Преподобный Иоанн так давно не видел людей, что при появлении племянника сначала принял его за привидение, диавольский мираж. Однако, узнав, что пришелец родной ему по духу и крови и так же, как он, взыскал пустыни ради душевного спасения, Рыльский пустынник возрадовался великой радостью. Два ревнителя, опытный и юный, разделили труды и слили свои молитвы в едином порыве ко Всевышнему. Но утешение чувствовать подле себя родную душу было даровано преподобному Иоанну лишь ненадолго. Отец святого Луки пошел по следам исчезнувшего сына и, ведомый страстной и слепой родительской любовью, тоже нашел пещеру. Он ворвался в приют отшельников, изрыгнул на младшего брата поток бешеной брани, скрутил сына и силой повлек его за собой через чащу, повторяя: «Домой, домой!» Но истинный дом святого Луки был на небесах. Внезапно из-под ног юноши выскользнула змея и укусила его; он затрепетал в руках отца и с тихой улыбкой на устах скончался. Несчастный отец окаменел от горя, а потом, когда к нему вернулась способность мыслить, понял, что натворил, пытаясь заградить сыну избранный им путь высокого благочестия. Он добился лишь того, что Всевышний сократил этот путь святого Луки, так рано забрав его к Себе в вечную жизнь. Отец взял тело юноши на руки и понес его обратно в пещеру; там он принес покаяние в горькой своей вине перед духоносным младшим братом. Вместе братья похоронили ставшего общим для них сына: мирянин кровного, подвижник духовного. Могила праведного юноши сделалась для Рыльского пустынника местом молитвы: как прежде, сливались их славословия Всеблагому Создателю, только преподобный Иоанн возносил их еще на грешной земле, а святой Лука уже в чертогах небесных.
Неведомо, по какому внушению свыше через несколько лет преподобный Иоанн переселился из сырой пещеры в более необычное убежище: кельей его стало дупло огромного дерева. Душа подвижника оставалась юной, но тело его старело, и такая пища, как дикие травы, становилась для него слишком грубой. В помощь верному Господь ниспослал «маленькое чудо»: поблизости вырос горох, сладкие зерна которого показались отшельнику райским лакомством. Тогда же Всевышний наделил Своего избранника еще одним, уже не материальным, а духовным дарованием (то был благодатный дар слез, которые уже постоянно струились из очей преподобного Иоанна) сострадательной молитвой о прощении грехов родного народа и всего мира.
Каким жалким может показаться житие Рыльского духоносца «умникам века сего», которые видят смысл жизни своей в достижении богатства и комфорта, в наслаждении «благами цивилизации», в том, чтобы всячески тешить свои страсти и похоти! На самом же деле дупло дерева, в котором обитал преподобный Иоанн, было несказанно уютнее их роскошных апартаментов, а его горох несравненно вкуснее всех их деликатесов, ибо даже земные блага приносят настоящую радость, только если принимаются с благодарностью Всевышнему, иначе же за ними следуют оскомина и тошнота, они становятся отравой, могущей навеки погубить душу и обречь ее адским мучениям. Любителям мирских удовольствий, копошащимся в смертном мусоре и гоняющимся за смертными миражами, и не снилось то совершенное счастье, которое уже на земле вкушал Рыльский отшельник в уединении со своим Богом Спасителем. Мирские «умники» на самом деле несчастные безумцы; поистине же мудрыми умудренными Всеведущим Создателем являются и в этом мире, и в вечности праведники. Светоч Русской Церкви святой праведный Иоанн Кронштадтский, чьим Небесным покровителем был духоносец Рыльской пустыни, говорит о просветленном святостью разуме:
«Христианские святые были истинно великие философы, то есть любомудры, и истинно великие богословы и великие деятели на пользу и спасение своим душам и всем христианам; в них была непрестанная, сильная работа мысли, сердца и воли; они соединяли в себе видение с деянием, то есть созерцание ума и деятельность, и чем больше они созерцали Бога и Его вечные правду и святость, благость и любовь, тем на высшую степень любви к Богу восходили.
Святой равноапостольный Кирилл, учитель славянства, вслед за древними святыми отцами определил философию как познание вещей Божиих и человеческих. Святые, просвещенные и наученные Богом или словом Божиим, знали действительную цену вещам или делам Божиим и человеческим, духовным и мирским, чувственным и материальным; они поняли, что грехи и беспорядки в жизни человеческой, удаление от истинного источника жизни Бога и погибель людей временная и вечная происходят от привязанности или пристрастия к миру, к многострастной плоти, к вещам тленным, преходящим, к своему близорукому плотскому разуму; что наша жизнь, наш мир душевный, наш свет, наша сила, наше исцеление, наше истинное блаженство в Боге и в исполнении Его святой воли и святых Его заповедей; что всё в мире суета сует, всё, чем мы прельщаемся в мире и от чего бедствуем, есть похоть плоти, похоть очей и гордость житейская; что все это не от Бога, а от мира сего грешного и от диавола, который царствует в мире, а потому они самым делом, самою жизнью своею поучали и поучают, как презирать плоть со страстями и похотями как преходящую, смертную, губительницу души, а заботиться всеми силами, прилежать о воспитании и усовершенствовании во всякой добродетели души бессмертной. И они всю жизнь изнуряли свою греховную плоть постоянным воздержанием и постом, бдением или бодрствованием и трезвением, умным созерцанием и молитвою; обучали себя всякой добродетели: кротости, смирению, послушанию, терпению, воздержанию, нестяжанию, целомудрию, совершенной любви к Богу и ближнему. И не напрасны были их созерцательные и деятельные подвиги: они достигли совершенства во всякой добродетели и вечной жизни и получили свидетельство о своей богоугодной жизни от Самого Бога, почивая и по смерти нетленно своими труженическими телами и источая всякие чудеса с верою приходящим к ним.