Наконец, выбор церковных иерархов и великого князя Василия III (14721533) пал на Макария и оказался весьма удачным. Прибыв на сложную кафедру, новый архиепископ, хотя и был уроженцем Москвы, очень быстро расположил к себе всех жителей города, даже убежденных противников всего московского. Да и как было не полюбить этого мудрого, смиренного и в то же время весьма деятельного пастыря? За короткий срок святителю Макарию удалось полностью восстановить и наладить церковную жизнь в своей епархии; его трудами была восстановлена и благоукрашена главная новгородская святыня Софийский собор, к тому времени сильно обветшавший. Кроме того, в городе было возведено множество новых храмов, налажена монастырская жизнь: в большинстве новгородских монастырей указом архиепископа был введен общежительный устав, после чего число монахов начало быстро расти. Святитель всячески покровительствовал традиционным церковным искусствам Великого Новгорода иконописи и изготовлению церковной утвари. При нем новгородские мастерские достигли своего расцвета и обогатили Русскую Церковь настоящими произведениями искусства Видя такие усердные труды нового архиепископа на благо Новгородской епархии, даже у самих новгородцев, скептически настроенных к «московскому ставленнику», вскоре исчезло всякое недоверие к святителю, сменившись искренним уважением и сыновней любовью.
Впрочем, заботился святитель не только о новгородцах. В его обширную епархию входили и северные земли, в свое время разведанные и отчасти колонизированные Великим Новгородом, где все еще обитало немало племен, не просвещенных Светом Христовым. Конечно, такой ревностный пастырь, каким был святитель Макарий, не мог оставить и эту часть своей паствы без должного попечения. Его трудами было организовано обширное миссионерское движение, занимавшееся христианской проповедью среди северных язычников. Святитель сам готовил, рукополагал и посылал в северные пределы своей епархии священников-миссионеров. В числе этих просветителей духовных детей святителя Макария были такие известные миссионеры, как преподобный Трифон Печенгский (14951583), получивший от святителя, помимо собственно благословения на проповедь среди язычников, благословенную грамоту, антиминс, священные сосуды и книги, и преподобный Феодорит Кольский (14811571), получивший от архиепископа Макария благословение проповедовать Христа лопарям на их родном языке. Значение трудов этих миссионеров в приобщении северных племен к христианской вере, а также и в их культурном развитии трудно переоценить, и в немалой степени их успехи были заслугой святителя Макария.
Находясь на Новгородской кафедре, святитель Макарий приступил и к главному труду своей жизни, оставшемуся в церковной истории неразрывно связанным с его именем и послужившему не одному поколению русских православных людей, составлению Великих Четьих Миней, получивших впоследствии название Макарьевских.
Традиционные четьи минеи то есть «собрание текстов для чтения на каждый день месяца» представляли собой сборники душеполезных текстов, в основном житий святых, собранных воедино и расположенных в соответствии с днями года. В то время по Руси ходило множество самых разных списков житий и духовной литературы; списки эти были разрозненными, несистематизированными, нередко в текстах встречались ошибки и неточности Заботясь о просвещении и духовном назидании своей паствы и вообще всего православного люда, святитель Макарий решил приняться за поистине титанический труд: собирание воедино, исправление и должную систематизацию не только житий святых, но и вообще всех православных произведений церковно-повествовательного и духовно-учительного характера, существовавших в те годы на славянском языке.
В Великие Макарьевские Четьи Минеи вошли как произведения греческих, латинских и ближневосточных богословов, переведенные на славянский язык, так и творения собственно древнерусских церковных писателей: «Слово о Законе и Благодати» митрополита Илариона, труды епископа Кирилла Туровского, иеромонаха Пахомия Серба и многих, многих других. Святоотеческие и богословские творения были расположены в соответствии с днями каждого месяца, тут же помещались жития святых, чья память праздновалась в этот день. В конце Миней были помещены различные сборники душеполезных изречений и повествований: «Златоструй», «Пчела», «Маргарит» и другие. Все тексты, вошедшие в Великие Четьи Минеи, не просто собирались и переписывались, но и тщательно редактировались с учетом древних греческих и славянских текстов, благо в Великом Новгороде были богатые библиотеки, и недостатка в материалах для работы у святителя Макария и его помощников не было.