Несколько раз монастырь оказывался под угрозой организации в нем детдома, что имело бы самые пагубные последствия для его памятников. С. Н. Павлов сообщает, что в январе 1922 г. удалось уже в четвертый раз отхлопотать здания монастыря[97], но после его упразднения опасность эта стала более серьезной. В 1926 г. вопрос был, наконец, решен в пользу неприкосновенности монастыря, но лишь благодаря вмешательству ЦГРМ и лично И. Э. Грабаря[98].
Несмотря на упразднение монастыря, богослужения в нем продолжались. В ноябре 1924 г. постановлением Череповецкого Окружного исполкома за общиной верующих были оставлены церкви преп. Мартиниана и Благовещения с трапезной[99]. Перевод остальных зданий монастыря в ведение Главнауки и организация в Ферапонтове музея состоялись лишь в мае-июне 1927 г.[100] Богослужения, вероятно, были прекращены в 1929 г., после того, как все деревянные постройки монастыря были уничтожены пожаром, возникшим, видимо, в результате умышленного поджога[101].
В мае 1918 г. при музейном отделе Наркомпроса была создана специальная Комиссия по охране памятников искусства и старины, и Ферапонтов монастырь оказался в поле внимания этой организации. Летом того же года сооружения монастыря были обследованы членами Комиссии под руководством А. И. Анисимова, работавшей в Кирилло-Белозерском монастыре[102]. В августе 1919 г. произведен осмотр Богородице-Рождественского собора сотрудником Комиссии по раскрытию древней живописи в России П. И. Юкина, членов Петроградского отдела Главмузея В. В. Данилова, Н. В. Лишева и Б. Н. Моласа, профессоров Б. А. Тураева и А. В. Бородина, а также архимандрита Кирилло-Белозерского монастыря Анастасия. В акте, составленном этой комиссией, указывалось на бедственное состояние собора и особенно его фресок[103].
В 1919 г. Комиссия по охране памятников Главмузея решила завершить реставрационные работы в Ферапонтовском монастыре, начатые еще до революции. Для этого было отпущено 50000 руб., а выполнение работы возлагалось на Петроградское отделение и конкретно на архитектора В. В. Данилова, уже ведущего реставрацию Кирилло-Белозерского монастыря[104]. Но, несмотря на наличие средств, материалов и рабочих рук, работы не начинались из-за отсутствия продовольственных пайков для рабочих[105]. Получить их удалось благодаря стараниям И. И. Бриллиантова и его брата В. И. Бриллиантова лишь в конце августа 1920 г.[106]
Работы по реставрации зданий монастыря тянулись очень медленно и с большими перерывами. Акт осмотра монастыря от 1516 июля 1923 г. указывал на полную незавершенность работ и аварийность некоторых участков[107]. Ведущий архитектор В. В. Данилов заявлением от 1 марта 1924 г. пытался даже снять с себя ответственность за реставрацию монастыря, мотивируя это тем, что постоянные перерывы в работах, вызванные длительными задержками в снабжении и финансировании, наносят памятникам значительный ущерб[108]