Летом 1541 года было нашествие на Москву Крымского хана. Митрополит Иоасаф в это время творил молебные пения в Успенском соборе об избавлении от бедствия и разорения. Великий князь «иде в церковь и начя со слезами молитися и прикладыватися ко святым иконам. И благословение взем у отца своего Иасафа Митрополита и поиде на свои двор, а отцу своему Иасафу Митрополиту повеле с собою итти»[46]. Здесь, на совете, Первосвятитель высказывался за необходимость присутствия государя в Москве во время ожидаемой осады для поддержания мужества москвичей.
В том же 1541 году Иоанн IV дал жалованную грамоту протопопу в Балахне на право освящения храмов и взимания за это пошлин. В грамоте он ссылается при этом на главу Русской Церкви: «Да и отецъ наш Иасафъ, Митрополит всеа Русии, нам о томъ говорил, что пригоже быти церковному священью и знамена давати на Балахне Вознесенскому протопопу з братьею»[47].
Будучи Первосвятителем, Митрополит Иоасаф давал вклады «на память своей души», о чем сохранились некоторые сведения. В 1542 году он дал вклад в Успенский собор Устав церковный, рукопись конца XVXVI века[48]. В том же году незадолго до своего низведения с престола он дал вклад в Троицкий монастырь. «7050-го (1542) году февраля в 12 день Преосвященный Иасаф Митрополит Московский и всеа Русин дал вкладу санник сер»[49].
19 марта был поставлен новый Московский Митрополит святитель Макарий ( 1563; память 30 декабря). А чуть позднее, «марта в 28 день Иасаф же Митрополит дал вкладу 3 чарки серебряны гладкие, а третья с образцы, венцы золочены. Иасафа ж Митрополита вкладу написано в ризных отписных книгах 83-го (1574/75) году: Евангелие в десть на бумазе, поволочено бархатом рытым, верхняя дцка чеканная серебрена позолочена, на ней 4 камени: 2 яхонты лазоревы, камень лал, камень бирюза. Кругом жемчугом сажено. Евангелисты серебряные чернью наведены, застенки на червчатом бархате жемчугом сажены з дробницею, застежки и спни серебряны, писано в книгах Евангелие 2-е»[50].
Но недолго он занимал Первосвятительский престол: он был сведен с престола, как и его предшественник Митрополит Даниил. Говоря о низведении Митрополита Иоасафа, следует вспомнить некоторые сведения из Жития преподобного Даниила Переяславского чудотворца. В 1540 году в Переславле произошло открытие мощей благоверного князя Андрея Смоленского ( не ранее 1390; память 27 октября). На это было получено благословение Митрополита, но затем, когда от него прибыла комиссия, преподобный Даниил был обвинен в проявлении самовольства, что очень огорчило старца, и он предрек, что Митрополит Иоасаф недолго пребудет на Первосвятительском престоле[51].
В «Царственной книге» так говорится о низведении Митрополита Иоасафа: «Пойман бысть Великаго князя боярин, князь Иван Федорович Бельский, без Великаго князя ведома, советом боярским, того ради, что его государь у себя в приближении держал, и в первосоветниках, да Митрополита Иоасафа; и бояре о том вознегодоваша на князя Ивана, и на Митрополита; и начата зло советовати с своими советники. А Митрополиту Иоасафу начаше безчестие и срамоту чинити великую, и по келий шибати. Иоасаф Митрополит не возможе того терпети, соиде своего двора на Троицкое подворье»[52]. Здесь его едва не убили, и «бысть мятеж велик в то время на Москве; и государя в страховании учиниша». По взятии князя Бельского «бояря пришли к государю в постельныя хоромы не по времени, за три часы до света, и пети у крестов заставили. А Митрополит Иоасаф в те поры пришел к государю в комнату; и бояря пришли за ним к государю в комнату с шумом. И сослаша бояря Митрополита на Белоозеро в Кирилов монастырь»[53]. Об этом событии вспоминал впоследствии царь Иоанн в своем послании к князю А. Курбскому: «да и Митрополита Иосафа с великим бесчестьем с Митрополии согнаша»[54]. Святитель Макарий писал об этом в своей духовной грамоте: «в лето 7050-е Первопрестольник Великий господин Преосвященный Иоасаф, Митрополит всея Русии, остави Митрополию Рускую и отойде в Кирилов монастырь, в молчальное житие»[55]. Таким образом, Первосвятительство Митрополита Иоасафа пришлось на время малолетства Иоанна Грозного, отличавшееся борьбой боярских группировок, в результате которой, как и Митрополит Даниил, святитель Иоасаф был сведен с престола.