В противоположность господствующей религиозно-феодальной идеологии, подчеркивающей ничтожность человека перед лицом всемогущего бога, Эриугена стремиться максимально подчеркнуть ценность и роль человека. Он считает, что именно его судьба оказывается решающей для судеб всего космоса. Онтологическая система Эриугены не просто теоцентрична, какой была система Августина и большинства других учений средневековья. Его теоцентризм переплетается с пантеизмом и антропоцентризмом.
В гносеологии, обращая свой интерес к человеку, Эриугена указывает на то, что «важнейший и едва ли не единственный путь к познанию истины сначала познать и возлюбить человеческую природу». Самопознание мыслится им как условие познания мира. Познание начинается благодаря деятельности внешних чувств. Следующий затем рассудок познает уже не вещи, а их бестелесные прототипы в божественном уме логосе. Разум в принципе направлен на высшую, первую божественную природу, которая, однако, непознаваема. Тем не менее, познание посредством разума приближает человека к ангелам, в то время как его рассуждения на стадии рассудка присущи ему именно как человеку. Решающую роль в познании Эриугена придает общим понятиям. В соответствии с Платоном он принимает реальность общих понятий: чем выше степень общности, тем больше проявляется их объективная реальность и независимость от познающего человеческого разума. Единичные понятия, наоборот, реально не существуют. Это направление в дальнейшем развитии философии получило название «реализм».
Труды Эриугены вызвали осуждение со стороны ортодоксальных церковных авторитетов. Во-первых, Эриугена слишком большое значение придавал разуму, а во-вторых, он отождествлял бога с природой. Его труды «О разделении природы» и «О божественном предопределении» были осуждены церковью и включены в «индекс запрещенных книг». Несмотря на это, труды Эриугены были широко известны, и оказали большое влияние на всю западноевропейскую схоластику.
В центре дискуссий схоластической философии оказалась проблема универсалий или общих понятий. Это фундаментальная проблема философии, проблема соотношения единичного, особенного и общего. Решая ее, античная философия не смогла ответить на два основных вопроса:
1) Как существует общее? Самостоятельно (как у Платона) или в мышлении человека (как у Аристотеля);
2) Какова природа общего? Являются ли универсалии такими же телесными сущностями, как и вещи или это бестелесные сущности?
В решении проблемы универсалий уже в ранней схоластике сформировались два противоположных направления реализм и номинализм. Реалисты (от лат. realis действительный) утверждали, что универсалии (всеобщее) являются духовными сущностями и существуют реально. Они существуют до единичных вещей и вне их. Одним из главных представителей реализма, как мы видели, был Иоанн Скот Эриугена.
Номиналисты (от лат. nomen имя) утверждали, что реально существуют только отдельные предметы, а общие понятия образуются благодаря познанию индивидуальных вещей, то есть общее существует после вещей. Теологическая актуальность проблемы универсалий была связана с христианским догматом Троицы, согласно которому бог и един, и троичен. Как же все-таки соотносятся три лица, три ипостаси бога и сам бог? Если единство бога понять как общее, а его три лица как отдельное, единичное, то тогда и возникает теоретический философский аспект Троицы: как вообще относятся общее и единичное. Главным представителем крайнего номинализма был Иоанн Росцелин (ок. 1050 1120). Он решительно отрицал онтологическую реальность универсалий и утверждал, что действительным объективным существованием могут обладать лишь «единичные вещи». Общие понятия, универсалии, это только наименования, слова и даже «звуки голоса», имеющие к вещам, в сущности, лишь косвенное отношение. Иоанн Росцелин говорил, что вне единичных вещей не существует ничего: нет цвета вне конкретного цвета, нет мудрости вне мудрой души. Существует только то, что можно воспринять, а затем представить. Мы не можем представить себе ни человека вообще, ни животное вообще. Номинализм Росцелина угрожал церковной догматике, поскольку касался одного из главных догматов догмату Троицы. Из него вытекало, что в боге важнее его три ипостаси, чем его единство, что каждое лицо троицы самостоятельно. Это означало ересь тритеизма (трибожия), ведь сущность, соединяющая воедино ипостаси бога, а на самом деле отдельные личности, это всего лишь название, слово, звук. Ясно что церковь не могла согласиться с такой ересью. Церковный собор в Суассоне в 1092 г. объявил учение Росцелина еретическим (ересь «тритеизма») и заставил его отречься от нее. Все его сочинения были уничтожены.