Язык и литературная образованность для Антонина были средством проникновения и восхождения от национальных и этнических особенностей к общему Православному Наследию: он становится редким в Русской Церкви носителем и поборником подлинно вселенского православного сознания. Об этом свидетельствует, к примеру, его знаменитое письмо митрополиту Московскому Филарету (Дроздову) от 10 января 1861 г., являющееся своеобразным итогом десяти лет аттических трудов и размышлений. «Я убежден, что призван сделать что-то, что именно не знаю и предвидеть не могу. Но если бы даже и только то, чтобы увидеть первому исходящий от престола Мироправителя новый свет благоволения Его к месту избрания и вместе с тысячами других рук простереть свои слабые руки к разорванным звеньям византийской истории, сцепить их снова и начать новую историю Церкви Христианской, исходящую по-прежнему из Византии как из своего сердца повсюду, но уже не к раздроблению Тела Христова по странам, по народам, по языкам, по правительственным системам, по школам, по страстям, по нуждам, а к воссоединению всех в совокупную жизнь духа, любви, мира, радости о Духе Святе»[33]. Антонин был первым, кто открыто отстаивал перед священноначалием необходимость отмены нововведений синодального периода и решительно заявлял, что Русской Церкви есть чему поучиться у Греческой, отложив свой провинциальный «поместный» патриотизм.
В июне 1863 г., получив отпуск, единственный раз за более чем 40-летнее пребывание на Востоке, Антонин побывал на родине, в Батурино. В мае-июне 1865 г. он отправился в научную поездку по балканским провинциям Османской империи (Македония, Фессалия, Эпир), из которой его вызвала телеграмма посла Игнатьева. Его ждало новое назначение в Иерусалим.
Еще в юношеских мечтах, собираясь только в Киевскую Духовную Академию, он «думал о Киеве, как о счастии другого мира, ему казалось, что за Печерскою картиною скрывается другая, и не одна, далее ее, лучше ее, таинственнее, что Киев есть только перепутье в Иерусалим в рай»[34]. Однако Иерусалим того времени был мало похож на эдемский сад.
Руководство русскими учреждениями в Палестине в середине XIX в. осуществлялось параллельно и не всегда согласованно двумя различными ведомствами Министерством иностранных дел и Святейшим Синодом. Приезду архимандрита Антонина в сентябре 1865 г. предшествовала целая серия склок, скандалов, нестроений в отношениях между Миссией, консульством и Палестинской Комиссией. Весной 1864 г. Иерусалим покинул в результате затяжного конфликта с консульством глава Русской Духовной Миссии епископ Кирилл (Наумов) доктор богословия, бывший профессор и инспектор Петербургской Духовной Академии. И постарался об этом консул А.Н. Карцов замечательный дипломат, которого все и в Министерстве, и, особенно, посол Игнатьев, считали человеком способным и перспективным. Столкновение интересов Церкви и интересов светски ориентированного дипломата было неизбежно. Карцов не нашел другого применения своим дипломатическим талантам, как интриговать против Русской Духовной Миссии и ее начальника, добиваясь того, чтобы епископа Кирилла отозвали из Иерусалима. Менее чем через год (в 1865 г.) вынужден был оставить свой пост и присланный на замену епископу Кириллу архимандрит Леонид (Кавелин) тоже не случайное лицо в истории русского монашества, гвардейский офицер, постриженник знаменитой Оптиной пустыни, церковный историк и писатель, позже настоятель Новоиерусалимского Воскресенского монастыря и наместник Троице-Сергиевой Лавры. А выслан из Палестины как персона поп grata он был по настоянию Блаженнейшего Патриарха Иерусалимского Кирилла, по проискам того же Карцова.
В Св. Синоде всерьез задумались, как быть дальше с РДМ. И решили послать туда в качестве последней меры архимандрита Антонина. Так, почти случайно, по игре ведомственных амбиций и личных честолюбий, в Святой Земле появился один из главных деятелей Русской Церкви на Востоке и основатель Русской Палестины.
Но хотя приезжает он в Иерусалим как лицо, удобное для обеих противоборствующих сторон МИДа и Св. Синода, протеже графа Игнатьева, с одной стороны, и митр. Филарета с другой, в противостоянии сторон мало что изменилось. В истории почти 30-летнего служения его в Иерусалиме трудно найти хоть один продолжительный период затишья и покоя. В 1870-х гг. неоднократно ставился вопрос о закрытии Миссии и перемещении архимандрита Антонина в том числе «на повышение», с возведением в сан епископа в Сан-Франциско. Процитируем страницу из дневника: