Недовольство масс вызывала также ориентация Магомед-Амина на Турцию во время Крымской войны 18531856 гг. Не увенчались успехом и попытки его главного соперника в альянсе с турецкмии властями шапсугского князя Сефер-бея Занова как султанского паши весной 1854 г. набрать черкесское ополчение. В 1855 г. абадзехи не отозвались и на призыв сторонников Порты и наибов Шамиля из Анапы выступить против русских. Магомед-Амин, провозглашенный осенью 1855 г. турецким главнокомандующим Осман-пашой начальником всех горских ополчений Западного Кавказа, обещал собрать сорокатысячное ополчение, но адыги отказались участвовать в войне против России. Осенью 1857 г. Сефер-бей Занов направил Александру II меморандум, в котором говорилось о требовании независимости адыгов под покровительством Турции. Магомед-Амин в то же время стремился заручиться поддержкой воюющих держав. В ноябре 1859 г. после переговоров Магомед-Амин вместе с абадзехами дал присягу на верноподданство России. В конце 1859 г. Сефер-бей Занов умер, а Магомед-Амин оставался у абадзехов в качестве эфендия, что, тем не менее, не остановило продолжающиеся междоусобицы. Несмотря на попытки воюющих держав союзников Турции использовать внутриадыгские противоречия для усиления антироссийских настроений, закубанские горцы оставались пассивными в войне и в большинстве своем склонялись к союзу с Россией.
В середине XIX в. возникло мухаджирство переселенческое движение значительной части кавказских народов в Османскую империю, во многом вызванное военно-политическими методами присоединения региона к России. Громадные размеры переселенческого движения горцев определялись радикальным изменением характера борьбы с ними, которая ставила две цели ослабить численный состав горского населения и, выселив его на равнину, добиться окончательного повиновения, закрепив на их прежних местах казачество. Выселение особенно сложно проходило в Закубанском крае, где в стратегически важных районах вместе с абхазами и убыхами проживали приморские этнические группы натухайцы, шапсуги, абадзехи. В 1860 г. царские власти от организации экспедиций переходят к систематическому заселению занимаемых земель казачьими станицами и выселению горцев на плоскость. Специальная комиссия, созданная в 1862 г, выделяла эмигрантам по 10 руб. на семью, организовывала отправку адыгов в Турцию. По данным Т. Х. Кумыкова, в 18591862 гг, из Большой Кабарды в Турцию было выселено более 10 тыс. чел., до 3 тыс. тагаурских и дигорских осетин, в 1865 г. около 3 тыс. кабардинцев и 45 осетинских семейств. В 1864 г. было выселено около 6 тыс. шапсугов, более 21 тыс. убыхов, до 20 тыс. бжедугов и абадзехов, около 400 семей карачаевцев, а в 1880-ые и в 19051906 гг. число мухаджиров-карачаевцев составило 1315 тыс. чел Наиболее часто упоминающееся общее количество выселенных за 18581865 гг. 494 633 чел. считается многими учеными преувеличенным.
С образованием в 1860 г. Кубанской области усилилась колонизация края. В течение 14 лет под прикрытием военной силы происходит переселение с восточной стороны Кубанских предгорий в Закубанье. В 1861 г. поселено 1736 семейств в 11 станицах в верховьях Кубани и ее притоков по направлению к Майкопу. К концу 1863 г. в Кубанской области было 18 военных кордонных линий и участков, на которых размещались 71 рота, 93 кавалерийские сотни и 24 орудия. В 18621863 гг. здесь было образовано 40 казачьих станиц, всего же в 18611865 гг. 81 станица и другие поселения с 14 081 семейством. В 1862 г. было утверждено Положение о заселении предгорий западной части Северного Кавказа, в котором предусматривалось выделение денежных пособий, надел общинными землями и передача земли в частную собственность.
Закубанские станицы были важными стратегическими пунктами в вытеснении горцев. Колонизация Закубанского края проводилась под влиянием военных приоритетов. Занятие западных предгорий Кавказа положило конец колонизации Кубанской области в смысле расширения границ казачьей территории. Казачество делилось на отдельные станичные общины, со временем места их расселения не назначались администрацией, а определялись инициативно, с последующей санкцией властей. Кроме того, постоянно рос приток иногородних крестьян-арендаторов и ремесленников из внутренних губерний России.
В 1834 г. возник Армавир (основное население горские армяне), основываются немецкие колонии, позже усиливается приток греков, болгар, молдаван и др. Доля иногородних постоянно возрастала, особенно с 1868 г., когда появился закон, позволявший лицам невойскового сословия приобретать в собственность усадебные строения на казачьих землях. В течение 15 лет крестьяне, выходцы из южнорусских губерний, достигли 25 % казачьего населения (250 тыс.). Они арендовали войсковые общинные и частные земли, часть их была принята станичными обществами. Колонизация предгорий сопровождалась выселением горцев из ущелий к берегам Кубани.