В марте 1601 г. для усиления экспедиции князя Шаховского из Москвы был направлен отряд из 300 человек под началом князя Василия Масальского-Рубца и Савлука (Луки) Пушкина на девяти кочах, двух морских стругах и двух дощаниках. Отряд благополучно прибыл к Тазовскому острогу и завершил его строительство.
Согласно «Чертежной книге Сибири» С.У. Ремизова, написанной в конце XVII века, Мангазея представляла собой «город деревянной рубленой, а у него пять башен, стоит над Тазом рекою. С приезду в стене башня Спасская проезжая четвероугольная, а под нею двои ворота, одни с приезду, а другие изнутри города, брусчатые, высота по сажени печатной, а ширина тож». В 1968 г. при раскопках обнаружены следы всего только трех башен Спасской, Успенской, Ратиловской, а две другие башни Давыдовская и Зубцовская вместе со стеной уже обвалились в реку Таз.
Царские воеводы, боясь конкуренции поморов, добились запрещения ходить в Мангазею морским путем. 5 июля 1616 г. царь Михаил (точнее, от имени несмышленого отрока его мать и бояре) издал указ о запрещении огибать Ямал морем или пользоваться волоком. Позже ряд отечественных историков, выгораживая царя, будут утверждать, что сей указ касался только иностранцев. На самом же деле царская стража, поставленная на острове Матвеевском и на Ямальском волоке, не пускала вообще никого. Сам же волок в документах именовался «воровским», а ведь «ворами» тогда называли русских людей, не плативших подати, а уж никак не англичан и голландцев.
Верно лишь то, что московские бояре делали все, чтобы не пускать иноземцев в Сибирь и Карское море. Так, в 1618 г. английский посол Джон Уильям Мерик, известный в России под именем Ивана Ульяныча, обратился в Боярскую думу с просьбой позволить англичанам отыскать рекой Обь проход в Индию и Китай. Бояре ответили, что Сибирь далеко, до первых городов с полгода ходу, да и то зимой. Сами туземцы не знают, где Обь начинается и куда впадает, «сторона та студеная, больше двух месяцев тепла никак не живет, а на Оби всегда лед ходит, никакими судами пройти нельзя, а вверх по Оби, где потеплее, там многие кочевые орды; про Китайское государство сказывают, что не великое и не богатое, добиваться к нему нечего. Государь из дружбы к Якубу королю пошлет в сибирские города нарочного к воеводам, велит проведать, откуда Обь река вышла, куда пошла, в какое море, какими судами можно по ней ходить, какие орды у верховья Оби, какие реки в нее впали, где Китайское государство и как богато, есть ли чего добиваться, а теперь, не зная про то подлинно, как о том говорить и делать?».
Однако сухим длинным и сложным путем добираться в Мангазею было трудно. Население Мангазеи стало уменьшаться. В июне 1672 г. оставшихся казаков перевели в Новую Мангазею (ныне Туруханск), а старая Мангазея была окончательно покинута. Сейчас на месте Мангазеи лишь заросшая высокой травой поляна. Ненцы называют это место Тахаравыхард «Разрушенный город».
Голландец Исаак Масса7 в 1612 г. описал поход русских к берегам Таймыра: «Особые крытые лодки [кочи], капитаном которых был назначен некий Лука», ранней весной 1605 г. начали сплав по Оби.
Летом они вышли из Обской губы в море, повернули на восток, прошли мимо Гыданской губы, не заметив ее, на карте Массы она не показана, но видели два безымянных острова (Олений и Сибирякова) у входа в Енисейский залив. Флотилия Луки не только входила в Енисей, но и продвинулась дальше на восток, за остров Сибирякова, и открыла устье и низовье реки Пейсиды (Пясины) на полуострове Таймыр. Другому отряду, направленному воеводой сухим путем, возможно, уже известной дорогой на Мангазею и далее к устью Турухана, предписывалось оставаться «у реки [Енисея], пока не придут лодки», с наказом вернуться через год, если они не дождутся флотилии Луки. Отряд Луки получил от воеводы задание «тщательно изучить берег и все то, что они найдут на нем достойным исследования. Они сделали то, что им было приказано», и даже больше: люди из сухопутного отряда побывали в горах (северо-западная часть плато Путорана, крутым уступом поднимающегося над равниной) и в полиметаллических рудах обнаружили серебро. Оба отряда встретились в устье Енисея. Сам «капитан Лука» и часть его спутников умерли во время этого похода, а остальные вернулись в Сибирь «тем же путем, каким сюда пришли».
Сибирский воевода отправился в Москву с докладом об успехе предприятия. «Доклад его, заканчивает Масса свой рассказ, хранится среди сокровищ Московского государства до окончания войны, и затем, вероятно, он будет рассмотрен. Но мы боимся, что до этого времени он пропадет, что поистине будет печально, так как путешественники нашли много различных и редких островов, рек, птиц, диких зверей все это далеко за Енисеем». Скорее всего, именно благодаря находке серебра в Москве посчитали доклад очень важным и поместили «среди сокровищ», но он действительно исчез.