Для построения целостной философии природы Декарт вынужден ввести вторую субстанцию материю, атрибутом которой является протяжение. В мире имеется три типа онтологических объектов: бог, душа и материя. В отличие от материалистической физики Декарта, его философия дуалистична. Мир творение Бога, но он состоит из двух независимых субстанций: материальной и духовной. Атрибутом духовной субстанции является мышление, а материальной протяжение. Обе субстанции несоизмеримы: тело не может действовать на душу, а душа на тело
Декарт был одним из творцов науки Нового времени. Он внес важный вклад в развитие космологии. Его идея развития мира по естественным законам, явилась предвестницей канто-лапласовской гипотезы. Созданная им аналитическая геометрия, послужила поворотным пунктом в развитии математики: он ввел метод координат и создал систему алгебраических обозначений, которые используются в современной науке. В механике он указал на относительность движения и покоя, сформулировал общий закон действия и противодействия, закон сохранения и инерции движения. Декарт вел разнообразные исследования в области физиологии, широко применяя методы анатомирования трупов животных и человека. В результате этих работ Декарт установил схему двигательных реакций, предвосхитив учение о рефлекторной дуге. Ему принадлежит и гениальная догадка о том, что впоследствии вошло в науку под названием «условных рефлексов». Не случайно великий русский физиолог И.П.Павлов установил у себя бюст французского философа. Философия Рене Декарта и его научные идеи оказали значительное влияние на последующее развитие мировой философии.
Важное место в развитии философии Нового времени занимает выдающийся нидерландский философ Бенедикт Спиноза. Будучи рационалистом, он стремился построить философию на основе безусловно достоверных положений. Дедуктивный метод, который используется в математике, он считал единственно правильным путем, ведущим к истине. Образец достоверности и строгой доказательности он видел в геометрии. Поэтому свой главный труд «Этику» Спиноза изложил геометрическим методом. В основу своей философской системы Спиноза положил учение о единой субстанции. Как и Аристотель, он считал, что проблема субстанции является ядром метафизики. Субстанция, по определению Спинозы, самостоятельна, ни от чего не зависит и является причиной самой себя. В отличие от Декарта, склонявшегося к деистической трактовке бога, Спиноза стоит на позиции пантеизма. Бог не находится над природой и не является ее творцом, он находится в ней как ее имманентная причина. В силу этого природа, по выражению Спинозы, обладает «абсолютно бесконечной способностью существования», она и причина, и следствие, и сущность, и существование.
Природа субстанции выражается в атрибутах существенных и всеобщих ее свойствах. Субстанция обладает бесконечно многими атрибутами, но Спиноза считает, что нам известны только два протяженность и мышление. Если у Декарта протяженность и мышление рассматривались как две разные субстанции, то у Спинозы это два атрибута одной и той же субстанции. Для описания единичных вещей, которые являются конечными, Спиноза использует понятие «модус». Модусы не существуют наряду с субстанцией, напротив, субстанция существует только через свои модусы. Модусов бесконечное множество. Они относятся к единой субстанции, как бесконечные точки, лежащие на прямой, относятся к самой прямой.
Продолжая рационалистическую линию, Спиноза, в отличие от Декарта, отрицает существование у человека врожденных идей. Он признает наличие у человека только врожденных способностей приобретать знания. Высшим уровнем познания является интеллектуальная интуиция, которая дает возможность познания сущности вещей. Свободу Спиноза определяет как осознанную необходимость. А раз так, то человек во всем должен полагаться на разум, а не на чувства и тем более не на аффекты. Он должен соотносить свое поведение с господствующей в мире необходимостью. «Не смеяться, не плакать, не проклинать, а понимать!» главное этическое требование Спинозы. Учение Спинозы оказало огромное влияние на развитие всей последующей философской мысли. Спинозовское «субстанция есть causa sui» было высоко оценено Гегелем. Л. Фейербах назвал Спинозу Моисеем современных ему вольнодумцев и материалистов. Г.В.Плеханов полагал, что «современный материализм представляет собой только более или менее осознавший себя спинозизм».