Среди работ второй половины 1990-х гг. особое место занимают работы исследователя М.В. Шкаровского15. Его исследования построены на анализе широкого круга литературы и источников, которые подкрепленены аналитическими размышлениями автора, которые касаются пересмотра сложившегося в начале 1990-х гг. стереотипа по поводу линии государственно-церковных отношений. В своих исследованиях относительно 1920-1930-х гг. автор обосновывает точку зрения о неоднозначном отношении советского государства к РПЦ, в связи с этим Шкаровский выделяет периоды натиска и «оттепели» в отношении советского государства к РПЦ.
Таким образом, для данного периода историографии характерна глубокая разработка отдельных проблем истории религии и религиозных организаций с позиции современных методологических подходов, обращена к вопросам государственно-церковного взаимодействия, определение роли личности в истории.
Проблема взаимоотношений партийных и советских органов власти с православной церковью в 1920-1930-е гг. посвящена работа Н.А. Неживых, основана на материалах Западной Сибири16. В данной работе указывается на полное соответствие деятельности местных органов власти с негласными предписаниями директивных органов относительно РПЦ.
Источники, которые использовались в написании работы, можно разделить на несколько групп:
Во-первых, это документы, представляющие официальную позицию РПЦ, например: Деяния Поместного Собора РПЦ 1917-1918 гг.; изданные Высшим Церковным Управлением и нижестоящими церковными инстанциями постановления. Часть этих материалов была опубликована в церковной печати изучаемого периода, например, в «Журнале Московской Патриархии». Другие же содержатся в ряде недавно опубликованных сборников, например: «Деяния Священного Собора Российской Православной Церкви» (10 тт., М., 19942000), «Акты Святейшего Патриарха Тихона» (М., 1994).
Во-вторых, к числу основных источников относятся документы и материалы, изданные высшими и местными органами управления Советской власти. К данным властным структурам относятся Политбюро, Секретариат ЦК РКП (б), Антирелигиозная комиссия (АРК) при ЦК РКП(б), ЧК ГПУ НКВД. Здесь же следует назвать ведомства, прямо осуществлявшие политику Советского государства по отношению к РПЦ. Это 7-й «ликвидационный» отдел Народного Комиссариата юстиции РСФСР, постоянные комиссии по культовым вопросам при Президиуме ВЦИК и ЦИК РСФСР, административные отделы исполкомов Советов на местах. Эти источники находятся в ряде сборников, таких как: Русская Православная Церковь в советское время. Материалы и документы. Сборник. / Сост. Штриккер Г. Книга 1. М., 1995. Русская Православная Церковь и коммунистическое государство 19171941 гг. Документы и фотоматериалы. / Сост. Васильева О. М., 1996, и других.