Между тем в самом Хлынове труды вятского архипастыря нередко натыкались на сопротивление местных воевод и земских старост, пытавшихся незаконно вмешиваться в дела архиерея и захватить часть церковных владений. Дошло до того, что в 1681 г. в Хлынове были убиты подьячий Архиерейского дома Василий Селиванов и келейник владыки Дмитрий Васильев, приехавший с владыкой из Тихвинского монастыря. Преступники были найдены и наказаны, но пять лет спустя, когда в Хлынов был назначен новый воевода стольник А. И. Леонтьев, делу был дан новый ход. Леонтьев по каким-то причинам невзлюбил архиерея, называл его «чернецом», перестал ходить в храм даже на «государски праздники» и, чтобы досадить владыке, обвинил в гибели келейника его племянника Никиту Тугаринова (14, С. 218219). Преосвященному Ионе пришлось искать защиты у царей Иоанна V и Петра I, которые решили этот конфликт в пользу Церкви и урезонили хлыновского воеводу, повелев ему «в духовность ни во что не вступатца». Причем не только на Вятке, но в других землях царский указ от 25 сентября предписывал разослать такие же грамоты в другие города «ево братье иным архиереом» (РГАДА. Ф. 233. Оп. 1. Д. 285. Л. 356 об.-357 об.).
Последние годы жизни архиепископ Иона болел. Чувствуя приближение кончины, он сам определил место своего погребения в ризнице Свято-Троицкого кафедрального собора, на правой стороне, у стены, и приготовил гробницу, о которой «Росписи келейным предметам и вещам архиепископа Ионы», сделанной за три года до его кончины, сообщается, что для архиерея устроен «гроб и выкладен кирпичом, и покрыт камнем» (29, С. 211).
8 (21) октября 1699 г. архиепископ Иона преставился ко Господу. Примечательно, что это произошло в день памяти прп. Трифона Вятского, для прославления которого так много сделал вятский святитель. В своем «Духовном завещании», которое не раз публиковалось и стало широко известно не только на Вятке, но и всем нашем Отечестве, архиепископ Иона воздавал хвалу Богу, призвавшего его к трудам по устроению Вятской епархии. При этом любовь деятельного и требовательного владыки была настолько велика, что простиралась не только на его верных соработников, но также на тех современников, которые, по правилам Святых Апостолов, были запрещены им в служении или не допущены к Святому Причастию и так, не получив архиерейского разрешения, скончались. Святитель Иона писал, что прощает всех и будет просить Милостивого Бога вселить их в селении праведных, вместе со святыми (3, С. 1422).
В 1771 г. над захоронением архиепископа Ионы в Свято-Троицком Кафедральном соборе было устроено надгробие, эпитафия на котором свидетельствовала о почитании почившего архипастыря православным народом:
«Здесь телом на трудах Иона почивает,
но дух его в странах небесных пребывает.
Воздвигнув в честь Творца великолепный храм,
воздвигнул ищущим спасения душам
обители, нестройств житейских удаленны.
И сам, имев всегда дух к Богу воспаренный,
достоин, наконец, сей пастырь был того,
чтоб Вышний преселил в рай сладости его» (30, С. 139).
Знаменательно, что святитель окончил свой земной путь в день памяти прп. Трифона Вятского, ради прославления которого он так много потрудился. Неслучайно в последующее время их почитали вместе, совершая панихиды и прося о помощи. Записывались и чудеса, совершавшиеся по молитвам к святителю Ионе.
Известный афонский подвижник иеросхимонах Сергий (Святогорец), уроженец Вятской земли, писал о том, как однажды художник Х. тяжело заболел, и врачи не давали ему надежд на выздоровление. Однажды вечером во время бодрствования он услышал у изголовья кровати голос: «Отслужи панихиду по владыке Ионе и будешь здоров». Больной кликнул жену: «Кто у нас сейчас был?». Она отвечала: «Господь с тобою, никого». Всю ночь художник крепко спал, а наутро пришел в кафедральный собор и попросил отслужить панихиду по владыке Ионе, после чего вскоре окончательно поправился (31, С. 517518). Также в 1840-е гг. сохранилось свидетельство о том, что многие почитали его врачом от зубных болезней, исправляя на его могиле панихиды (32).
В годы гонений на Церковь Христову Свято-Троицкий кафедральный собор г. Вятки был разрушен. Мощи святителя Ионы вместе с останками других погребенных при этом соборе архиереев извлекли из земли и увезли (11, С. 6377; 33, 34, С. 7284). Но, милостью Божией, они не пропали, в 2015 г. были вновь обретены и привезены в г. Киров (Вятку) ради более широкого почитания святителя, так много потрудившегося для Православной Вятки.