Владычество Вавилона было сравнительно недолгим. В 539 г. столица царства была захвачена первым царем Персии, Киром. Персидская империя царей Ахеменидов была гораздо крупнее и сильнее Ассирийского или Нововавилонского царств, ее считают первой мировой державой древности. Политика Ахеменидов в отношении подчиненных территорий (то есть фактически всего Ближнего Востока, Передней Азии и значительной части Центральной Азии) была также принципиально иной, чем у ассирийцев или вавилонян. Вступив на престол, Кир разрешил переведенным в Междуречье народам вернуться на родину во всяком случае, это было сделано в отношении иудеев. До нас дошли тексты обеих версий царского декрета об этом, арамейской и еврейской (специально предназначенной для иудейской общины), разрешавшие не только возвращение в Иерусалим, но и восстановление в нем Храма (для этого были возвращены даже священные сосуды, захваченные вавилонянами в 586 г.). Значительная часть иудеев этим воспользовалась и во главе с утвержденным Киром правителем (наси «князем») Шешбацаром и первосвященником по имени Иисус вернулась в Иерусалим. Иудея стала административным подразделением персидской провинции. Обычно персы сохраняли в качестве правителей одну из местных родовитых семей (в Трансиордании, например, правил род Тобиадов), и вскоре престарелого наси сменил его племянник, Зоровавель. В Иудее, видимо, ждали восстановления на троне потомков Давида, но между светским правителем и главой общины иерусалимского Храма началась борьба за власть, которая осталась за первосвященником.
Преемник Кира, Камбиз, предпринял поход на Египет, который был подчинен, однако это стоило царю жизни, а Персии гражданской войны. Победивший в ней царь Дарий провел реформу управления, в результате которой вся империя была поделена на сатрапии, те на «провинции», а провинции на отдельные общины. К западу от Иордана образовалось 5 провинций: Иудея, Самария, Галилея, Идумея и Ашдод. Финикийские города и Кедар, входя в сатрапии, не подчинялись правителям провинций, они сохранили автономию и свои царские династии. Все земли, находившиеся к западу от Евфрата (то есть Сиро-Палестинский регион), включили в провинцию «Заречье» (по Геродоту это пятая сатрапия), с центром, видимо, в Дамаске. Первый известный сатрап Вавилона и Заречья, Уштан, был назначен в 520 г. до н. э.; его сменил некий Татнай; позже сатрапом Заречья был хорошо известный Мегабаз, подавивший восстание Вавилона в начале 480-х гг. Примерно тогда же ввели новый ежегодный налог на каждую сатрапию, от которого иудейская гражданско-храмовая община была вскоре освобождена. Из других повинностей, существенным было участие финикийцев и арабов в военных походах персидских царей.
Сатрапии были очень неоднородны в пятую входили и богатые города, и мало развитые горные районы. Богатые приморские торговые государства Финикии, хотя и пострадали в ходе греко-персидских войн (в 480450-х гг. торговля, судя по статистике керамического импорта, резко упала), сохраняли связи и с Египтом, и с Грецией.
К середине 450-х гг. в Иерусалиме отстроили Второй Храм и заново организовали его жречество. При царе Артаксерксе в Иерусалим вернулась еще одна группа иудеев из Месопотамии, во главе с Ездрой, потомком старого жреческого рода. В это время был издан новый царский указ, давший общине Храма юридический иммунитет этим завершилось формирование иерусалимской гражданско-храмовой общины, окончательно выделившейся из состава остального населения (так, даже браки членов общины с чужими были запрещены, а заключенные расторгнуты). Членами общины были признаны только потомки евреев, переведенных в Месопотамию, а потом вернувшихся (остававшиеся дома, как считал Ездра, утратили чистоту веры и выглядели в его глазах язычниками). В основу законодательства Ездра положил ветхозаветные законы, изложенные в Пятикнижии. В своей деятельности, которую можно назвать реформаторской, Ездра опирался на помощь царей Персии. В годы египетского восстания против Артаксеркса персидский царь отправил в Иерусалим как правителя своего эмиссара виночерпия Неемию, который был глубоко верующим иудеем и сменил Эзру на его посту. При нем были достроены стены Иерусалима и упорядочена служба в Храме, восстановлены некоторые древние обычаи (прощения долгов, возвращения должникам конфискованных земель и т. п.). Повинности и подати в пользу Храма также систематизировали. Вскоре община достигла полного преобладания в Иудее, и во второй половине V в. составила подавляющее большинство ее населения, а территориально заняла ее почти целиком. Самоназванием этой общины считается этноним «Израиль»: в исходном варианте это название союза двенадцати племен, ведших происхождение от праотца Иакова/Израиля, внука Авраама; позже этот этноним обозначал Единое царство евреев, а по его распаде Северное царство. В V веке оно обозначало тех, кто принадлежал к «богоизбранному народу», почитавшему Яхве, а особенно членов восстановленной общины Второго Храма.