Пропавшим детям было от шести до восемнадцати лет. Судя по всему, Р. предпочитал мальчиков, хотя не отказывался и от девочек, если другого выбора не было. Следствие установило: «Вышеназванный обвиняемый Жиль де Ре и его сообщники брали невинных мальчиков и девочек и бесчеловечно забивали их, убивали, расчленяли, сжигали и подвергали всяким пыткам, а вышеупомянутый Жиль, обвиняемый, приносил тела упомянутых невинных детей дьяволам, призывал и заклинал злых духов и предавался гнусному содомскому греху с маленькими мальчиками и противоестественно удовлетворял свою похоть с молоденькими девочками, отвергая естественный способ совокупления, когда невинные мальчики и девочки были живы, а иногда и мертвы или даже во время их смертных судорог».
15 сентября 1440 Р. был арестован, а 8 октября того же года начался судебный процесс. Вместе с господином за решеткой оказались его слуги и сообщники Генриет и Этьенн Корилло, по прозвищу Понту или Пуату. Они дополняли обвинение отвратительными подробностями. По их словам, хозяин «занимался своим противоестественным распутством с упомянутыми детьми, мальчиками и девочками, для чего сначала распутной страстью брал свой член в левую или правую руку и тер его, чтобы он стал прямым и торчащим, затем помещал его между бедрами или ногами упомянутых мальчиков или девочек, не беспокоясь насчет естественного женского вместилища, и с большим удовлетворением, пылом и сладострастным возбуждением терся своим мужским членом об их животы, пока не испускал на них свою сперму».
Пуату присягнул, что Р. «после оргазма на животах упомянутых детей, держа их ноги между своими, он получал значительное удовольствие, наблюдая за отделением голов детей от туловища. Иногда он делал надрезы на их шеях, чтобы заставить их умирать медленно, от чего сильно возбуждался, и, пока они истекали кровью до смертельного исхода, иногда мог мастурбировать с ними, а иногда он делал это после того, как они умирали, пока их тела были еще теплыми Чтобы заглушить крики детей, когда он хотел иметь с ними отношения, он сначала обвязывал веревку вокруг их шеи и подвешивал их на три фута над полом в углу комнаты, и, как раз перед тем, как они умирали, он приказывал снять их, говоря, что они не должны промолвить ни единого словечка, затем возбуждал свой член, держа его в руке, и производил эякуляцию на их животы. Сделав это, он перерезал им горло и отделял их головы от тел. Когда они умирали, он спрашивал иногда, у кого из этих детей была самая красивая голова».
Точное количество жертв установить не удалось, поскольку Р. приказал «сжечь тела вышеназванных невинных детей и выбросить их в рвы и канавы вокруг упомянутых замков и в выгребные ямы упомянутого замка Ла-Сюз». Слуги под пыткой признались в убийстве более 600 детей, хотя по реальным оценкам их было не более 200. Против Р. были выдвинуты обвинения в массовых убийствах, содомии и колдовской ереси. 22 октября 1440 Р. признал свою вину и даже сознался в том, что испытывал «непреодолимую страсть и вожделение к самому дофину». Он обратился к Карлу VII со слезным покаянием и напомнил ему о былой дружбе, однако, безуспешно. 25 октября 1440 сенешаль и прокурор Бретани Пьер де Лопиталь огласил приговор: Р. и его сообщники были приговорены к повешенью с последующим сожжением на костре. Учитывая воинские заслуги Р., суд смягчил наказание: позволил не отлучать от церкви и разрешил родственникам забрать его прах для захоронения.
Утром 26 октября 1440 приговор был приведен в исполнение на лужайке острова Ла Бьесс, ныне воссоединенного с левым берегом Сены. Останки Р. были похоронены в монастыре кармелитов в Нанте. Во время Великой французской революции 1789 надгробный памятник и сам монастырь были разрушены.
Еще при жизни Р. возникли сомнения в его причастности к страшным деяниям. Не исключено, что истиной причиной устранения Р. явился элементарный захват имущества, как это имело место в случае с членами ордена тамплиеров. Впрочем, доказать что-либо спустя почти шесть столетий невозможно. Именно к такому выводу пришла в 1992 комиссия авторитетных экспертов.
Судьба Р. вдохновила ряд современных французских философов и писателей (Мишель Турнье, Пьер Клоссовски, Жорж Батай); образ Р. присутствует в пьесе Б. Шоу «Святая Жанна» (1923).