Берг-коллегия горно-металлургическое дело (горно-заводская промышленность).
Мануфактур-коллегия лёгкая промышленность (мануфактуры, то есть предприятия, основанные на разделении ручного труда).
Юстиц-коллегия ведала вопросами гражданского судопроизводства (при ней действовала Крепостная контора: регистрировала различные акты купчие, о продаже вотчин, духовные завещания, долговые обязательства). Занималась гражданским и уголовным судом.
Духовная коллегия, с 1721 года Святейший Правительствующий синод, управляла церковными делами, заменила патриарха и Соборы РПЦ. В состав этой коллегии вошли представители высшего духовенства. Поскольку их назначение осуществлялось царём, а решения им утверждались, можно сказать, что российский император стал фактическим главой Русской православной церкви. Действия Синода от имени высшей светской власти контролировал обер-прокурор гражданский чиновник, назначаемый царём. Особым указом Пётр I приказал священникам нести просвещенческую миссию среди крестьян: читать им проповеди, наставления, учить детей молитвам, воспитывать у них почтение к царю и церкви.
Малороссийская коллегия осуществляла контроль за действиями гетмана, которому принадлежала власть на Украине, ибо там был особый режим местного управления. После смерти в 1722 году гетмана И. И. Скоропадского новые выборы гетмана были запрещены, а гетман впервые был назначен царским указом. Коллегия возглавлялась царским офицером.
Областная реформа
В 17081711 годах была проведена областная реформа с целью укрепления вертикали власти на местах и лучшего обеспечения армии снабжением и рекрутами.
В 1708 году страна была разделена на 8 губерний во главе с губернаторами, наделёнными всей полнотой судебной и административной власти: Московскую, Ингерманландскую (впоследствии Санкт-Петербургскую), Киевскую, Смоленскую, Азовскую, Казанскую, Архангелогородскую и Сибирскую. Московская губерния давала более трети поступлений в казну, за ней шла Казанская губерния. Губернаторы также ведали расположенными на территории губернии войсками.
В 1710 году появились новые административные единицы доли, объединявшие 5536 дворов. Первая областная реформа не решила поставленных задач, а лишь значительно увеличила число государственных служащих и затраты на их содержание.
В 17191720 годах была проведена вторая областная реформа, ликвидировавшая доли. Губернии стали делиться на 50 провинций во главе с воеводами, а провинции на дистрикты во главе с земскими комиссарами, назначаемыми Камер-коллегией. В ведении губернатора остались только военные и судебные дела.
Судебная реформа
При Петре I радикальным изменениям подверглась судебная система. Функции верховного суда получили Сенат и Юстиц-коллегия. Ниже их находились: в провинциях гофгерихты, или надворные апелляционные суды в крупных городах, и провинциальные коллегиальные нижние суды. Провинциальные суды вели гражданские и уголовные дела всех категорий крестьян, кроме монастырских, а также горожан, не включённых в посад. Судебные дела горожан, включённых в посад, с 1721 года вёл магистрат. В остальных случаях действовал так называемый единоличный суд (дела единолично решал земской или городовой судья). Однако в 1722 г. нижние суды были заменены провинциальными судами, возглавляемыми воеводой. Также судьи были отделены от администрации.
Контроль над деятельностью государственных служащих
Для контроля за исполнением решений на местах и уменьшения повальной коррупции с 1711 года учреждалась должность фискалов, которые должны были «тайно проведать, доносить и обличать» все злоупотребления, как высших, так и низших чиновников, преследовать казнокрадство, взяточничество, принимать доносы от частных лиц. Во главе фискалов стоял обер-фискал, назначавшийся императором и ему подчинявшийся. Обер-фискал входил в состав Сената и поддерживал связь с подчинёнными фискалами через фискальный стол канцелярии Сената. Доносы рассматривала и ежемесячно докладывала Сенату Расправная палата особое судебное присутствие из четырёх судей и двух сенаторов (существовала в 17121719 гг.).
В 17191723 гг. фискалы подчинялись Юстиц-коллегии, с учреждением в январе 1722 г. должности генерал-прокурора были поднадзорны ему. C 1723 г. главным фискалом стал генерал-фискал, назначаемый государем, его помощником обер-фискал, назначаемый Сенатом. В связи с этим фискальская служба вышла из подчинения Юстиц-коллегии и вновь обрела ведомственную самостоятельность. Вертикаль фискального контроля была доведена до уровня города.