Не хотели забывать священника Философа Орнатского и на прежнем месте его служения, где вдохновенно сеял он семена христианской нравственности и духовности: «Его Высочеством Принцем Александром Петровичем Ольденбургским, Августейшим Попечителем Приюта, во внимание к усердным и неустанным трудам по службе настоятелем церкви и законоучителем Приюта, назначен Почетным членом Попечительного Совета Приюта Принца Петра Георгиевича Ольденбургского с 17 сентября 1892 года», гласит очередная запись в послужном списке отца Философа (20).
Казалось бы, всех упомянутых выше назначений более чем достаточно для одного человека, но вскоре отец Философ получает еще одно послушание 22 апреля 1893 года его избирают гласным[7] от духовного ведомства в Санкт-Петербургскую Городскую Думу (21). И на этом поприще столичного общественного управления, неутомимый пастырь подвизался с полной отдачей сил до 1917 года. И первым же начинанием, с которым выступил отец Философ Орнатский в столичной Думе, было письменное ходатайство от имени Совета Общества религиозно-нравственного просвещения о необходимости праздничного отдыха для торговых людей. В документе говорилось, что вопрос о праздничном отдыхе есть вопрос об исполнении людьми заповеди Божией о покое и посвящении Богу седьмого дня (Исх. 20, 810) и касается он не одного какого-либо сословия, а всего народа. Далее указывалось на необходимость издания Думой «специального постановления о таком ограничении торговли в столице по праздникам, которое давало бы возможность торговым людям как молиться во время поздней Литургии до совершенного окончания ее, так и посетить духовную беседу вечером; об открытии магазинов и лавок по праздникам в 2 часа дня и окончании торговли в 56 часов вечера» (22). Многим депутатам были памятны слова «О пользе и необходимости праздничного отдыха для торговых людей», сказанные священником Ф. Орнатским в Казанском соборе еще в 1889 году и одобрительное отношение к этим словам Государя Императора. Вскоре Дума приняла соответствующее постановление, а отец Философ получил немало благодарных слов от людей из торгового сословия. Так, с первых же дней своей депутатской деятельности, отец Философ показал себя ревностным поборником Правды Божией. Уже в молодые годы его отличало глубокое и тонкое знание всех сторон жизни всесословного российского общества. Быстро возрастал его авторитет у депутатов Городской Думы и среди столичного духовенства.
Труды в Обществе религиозно-нравственного просвещения были для отца Философа великой школой практической деятельности и живого духовного опыта. Очень сильное влияние на духовное становление молодого петербургского пастыря оказало его многолетнее сотрудничество во славу Божию с отцом Иоанном Кронштадтским, с которым отец Философ был связан еще и узами родства. Младший брат отца Философа, священник Иоанн Орнатский, был женат на племяннице великого кронштадтского праведника Анне. Братья Орнатские, глубоко почитавшие батюшку Иоанна, имели в его лице несравненного духовного наставника и дивный пример для подражания.
Как почетный член Общества религиозно-нравственного просвещения, протоиерей Иоанн Ильич Сергиев принимал самое живое участие во всех важнейших начинаниях Общества. Все они освящались его благословением и молитвой. Постоянно вносил отец Иоанн в дела Общества свою лепту и как щедрый благотворитель. На возведение первого каменного храма Общества религиозно-нравственного просвещения на 1500 человек он пожертвовал более 10000 рублей. Храм в честь Пресвятой Троицы и в память о чудесном спасении Царской Семьи в Борках был заложен 16 июня 1891 года на углу улиц Николаевской (ныне Марата) и Стремянной. Там же к 18 ноября 1891 года был построен и освящен временный деревянный храм. Настоятелем был избран один из ближайших сподвижников о. Философа Орнатского священник Павел Николаевич Лахостский[8]. Так было положено начало созданию первого проповеднического центра Общества.
Уже 8 ноября 1893 года митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Палладий с участием о. Иоанна Кронштадтского и о. Философа Орнатского освятил центральный престол Троицкого храма. В 18941895 годах было построено примыкавшее к храму здание с залом для духовных бесед и собраний Общества на 1500 человек. В том же здании размещались также помещения для Совета Общества и различных его подразделений.