По версии следствия, все они являлись «участниками антисоветского военного заговора и в целях срыва снабжения и вооружения флота радиовооружением по заданиям иностранных разведорганов занимались контрреволюционной деятельностью»64. А далее в обвинительном акте говорилось, что эта их вредительская деятельность подтверждается показаниями арестованных Н. Е. Ростовцева65 и П. К. Стржалковского66. Показания против А. И. Берга дал также Н. П. Суворов67, его однокурсник по Военно-морской академии. Он, в частности, показал на допросе: «Вредительская работа Берга А. И. сводилась к тому, что он расширял работу отделов НИМИСа по созданию максимально большого числа образцов связи и специальной аппаратуры, создавая этим впечатление интенсивной работы института, но не доводя образцов до полной законченности и окончательных испытаний для возможности передачи их на вооружение флота».
А вот выдержка из протокола допроса М. А. Крупского:
«Вопрос: Расскажите, что Вам известно о деятельности Берга в НИМИСе?
Ответ: Во-первых, несколько слов о Берге, как о работнике. То, что он способный работник, в этом нужно отдать ему должное. Но у него получалось так, что он брал на себя столько заведований и обязанностей, которые, конечно, физически выполнить не мог. В последний период, в 193536 годы, он, Берг, был: начальник НИМИСа; начальник кафедры Морской академии; профессор ЛЭТИ; преподаватель ВЭТА. Плюс к этому каждый год Берг посылался на 23 месяца в заграничные командировки. Отсюда, как следствие, то, что работа в НИМИСе имела ряд недостатков в области прямого технического руководства, и в этом в первую очередь повинен Берг»68.
Под давлением следствия, которое применяло в отношении Берга «специальные меры», он также дал признательные показания о вовлечении в контрреволюционную вредительскую деятельность ряда сотрудников института: начальника V отдела А. И. Пустовалова, начальника VI отдела Р. Б. Шварцберга, начальника VIII отдела Г. М. Керига, и др. Так, на очной ставке с Керигом, своим бывшим сослуживцем по подплаву69, Берг заявил: «По моему заданию Кериг проводил контрреволюционную вредительскую работу в области срыва строительства нового радиовооружения на флоте»70.
Дело по обвинению А. И. Берга, шитое белыми нитками, в суд передавать не решились. Оно было направлено на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР. Но и там его прекратили дальнейшим производством за недостаточностью собранных улик.
28 мая 1940 года Берг оказался на свободе.
Намного раньше, еще в мае 1938 года, был освобожден Крупский, «в связи с тем, что свое участие в военно-фашистском заговоре отрицал, являлся племянником Н. К. Крупской, в свое время проживал вместе с В. И. Лениным»71.
А. Н. Гриненко-Иванову, наоборот, вменялось в вину его участие в составе одной из групп, сформированных по указанию Временного правительства с целью розыска Ленина. Поэтому 17 января 1938 года постановлением наркома внутренних дел и прокурора СССР («высшая двойка») он был приговорен к высшей мере наказания и расстрелян.
В годы войны инженер-контр-адмирал А. И. Берг возглавлял кафедру Военно-морской академии, был заместителем наркома электропромышленности, заместителем председателя Совета по радиолокации. Он внес большой вклад в развитие радиотехнического и радиоэлектронного вооружения, возглавлял программу по созданию советских радаров, занимался практической радиолокацией. В своем дневнике он сделал запись: «Радиолокация, радиолокация и еще раз радиолокация вот что нужно сегодня. Особенно меня волнует положение на флоте. А чем можем мы похвастать? Станцией Редут-1, установленной в начале 1941 года на одном из крейсеров Черноморского флота? РУС-1, созданным еще в 1939-м? Ну, еще несколькими типами станций, в свое время бывших весьма совершенными. Все это уже устарело!»72.
Наметившееся в этой области отставание, образовавшееся в том числе и по причине необоснованных арестов ученых, А. И. Берг пытался преодолеть, занимаясь в 50-е годы организацией научных исследований на постах заместителя Министра обороны СССР по радиоэлектронике и первого директора Института радиотехники и электроники.