Это мнение в отношении российских окраин явно не совпадало с официальным и вызывало у властей негативную реакцию. Ну, а общественная деятельность, которую Н. Ядринцев вместе с Г. Потаниным вели в Томске (устраивали чтения нелегальной литературы на тайных собраниях передовой томской молодежи, организовывали сбор средств в пользу ссыльных и т. п.) только усиливало ее и усугубляла их положение. Как следствие новый арест друзей-единомышленников в мае 1865 года по обвинению в попытке создания независимой Сибири, после которого Н. Ядринцева отправляют сначала в омскую каторжную тюрьму, а в 1868 году высылают в город Шенкурск Архангельской губернии.
Но и здесь творческая деятельность Н. Ядринцева не угасает. Он продолжает много думать и писать о Сибири. Активно сотрудничает с «Камско-Волжской газетой», журналом «Дело». Публикует ряд статей о заключенных в сибирской каторге и ссылке, которые легли в основу его книги «Русская община в тюрьме и ссылке» (1872).
Книга эта стала выдающимся научным, историческим исследованием русского тюремного быта. Главной же своей задачей при освещении сибирской каторги и ссылки Н. Ядринцев, отстаивая принципы глубоко правдивого (пусть подчас и нелицеприятного) изображения Сибири, считал разрушение в сознании читателей традиционного представления о ней лишь как о крае снегов, морозов и острогов.
За образец Н. Ядринцев взял книгу «Записки из Мертвого дома» Ф. Достоевского, последователем которого, собратом по духу и судьбе он себя считал. И вполне правомерно. Попав в омскую каторжную тюрьму, Н. Ядринцев оказался, по существу, в тех же условиях, что и Федор Михайлович, томившийся здесь за полтора десятка лет до него. Трагическая участь гениального писателя не раз ассоциировалась Н. Ядринцевым с собственной судьбой и тюремными впечатлениями. Впрочем, обе книги роднит не только автобиографизм, но и гуманистическая позиция их создателей, изображение острожного мира как мира безысходного горя и страданий.
И не случайно книга «Русская община в тюрьме и ссылке» привлекла пристальное внимание Л. Толстого, став для него одним из важных источников при работе над романом «Воскресение».
«Русская община в тюрьме и ссылке», однако, произведение не только научное, но и художественно-публицистическое, в котором ярко проявился самобытный литературный талант Н. Ядринцева, заключавшийся в органичном сочетании научности и художественности, глубокого анализа жизненных явлений и поэтической образности.
В 1874 году Н. Ядринцев был освобожден и уехал в Петербург, где взялся за новую большую работу, посвященную родному краю книгу «Сибирь как колония». Она увидела свет в Петербурге в 1882 году и представляла собой, по словам автора, «обозрение всех главнейших местных общественных вопросов». И действительно, книга охватывала самый широкий круг проблем Сибири, касавшихся и ее народонаселения, и ссылки, и природных богатств, и культуры с образованием. И административного управления Приуроченная к 300-летию присоединения Сибири к России, она в какой-то мере носила итоговый характер. Н. Ядринцев справедливо полагал, что такая книга нужна будет не только сибирякам, но и всей России.
Много внимания в книге «Сибирь как колония» уделено проблеме так называемого «областного типа» русской народности на Востоке или, в современном нашем понимании, «сибирского характера», о котором и по сей день ведутся споры как о чем-то очень самобытном и неповторимом. Связана с нею и другая, не менее животрепещущая проблема взаимоотношений русского населения Сибири с ее аборигенами.
С гневом и болью пишет Н. Ядринцев в книге о «расхищении естественных богатств» Сибири «наезжими» людьми: «В настоящее время много говорят о вывозе сибирских богатств, о сбыте их вне ее пределов путем улучшения путей сообщения, но не мешает подумать и о том, к чему послужит этот вывоз при нерациональных и хищнических способах эксплуатации к чему, как не к окончательному расхищению, истреблению и истощению последних запасов и произведений природы. Истощение это замечается на каждом шагу: это видно в выгорании лесов, в истреблении зверя, в вывозе сырья и в истощении почвы».
Сказанное без малого полтора века назад, сегодня звучит особенно остро!
Огромное значение придавал Н. Ядринцев знаниям. И ставил развитие восточных российских окраин в прямую зависимость от уровня просвещения и культуры: «Если бы знания и наука воодушевляли первых открывателей, если бы они обладали знанием природы, то борьба в девственной стране досталась легче и не стоила бы многих жертв».