, он разбирал письма и телеграммы до поздней ночи».
Одухотворяемый любовью, вершил святой Иоанн подвиг служения Богу и людям, и горячо полюбил своего пастыря русский народ Божий. Но были и люди, которые бешено ненавидели дышавшего любовью праведника. Эти враги святости, возомнившие себя духовными вождями России, горделиво называли себя интеллигентами.
Сам праведный Иоанн Кронштадтский был интеллигентом в высоком смысле этого слова: человеком тонким, мудрым и многознающим. В своих дневниках он признается, что постоянно вникает в тайны природы и истории, изучает законы ума и речи человеческой, прочел множество книг и не может насытиться знанием. Но из всех наук черпал он указания истины и премудрости Божией. Постигая мироздание, святой Иоанн понимал, что духовную жажду способен утолить только Христос Спаситель Источник «воды вечной жизни» (ср. Ин. 4, 14). Предостерегая от извращений человеческого ума, праведный Иоанн говорил: «При образовании чрезвычайно вредно развивать только рассудок, оставляя без внимания сердце. Сердце жизнь, но жизнь, испорченная грехом. Нужно очистить этот источник жизни, нужно зажечь в нем чистый пламень жизни, так чтобы он горел и не угасал и давал направление всем мыслям, желаниям и стремлениям человека. Общество растлено именно от недостатка воспитания христианского. Пора понять Господа, чего Он от нас хочет: именно, он хочет чистого сердца».