Практически сразу был отвергнут план, разработанный генералом К. Фулем, который предполагал сосредоточение армии Барклая-де-Толли на берегу Западной Двины, в Дрисском укрепленном лагере. Барклай-де-Толли принял решение уклониться от генерального сражения и отступать на восток. Стратегически верное, это решение вызвало ропот солдат и офицеров, а в генералитете сложилась «русская партия», которая интриговала против «немца Барклая». Ее представители поддерживали П. И. Багратиона, который был учеником А. В. Суворова, а по старшинству производства в генеральский чин был выше Барклая. Багратион подчеркивал национальный характер войны и до решения вопроса о главнокомандующем уклонялся от соединения с Первой армией.
Боевые действия. Наполеону не удалось ни навязать пограничное генеральное сражение, ни разбить русские армий поодиночке. 22 июля Первая и Вторая армии соединились у Смоленска. Их общая численность составляла свыше 120 тыс. человек, заметно уступая силам французов, которые сосредоточили на главном направлении до 200 тыс. Под Смоленском произошло ожесточенное сражение, в котором отличились части под командованием генералов Д. П. Неверовского, Н. Н. Раевского, Д. С. Дохтурова. Город был разрушен наполеоновской артиллерией, русские войска продолжили отступление. Наполеон полагал, что кампания 1812 года кончена, и сделал попытку завязать с Александром I переговоры о мире. Его предложение, переданное через генерала Н. А. Тучкова, осталось без ответа.
17 августа в Царево-Займище, где находилась ставка русской армии, прибыл М. И. Кутузов, незадолго до этого назначенный главнокомандующим. Это стало победой общественного мнения, недовольного ходом кампании и демонстративно поддерживавшего старого генерала, о котором было известно, что его не любит император. Прибыв в ставку, Кутузов, обращаясь к солдатам, воскликнул: «С такими богатырями да отступать?» Тем самым он как бы выносил неодобрение действиям Барклая-де-Толли. Однако само отступление продолжалось. Стратегически оно было неизбежно. Было ясно, что целью Наполеона являлась Москва, занятие которой противоречило его первоначальным планам, но было навязано ему отступлением русской армии.
Партизанское движение. По мере продвижения наполеоновской армии в глубь страны возрастающее влияние на ход кампании оказывало партизанское движение. Имея растянутые коммуникации, французы не справлялись с их охраной, и у них в тылу успешно действовали казачьи отряды и части легкой кавалерии. Эти партизанские отряды строго подчинялись приказам командования и вели «малую войну», которой Кутузов придавал большое значение и которая наносила противнику серьезный урон. Во главе их стояли опытные офицеры Д. В. Давыдов, И. М. Вадбольский, В. В. Орлов-Денисов, А. Н. Сеславин, А. С. Фигнер, А. И. Чернышев.
Наряду с частями регулярной армии в тылу французов стихийно возникало крестьянское сопротивление врагу, который мародерствовал, угонял скот, грабил и сжигал деревни. В Богородском уезде Московской губернии в сентябре-октябре действовал отряд под руководством крепостного крестьянина Г. М. Курина, куда входило свыше 5500 человек, из них до 500 конных. Отряд действовал оружием, захваченным у французов. Герои крестьянского сопротивления большей частью неизвестны, но оно свидетельствовало о том, что война действительно стала народной. Правда, есть и обратные примеры. Смоленский помещик Н. И. Энгельгардт, пытавшийся организовать партизанский отряд, был выдан своими крестьянами и расстрелян французами.
Не желая идти наперекор общему настроению армии, Кутузов принял решение о генеральном сражении, место для которого он выбрал у села Бородина близ Можайска. Здесь сближались две основные дороги на Москву и был удобный рельеф местности, который затруднял маневры больших масс кавалерии и позволял выгодно расположить артиллерийские батареи. Правым флангом русской армии, где было сосредоточено две трети сил, командовал Барклай -де-Толли, именно его части прикрывали прямую дорогу на Москву. В центре позиций саперы оборудовали Курганную высоту, которая потом получила название батареи Раевского, по имени генерала, который командовал оборонявшими ее частями. Именно здесь были наиболее ожесточенные бои. На левом фланге располагались войска Багратиона. Перед ними у деревни Шевардино был построен редут, к которому французская армия подошла утром 24 августа. Бои за Шевардинский редут продолжались весь день и задержали перегруппировку наполеоновских войск. Только ночью Шевардинский редут был оставлен.