На западе Хорасана началось вторжение основателя государства Сефивидов шаха Исмаила (15021524). В 1510 г. шах Исмаил осадил Мерв. В сражении под Мервом Шейбани-хан был убит. Шах Исмаил захватил Мерв и Герат, началось возвышение династии тимуридов, прежде всего Бабура, правившего в Кабуле, в Афганистане. Получив от хана Исмаила войска Бабур занял Гиссар и в 1512 г. Самарканд. Но династии Шейбанидов удалось удержаться у власти с помощью суннитского духовенства. Оно поддержало Убайдуллу-хана Шейбанида в борьбе с Бабуром, который потерпел поражение под Самаркандом.
Иранский правитель Исмаил из династии Сефевидов оказал военную помощь Бабуру, послав на помощь 60 тыс. вооруженных всадников. Совместными силами был захвачен г. Карши. Бабур с войсками двинулся к Гиждувану, где потерпел поражение от узбеков. Бабур бежал в Кабул. В 1526 г. Бабур в результате военных успехов в Северной Индии основал Империю Великих Моголов[10].
В течение 175-летнего периода владычества монголов Туркестан сотрясали междоусобицы и войны среди наследников Чингиз-хана, споривших из-за власти и владений. К политическим причинам добавились религиозные и экономические. Споры из-за земли и воды были между кочевым и оседлым населением. Переход монгольских ханов в ислам (первым принял ислам правнук Джагатая Мубарак-шах в 1266 г.) вызвало неоднозначный отклик у монголов-язычников. С течением времени значительная часть монголов приняла ислам в южной части Туркестана, о чем свидетельствуют новые географические термины: Могулистан (страна монголов) для обозначения северо-восточной части Туркестана; и Узбекистан (страна узбеков) для обозначения западной части северного Туркестана.
В Средней Азии, в Мавераннахре, с 1346 г. усиливается власть тюркских эмиров, а ханы, возводившиеся ими на престол, управляли лишь номинально.
В это время в г. Кеше (в округе Шахрисябз) родился Тимур (Тамерлан). Он происходил из монгольского рода Барулас.
Враждуя с Гусейном, правителем Мавераннахра, Тимур приобрел власть и стал главой всей этой страны и перенес столицу в Самарканд. Первые годы правления он отдал завоеванию Восточного Туркестана и Могулистана. Затем Тимур овладел Хорезмом, Грузией и Арменией (1379), Хоросаном (1381), Сеистаном и совершил ряд военных походов в Персию и Мавераннахр (1388). Им были покорены земли на севере Иртыша, Большого Юлдуса на востоке и Волги на западе (13891391).
Обезопасив Туркестан, Тимур продолжал свои завоевания в Персии (13921393), Индии (13981399), Сирии и Малой Азии (14001402), сосредоточив под своей властью Среднюю Азию, часть Западной Азии, и совершая набеги на южнорусские земли (1395).
Вернувшись в 1404 г. в Самарканд, Тимур стал готовиться к походу на Китай, но на пути он умер в Отраре в 1405 г. Тимур создал на развалинах Монгольской империи новую огромную державу, военное и гражданское управление в которой было организовано по законам Чингиз-хана.
После смерти Тимура начались смуты и междоусобицы. Его сын, Мираншах, недолго правил в Хорасане, Азербайджане и Закавказье. Другой сын, Шахрух, не смог удержать эти владения в своих руках. Прославился его сын Улугбек, всемирно известный математик и астроном, построивший знаменитую астрономическую обсерваторию в Самарканде.
Смуты возобновились при жизни Шахруха. Владения династии тимуридов были завоеваны в 1500 г. нахлынувшими на Туркестан с севера узбеками. Последний выдающийся представитель династии тимуридов Бабур не смог вытеснить узбеков из Мавераннахра и ушел в Индию, как уже было сказано. Еще во время господства в Туркестане династии тимуридов, в западной части казахских степей (Дешт-и-Кипчаке) кочевали узбеки, называвшие себя по имени потомка хана Джучи, Узбек-хана. Последний был главой Золотой Орды. Часть узбеков, недовольных своим главой Абулхайр-ханом, в 1465 г. с ханами из рода Джучи, Гиреем и Джанибеком, откочевала на юго-восток в Могулистан и заняла бассейн р. Чу и южную часть равнинного Семиречья, приняв имя казахов или киргиз-кайсаков. Их был 1 миллион человек.
Казахский хан Касым, обосновавшись на р. Каратал, в 1510 г. разбил войска узбекского хана Шейбани, а в 1512 г. взял Талас, Сайрам и разграбил окрестности Ташкента. В Семиречье казахи столкнулись с киргизами (кара-киргизами), жившим на юге Семиречья и в горах.
Казахи и киргизы воевали с узбеками, наступавшими с юга, а также с Могулистаном, в результате его правитель Сеид завоевал в 1514 г. Кашгарию и юг Семиречья. Здесь казахи потерпели поражение в 1538 г. от преемника Сеид-хана могульского хана Рашида.