Албанская церковь Азербайджана являлась одной из древнейших христианских церквей как на Кавказе, так и во всем мире (5). Христианские общины возникли здесь до начала IV века. Согласно древним источникам, в начале первых веков новой эры в Албании появляются христианские миссионеры апостолы и ученики апостолов из Иерусалима и Сирии, создаются первые общины. Начальный период связан с именами апостолов Варфоломея, Фаддея и ученика последнего Елисея. Последующий период с именем Григория Просветителя и албанского царя Урнайра (IV в.), провозгласившего в 313 г. Христианство официальной религией страны. Албанская церковь, в отличие от армянской и подобно грузинской, изначально была связана с иерусалимской церковью, а к концу IV века обрела автокефальность. После решений IV-го Вселенского собора (Халкидон 451г.) произошел окончательный отход албанской церкви от Византии и юридическое оформление автокефалии монофизитского толка, которого Албания, так же как и Грузия, не придерживалась стабильно. Падение политического влияния Сасанидов в Закавказье сопровождалось и крушением гегемонии монофизитства. В конце VI и в VII веках в связи с усилением Византии албанская и грузинская церкви совместно примкнули к диофизитству. После завоевания Закавказья арабами в начале VIII века албанская церковь под давлением арабов и при активном содействии армянской церкви порвала с диофизитством и была иерархически подчинена халифатом армянской церкви.
После падения Албанского государства (705 г.) началась деэтнизация албан: принявшие Ислам ассимилировались с тюркоязычными народностями, исповедующие Христианство монофизитского толка сближались с армянами, а диофизиты с грузинами. Живущие в регионе до наших дней албаны удины сумели противостоять этим процессам и сохранить свою самобытность и патриаршую автокефальную церковь.
С появлением в регионе России албанская церковь была в очередной раз лишена автокефалии. В 1836 году Российская империя упразднила самостоятельность албанской церкви и подчинила ее армянской церкви. Наследники албан удины ныне проживают в Огузском и Габалинском районах Азербайджана и в селе Октембери Грузии.
Отдельной страницей в истории распространения Христианства в Азербайджане является Католичество (см. 6), которое с начала XIV века широко распространилось в регионе усилиями многочисленных миссий доминиканцев, иезуитов, капуцинов, кармелитов, августинцев и францисканцев. Политической подоплекой данного процесса (Азербайджан в то время входил в состав Персии) было обоюдное стремление западноевропейских стран и Персии противостоять нарастающей гегемонии Османской Турции. В XVII XVIII веках начинается процесс распространения в регионе многочисленных христианских католических миссий, посылаемых Ватиканом в самые крупные города Азербайджана: Баку, Шемаху, Гянджу, Нахчыван, Тебриз, где действовали монастыри, миссии и школы католиков. Только в Нахчыване того периода было 12 монастырей доминиканцев, иезуитов, капуцинов, августинцев и др. Особую роль в распространении Католичества в регионе сыграли французский король Людовик XIV и папа Клемент XI, обратившиеся к шаху Ирану Султан-Хусейну со специальными посланиями. В результате были подписаны два франко-персидских договора (1708 и 1715 гг.). По первому из них, католическим миссионерам и их пастве из числа местного населения разрешалось свободно проживать, обучать, проповедовать и исповедовать Католичество на территории Ирана и Азербайджана, миссии брались под защиту и охрану местных властей. В 80-х годах XVII века вслед за французскими и немецкими миссионерами в регионе устремились миссии польских иезуитов (первая миссия образована в г. Гянджа).
К концу XIX века стремление проживавших в Баку католиков (около 2000 человек, большинство французские и германские подданные) построить свою церковь наталкивалось на постоянное противодействие царских властей. Вероятно власти уже усматривали в Католичестве непосредственную угрозу Православному Христианству, так как возведение величественной лютеранской кирхи, построенной А. Эйхлером в 18951897гг. в лучших традициях немецкой готики, не вызвало столь решительного противодействия.
Триумфом вновь возрожденной и весьма малочисленной католической общины независимого Азербайджана стал приезд в Баку папы Иоанна Павла II в 2002 году (совсем недавно в октябре 2016 года Баку посетил папа Римский Франциск).