Немецкий учёный Г. Шталь (1660-1734) известен тем, что стал одним из основоположников первой теории в химии знаменитой теории флогистона, гипотетической «сверхтонкой материи» («огненной субстанции», якобы наполняющей все горючие вещества и высвобождающейся из них при горении). Голландский врач и химик Г. Бургаве (1668-1738) не признавал систему Шталя, хотя и избегал резко возражать против неё; в его «Основах химии», одном из лучших трудов по химии того времени, о теории флогистона вообще не говорится. Немецкий же химик Г. Штабель был в то время одним из очень немногих учёных, публично не согласившихся с теорией флогистона. Он высказал свою точку зрения в опубликованном в 1728 году руководстве «Догматико-экспериментальная химия».
Самостоятельное и явно не случайное знакомство именно с этими новейшими для того времени разносторонними научными взглядами позволили М.В. Ломоносову сформировать свою точку зрения на процессы горения. И позднее он никогда, утверждают историки химии, не считал флогистон веществом, обладающим отрицательным весом (т.е. уменьшающим вес тела, с которым он соединялся), и способностью проходить через все тела, хотя эта теория в научной среде того времени была популярна в течение почти века. Гипотезу флогистона экспериментально опроверг французский химик А.Л. Лавуазье (1743-94), создав в 1780 году кислородную теорию горения. Но как, без соответствующей подготовки, которую не могла дать единственно «химия по Тейхмейеру», разобраться в этом, и зачем Ломоносову, будущему горному офицеру, все эти, как сказал Х. Вольф, «замысловатые теории»?
Но, похоже, уже тогда, сразу по приезде в Марбург в 1736 году, будущий учёный начал заниматься именно «теориями» и опытами, подтверждающими или опровергающими его какие-то, неизвестно откуда взявшиеся, знания по химии. Об этом он позднее писал Михаэлису, прося позволения изучить в его лаборатории некоторые химические процессы, которые казались ему сомнительными. Всё это заставляет думать, что Ломоносов приехал в Германию уже, по крайней мере, имея представление о химии (или алхимии), что выбор лекций именно «по Шталю» был сделан им самим, что в лаборатории университета он не химическими эффектами развлекался, а выполнял какую-то свою научно-экспериментальную работу.
А как шло обучение геологии и минералогии основным составляющим профессии горного инженера? Очевидно, за лекции этого цикла надо было платить отдельно или они вообще не преподавались в Марбурге, потому что в сентябре 1737 года Вольф просил Академию наук ускорить решение вопроса об изучении студентами естественной истории. В ноябре он получил программу самостоятельных занятий студентами естественной историей и в письме в АН обещал проследить её исполнение.
Однако в середине марта следующего, 1738 года, Ломоносов пишет в отчёте в Петербург, что к изучению естественной истории они ещё не приступали, так как предложенных программой книг «нельзя получить раньше пасхальной ярмарки». Чуть позже он сообщает в письме «главному при Академии командиру», т.е. президенту Корфу, что «рекомендованные для изучения естественной истории и металлургии книги, а также некоторые руды могут быть приобретены только на пасхальной ярмарке» и просит выслать обещанные деньги «как на вышеозначенные предметы, так и на наше содержание». Больше сообщений об изучении естественной истории ни в рапортах, ни в письмах в Академию нет (или не сохранились).
Удалось ли попасть на ярмарку, были ли куплены необходимые книги и руды, как были организованы самостоятельное изучение геологии и минералогии, а также контроль знаний по этим предметам неизвестно. Но в начале января 1739 года Вольф, касаясь вопроса дальнейшего обучения русских студентов, писал Шумахеру в Петербург: «Лучше всего было бы, конечно, если бы их поскорее отозвали отсюда, потому что они не умеют пользоваться академическою свободой и притом уже успели окончить то, что должны были тут сделать». То есть получается, что за полгода (а не за годы учёбы в Германии, как пишут некоторые исследователи) Ломоносов самостоятельно, по книгам освоил геологию и минералогию настолько, что через короткое время смог создать фундаментальные труды по этим отраслям человеческих знаний?
С наступлением 1739 года закончился договор, по которому Х. Вольф на базе руководимого им университета должен был ввести русских студентов в науку. За два года они прослушали в Марбурге курсы вводных лекций по физике, химии, математике и другим дисциплинам этого профиля, освоили рисование, фехтование и танцы, немецкий язык. Вольф в письме Корфу от 2 января этого года сообщал, что «в немецком языке они уже настолько успели, что не только понимают всё, о чём говорится, но и сами могут объясняться по-немецки. Во французском же языке они, по всей вероятности, недалеко ушли вперёд, потому что преподаватель этого языка не хотел их учить без платы, а сами они не сочли нужным беречь на это деньги».