Указанные процессуальные сроки дознания и предварительного следствия накладывают соответствующие жесткие временные рамки и на производство судебной экспертизы. При невозможности производства экспертизы в установленные сроки об этом письменно информируется лицо или орган, назначивший экспертизу. По согласованию с ним руководитель экспертного учреждения или эксперт вправе продлить сроки исследования. На период исполнения обоснованного запроса эксперта о предоставлении дополнительных материалов или после заявления мотивированных ходатайств о необходимости производства иных процессуальных действий экспертиза может быть приостановлена, о чем делается отметка в заключении.
Судебная экспертиза может быть проведена в государственном или ином экспертном учреждении, либо вне экспертного учреждения лицами, обладающими специальными знаниями в области науки, техники, искусства или ремесла, но не являющимися государственными судебными экспертами (ст. 199 УПК, ст. 41 ЗГСЭД, ст. 52 и 53 Основ законодательства Российской Федерации об охране здоровья граждан).
Статья 5 Уголовно-процессуального кодекса определяет экспертное учреждение как государственное судебно-экспертное или иное учреждение, которому поручено производство судебной экспертизы в порядке, установленном уголовно-процессуальным законом.
В соответствии со ст. 11 ЗГСЭД государственными судебно-экспертными учреждениями являются специализированные учреждения федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, созданные для обеспечения исполнения полномочий судов, судей, органов дознания, лиц, производящих дознание, следователей и прокуроров посредством организации и производства судебной экспертизы. В системе органов судебно-медицинской службы Российской Федерации государственными судебно-экспертными учреждениями являются Республиканский центр судебно-медицинской экспертизы (г. Москва), областные, краевые, городские (Москвы и Петербурга) и республиканские (в республиках, являющихся субъектами РФ) бюро судебно-медицинской экспертизы, входящие в структуру соответствующих министерств, управлений, комитетов и отделов здравоохранения, а также судебно-медицинские лаборатории Министерства обороны.
Организация и производство судебной экспертизы в медицинских учреждениях или их подразделениях, не относящихся к ведению федерального органа исполнительной власти в области здравоохранения, например, в военных судебно-медицинских лабораториях, осуществляется на основании нормативных правовых актов соответствующих федеральных органов исполнительной власти (в данном случае Министерства обороны), принимаемых совместно с федеральным органом исполнительной власти в области здравоохранения, т. е. совместно с Министерством здравоохранения РФ.
Кроме того, судебная экспертиза может быть проведена экспертными подразделениями, созданными федеральными органами исполнительной власти или органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации. Так, например, в системе органов внутренних дел приказом 349 от 21.07.1993 г. МВД РФ предусмотрено создание медико-криминалистических групп в качестве структурных подразделений экспертно-криминалистических управлений (отделов) МВД, ГУВД, УВД, УВДТ. В обязанности этих групп входит, в частности, производство медико-криминалистических экспертиз и исследований, связанных с вопросами идентификации личности неопознанных трупов. Если производство судебной экспертизы поручается указанным экспертным подразделениям, они осуществляют функции государственного судебно-экспертного учреждения, а их сотрудники исполняют обязанности, имеют права и несут ответственность как государственные эксперты.
Деятельность государственных судебно-экспертных учреждений по организации и производству судебной экспертизы регулируется Федеральным законом «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации», процессуальным законодательством Российской Федерации и осуществляется в соответствии с нормативными правовыми актами соответствующих федеральных органов исполнительной власти.
Профиль государственного судебно-экспертного учреждения (судебно-медицинский, судебно-психиатрический или иной) определяется соответствующими федеральными органами исполнительной власти. Государственные судебно-экспертные учреждения одного профиля осуществляют деятельность по организации и производству судебной экспертизы на основе единого научно-методического подхода к экспертной практике, профессиональной подготовке и специализации экспертов. Это требование закона обеспечивается ведомственными нормативными документами в рамках единой организационной структуры государственной судебно-медицинской службы, стандартизацией экспертных методик и типовых диагностических алгоритмов, унифицированными требованиями к специализации и переподготовке экспертов.