Вернувшись в свое село, пастухи рассказали о том, что нашли отшельника-чудотворца. Стоустая молва разнесла эту весть по всему краю и отовсюду люди начали приводить к преподобному Иоанну своих больных родственников: надежда на их исцеление заставляла позабыть страх перед дикими зверями и дикими дебрями. Смиренный отшельник пытался отклонить от себя честь и славу чудотворца: всем приходящим он говорил, что их требования для него непосильны, не немощный человек, а лишь Всемогущий Господь может даровать исцеление. Но зрелище человеческого горя и неотступные просьбы о помощи трогали любвеобильное сердце подвижника, и он становился на молитву. Да, конечно, исцеление посылает не человек, а Бог, но преподобный Иоанн стал другом Божиим, Всевышний внимал ему, потому по молитвам Рыльского старца прозревали слепые, распрямлялись сгорбленные, бесноватые приходили в здравый разум. Народ славил чудотворца, и сама Рыльская пустыня, где он подвизался, увиделась святым местом, притягивавшим к себе: там, где была дикая чащоба, теперь прокладывались тропы, прорубались просеки, строились человеческие жилища, пустыня преображалась в благоустроенную цветущую область.
Но самому пустыннику все тяжелее становилось терпеть нашествие поклонников, приносивших с собой дыхание греховного мира и смущавших его высокий покой; для его смирения все невыносимее становился окутывавший его «смрад мирской славы». Сам болгарский царь Петр I Симеонович (927969) узнал, что в его стране появился дивный чудотворец Господень, и пожелал встретиться с ним. Когда царские посланцы явились к преподобному Иоанну с этим известием, он молча поклонился им, написал письмо, запечатал его и отдал послам для передачи правителю. В письме значилось: «Скудоумный худой монах недостоин видеть лицо царское». Внимание царя стало последней каплей, переполнившей чашу терпения смиренного духоносца. Он покинул древесное дупло, так долго служившее ему сладчайшим убежищем, нашел высокую и крутую, почти отвесную скалу и поднялся на вершину, куда не доносились голоса человеческие и куда долго не отваживались взбираться никакие смельчаки. Там под открытым небом то под палящим солнцем, то под дождем, то под снегом в кажущемся обычному человеку невозможном подвиге столпничества подвизался преподобный Иоанн еще семь лет и четыре месяца.
А тем временем в пещере, бывшей первоначальным местом подвигов Рыльского пустынника, стали селиться ревнители благочестия, вдохновленные его образом на иноческое житие. Но чем многочисленнее
становилась братия пещерной обители, тем острее чувствовалась их нужда в духовном наставнике и руководителе, который мог бы научить всех бороться с искушениями, служить Господу в чистоте и святости. Они решились идти к преподобному Иоанну и молить его стать их игуменом. Этим братьям во Христе, карабкавшимся к нему на скалу взывавшим не об исцелении своих все равно обреченных смерти тел, а о спасении своих бессмертных душ, богоносный подвижник не мог отказать. Он спустился со скалы, чтобы стать им любящим и мудрым духовным отцом. Всего пять лет наслаждалась братия лицезрением и советами преподобного Иоанна. 18 августа 946 года по Рождеству Христову светлая его душа мирно отошла в Царство Небесное, а опочившее от земных трудов тело старца с честью похоронили духовные дети. Свято сберегали ученики советы своего богоносного наставника: «Страх Божий и чистоту душевную и телесную, любовь нелицемерную, страннолюбие, послушание с покорением, пост и молитву, пищу и питие немятежно имети; супротивословия удалятися и ничтоже вменяти, наипаче же смирением украситеся» и сумели передать эти заветы последующим поколениям иноков. Так основывался великий Рыльский монастырь во имя преподобного Иоанна, ставший в веках твердыней болгарского православного духа.
Одно из самых чудовищных явлений лежащего во зле мира зрелище того, как в братоубийственных войнах сталкиваются даже народы, исповедующие имя Христово, призванные Спасителем к святой взаимной любви. Даже после Крещения Болгарии еще около восьмидесяти лет продолжались ее кровавые распри с Византией. Наконец в 927 году был заключен мирный договор: именно тогда Константинопольская Патриархия утвердила за предстоятелем Болгарской Церкви звание Патриарха, а византийский император признал царский титул Петра Симеоновича, правившего Болгарией.
Однако прошло еще полвека, и в Византии вновь возобладали имперские амбиции стремление не к дружбе, а к господству над братской православной страной. Император Иоанн Цимисхий (925976) завоевал Восточную Болгарию. В этот-то тяжелый для его Родины час преподобный Иоанн Рыльский зримо явился своему народу, чтобы утешить, ободрить и вдохновить его. Рыльский духоносец предстал в видении перед иноками своей обители и повелел им вскрыть его могилу и перенести его тело в Средец, ставший столицей сохранившего свободу Западно-Болгарского царства, куда переместил свою кафедру Болгарский Патриарх Дамиан (927971). Тело подвижника, пролежавшее в сырой земле тридцать шесть лет, было обретено нетленным и благоуханным. По завету преподобного Иоанна, чудотворные его мощи были перенесены в Средец, где святыню встречал ликующий народ, и, по молитвам верных, к великому их утешению, у честных мощей Рыльского игумена во множестве стали совершаться чудеса исцелений, благодатной помощи страждущим и обремененным.