Естественную установку необходимо редуцировать для того, чтобы проявилась установка феноменологическая. Для этого Гуссерль предлагает использовать феноменологическую редукцию, которая методологически состоит из двух ступеней: 1) эпохэ́, подготовительный этап; 2) трансцендентальная редукция, задача которой движение анализа от конкретного эмпирического субъекта к чистому «Я», к чистой субъективности, соответственно к феноменологии как чистой эгологии.
Эпохэ (греческое -«задержка, остановка, удерживание») это редукция естественной установки через прямое, беспредпосылочное восприятие. Феноменологическое эпохэ заключается в отказе от (то есть «заключении в скобки») всех предварительных, включая научных, знаний и допущений о мире. Таким образом, эпохэ это остановка ума и как следствие начало недвойственного восприятия, когда исчезает граница между субъектом и объектом, между внутренним миром и внешним миром, между умственным миром и физическим, между мыслями и вещами. Это расширение ума, когда ум выходит из внутреннего монолога с самим собой, в котором он постоянно пребывает, и заключает в себя весь внешний мир. Именно поэтому, Гуссерль описывает эпохэ как переход из двухмерного в трехмерный мир и сравнивает его с религиозным опытом.
Тут интересно отметить, что объект всегда воспринимается лишь частично, с какой то одной перспективы, то есть неадекватно. Поэтому, Гуссерль вводит промежуточную эйдетическую редукцию, которая в воображении прокручивает все варианты объекта со всех перспектив и создает трансцендентный инвариант (эйдос). Например, сознание никогда не видит обратную сторону куба, поэтому достраивает его в уме. Сознание всегда предметно, интенционально, то есть направлено на что-либо, реальное или нереальное (например число). Таким образом, эйдосы реальных или нереальных объектов всегда находятся в трансцендентном сознании. Однако, когда вместо эйдосов объектов, трансцендентная редукция направляется на само сознание, тогда постигается сущность самого «чистого сознания», а именно Трансцендентное эго, лежащее в основе всех «эйдосов» и интенциональных актов и составляющее смыслы всех предметностей. Тогда, осуществляется «абсолютное знание», в основе которого лежит субъектное бытие. И если можно представить субъект вне мира, то мир вне восприятия субъекта представить невозможно. Отсюда происходят обвинения в солипсизме.
Если в эпохэ за скобки выносится естественная установка или реальный статус объекта, то в трансцендентальной редукции за скобки выносится эмпирический субъект с его феноменами психической жизни и открывается чистое сознание. Таким образом, трансцендентальная редукция выносит за скобки не только внешний мир, но и внутренний. Гуссерль в «Картезианских размышлениях» пишет:
Посредством феноменологического эпохэ я редуцирую свое естественное человеческое Я и свою душевную жизнь царство моего опыта психологического самопознания к моему трансцендентально-феноменологическому Я, к царству опыта трансцендентально-феноменологического самопознания. Объективный мир, который есть для меня, который когда-либо для меня был и будет, сможет когда-либо быть, со всеми своими объектами, черпает, как уже было сказано, весь свой смысл и бытийную значимость, которой он для меня обладает, из меня самого, из меня как трансцендентального Я, впервые выступающего с началом трансцендентально-феноменологического эпохэ.
Трансцендентный и эмпирический субъект согласно Гуссерлю есть один и тот же субъект, воспринимаемый с разных точек зрения. Трансцендентный субъект это субъект как таковой, эмпирический субъект это субъект рассматриваемый как часть мира, то есть эго. Как говорит сам Гуссерль, это не значит, что трансцендентное эго это некое супер-эго, но что это некоторый источник всех возможных проявлений эго, инвариант всех состояний эмпирического эго во времени. В этом отношении, феноменология имеет свои параллели в Адвайта-Веданте. Эмпирическое эго соответствует самости (аханкара), а трансцендентное эго есть Атман.
Все это также вызывает вопрос о взаимоотношении двух субъектов, вопрос интерсубъективности. Эмпирическое эго без феноменологии воспринимает любое другое эго как объект, и только применение редукции позволяет увидеть в другом субъекте равного себе. Однако своего рода ошибка Гуссерля заключается в том, что по его мнению два трансцендентальных субъекта никак не взаимодействуют. В отличие от него, Адвайта-Веданта говорит еще о всеобщем трансцендентальном субъекте, Брахмане, с которым Атман является единым. «Я есть То» гласит древняя формула Упанишад. Шредингер писал: