Для обращения казанских татар в христианство архиепископ получил от митрополита Макария подробный наказ. В Казани рядом с ханским дворцом было начато строительство христианского собора «громадное столичных пропорций здание, затеянное великой державой после победы», «демонстративная эмблема московского могущества». Началась раздача земель хана, казанских князей и помещиков русским людям. (Там же. С. 31).
Как писал русский историк, «громадная убыль людей и неисчислимый материальный урон нанесли страшный удар казанским татарам. Погибли почти все культурные сокровища, накопленные прежними поколениями, беженцам из многолюдной прежде столицы, оставшимся в живых, пришлось доживать свои дни в глухих лесных деревушках, думая не о культурных приобретениях, а лишь о суровой борьбе за пропитание Страшное понижение культурного уровня, экономический регресс, сопровождавшийся переходом к примитивным формам хозяйства и сокращением всех потребностей, упадок промышленности и торговли, обеднение населения, отвычка от активного участия в строительстве государственной и общественной жизни вот те последствия, которые принесло Казанским татарам русское завоевание». (Подробно см.: Худяков М. Очерки по истории Казанского ханства.// На стыке континентов и цивилизаций. Из опыта образования и распада империй 1016 вв. М., 1996. С. 543548).
В середине XVI века поднимается инспирированная Москвой новая волна христианизации мусульман, которая в дальнейшем поддерживалась государством. Принятая в 1593 году специальная Грамота запрещала татарам, живущим в деревнях совместно с русскими, «иметь мечети для того чтобы не было соблазна христианам и крещеным». Эта Грамота служила основанием для местных властителей сносить мечети. Сверху инициировалась и христианизация российских мусульман, ведущая к их русификации.
В 1713 году Петр Великий «указал в Казанской и Азовской губерниях басурманам магометанской веры, за которыми есть поместья и вотчины и в тех их поместьях и вотчинах за ними крестьяне и дворовые, и деловые люди православной христианской веры., сказать свой Великого государя указ, чтобы они, басурманы, крестились, конечно, в полгода; а как воспримут святое крещение, и теми поместьями, и вотчинами, и людьми, и крестьянами владеть по- прежнему. А ежели они в полгода не крестятся, и те их поместья, вотчины с людьми и с крестьянами у них взять и отписать на него Великого Государя, и без указу никому не отдавать; а сколько человек из тех 6асурман воспримут святое крещение и сколько человек не крестятся, и что у таких поместий и вотчин отписано будет: о том в канцелярию Сената прислать из тех губерний ведение». (Ислам в Российской империи. Законодательные акты, описания, статистика// Составитель и автор вводной статьи. Комментариев и приложений Д. Ю. Арапов. М., 2001. С. 42).
Был принят также царский наказ, предписывающий не допускать обращения в ислам соседних с татарами народов: мордвы, чувашей, черемисов, остяков, вотяков и др. (Там же. С. 43).
Сенатским Указом от 19 ноября 1742 года все вновь построенные мечети, а также мечети, построенные там, где проживали православные, было велено «сломать и впредь отнюдь не допущатъ», а обращенных в ислам «всеми удобовозможными способами разведать, а кто явится, сыскивать накрепко, кем и из какой веры или народа к Магометанскому закону обращены и в вере их утверждены, и по следствию на кого покажут и сыщется про то допряма, чинить с таковым, как вышеозначенным пунктом повелено, а чувашам и другим всякого звания превращенным, ежели они по призыванию и добровольному увещанию креститься не пожелают, чинить штраф по указам же». (Там же. С. 4344). Подобная политика продолжалась до конца XVIII века. (Гусева Ю. Н. История исламских общин Нижегородской области С. 713).
Как мы видим, отношение победившей стороны было совершенно противоположной тому, что было при «владычестве татар». Если завоевание Руси (татарами) стало «эпохой расцвета русской культуры», то при завоевании Казанского ханства началась насильственная христианизация и истребление народа, который сократился, как пишет Равиль Гайнутдин на 4/5. Это страшная цифра, свидетельствующая о бесчеловечном геноциде.
В дальнейшем был принят ряд законодательных актов, направленных на облегчение существования и деятельности мусульманских общин, издание религиозной литературы, подготовки кадров служителей ислама. Однако вплоть до Октябрьской революции в Российской империи ислам никогда не являлся равноправной с православием религией. В стране всегда господствовал принцип, сформулированный известным государственным деятелем К. П. Победоносцевым (18271907 гг.), возглавлявшим Святейший Синод: «Государство признает одно вероисповедание из числа всех истинным вероисповеданием и одну церковь, исключительно покровительствует и поддерживает к предосуждению всех остальных церквей и исповеданий», вплоть до приравнивания отпадения от православия к уголовному преступлению. (Никольский Н. М. История Русской Церкви. 3-е изд. М., 1983. С. 428429).