Воспользовавшись этой передышкой, Петр смог собрать новую армию и осадил Нотебург. Осада с непрерывным артиллерийским обстрелом длилась несколько дней, сам же штурм продолжался 13 часов и стоил жизни многим русским солдатам. В штурме отличилась Семеновский и Преображенский полки, князь Михаил Голицын и Александр Данилович Меншиков. Переправившись на лодках под огнем неприятеля, русские поднялись на стены крепости и захватили ее. Легенда гласит, что Петр, видя отчаянное положение штурмовавших, дал приказ об отступлении, но князь Голицын ответил вестовому: «Скажи Государю, что теперь я принадлежу не Петру, а Богу», и приказал оттолкнуть лодки от берега, чтобы солдаты не помышляли о бегстве. Так или иначе, а Нотебург был взят и получил новое название Шлиссельбург, т. е. Город-ключ, так как теперь последние «ворота» на пути к Ниену были открыты. После взятия русскими войсками Нотебурга шведское командование в октябре 1702 г. эвакуировало население Ниена, а город сожгли.
Русские войска осадили Ниеншанц 1 мая 1703 г., и после жестокой бомбардировки гарнизон крепости сдался. Осмотрев укрепления, Петр увидел, что город «не гораздо крепок от натуры», и повелел строить новую крепость, но не на прежнем месте, а на одном из островов в дельте Невы. Почему он принял такое решение?
Возможно, причиной послужило появление 2 мая в Финском заливе близ устья Невы шведской эскадры под командованием адмирала Нумерса. Шведы пришли на помощь осажденной крепости, еще не зная, что она сдалась. Какое-то время русским удалось продержать шведов в неведении, подавая им сигналы выстрелами пушек, 6 мая от эскадры отделились высланные на разведку десятипушечный бот «Гедан» («Щука») и восьмипушечная шнява «Астрильд» («Звезда»). Однако они не успели до наступления темноты войти в Неву и встали на якорь в ожидании рассвета. Ночью тридцать лодок под командованием Петра и Меншикова взяли на абордаж два отделившихся шведских корабля, после чего эскадра Нумерса отошла от берега, но оставалась в Финском заливе до конца лета.
Петр очень гордился этой вылазкой, назвал ее «никогда бываемой викторией» и считал первой победой России в морском сражении. Он велел отчеканить для участников боя специальные медали: офицерам золотые, а солдатам серебряные. На одной стороне медали был портрет Петра I, а на другой фрагмент боя и надпись: «Небываемое бывает. 1703». По правительственному заказу изготовили гравюры с изображением взятых судов и видом боя. Тем не менее, этот случай показал ему, что крепость, отодвинутую от побережья на материковую часть, будет легко блокировать с моря. Неприятельские корабли могли высадить десант на одном из островов дельты и закрепиться на нем. Для шведов такая угроза была не актуальна они в тот период владели самым мощным флотом на Балтике. Но российский флот еще только предстояло построить, и если Петр рассчитывал основать верфь в устье Невы, она нуждалась в прикрытии артиллерией. Поэтому русскую крепость решили основать в том месте, где Нева делилась на два широких рукава, на Заячьем острове. Закладка крепости состоялась 16 (27) мая 1703 г., в день Святой Троицы. Одновременно Петр отдал приказ строить крепость на острове Котлин в Финском заливе форпост, предназначенный защищать строящийся порт и корабельные верфи.
Через узкий канал, отделявший Заячий от будущего Петербургского острова, напротив Меншикова бастиона, построили плашкоутный мост, настил которого помещался на плавучих опорах широких плоскодонных лодках (плашкоутах), закреплявшихся на месте якорями или специальными оттяжками с берега. Такая технология будет широко применяться для строительства мостов в первые годы существования Петербурга и вплоть до начала ХХ в.
Иоанновский мост Петропавловской крепости. Современное фото
В 1706 г. на его месте построили новый, «в двух местах подъемный деревянный мост». В «Описании Санкт-Петербурга и Кронштадта в 1710 и 1711 годах» отмечено, что от крепости ведет «прекрасный, в двух местах подъемный деревянный мост, имевший около 300 шагов в длину». Этот мост хорошо различим на карте 1712 г. До наших дней он, разумеется, не сохранился, но именно его по праву можно назвать первым мостом Петербурга.
Позже, в 1738 г., когда стало ясно, что крепости не придется участвовать в боях и выдерживать осады, мост перенесли выше по течению, напротив Иоанновского ревелина. Береговые пролеты нового моста стояли на каменных арках, а центральную часть было решено «для чрезвычайной глубины построить на сваях, с подъемным постом». Впоследствии отдельные части моста неоднократно заменялись, но только в середине ХХ в. деревянные прогоны были окончательно заменены металлическими балками, мост украсили торшеры с фонарями и он приобрел современный вид. До 1887 г. мост назывался Петровским, позже его переименовали в Иоанновский.