Цель учения была направлена на спасение: «каждый ученик должен прежде всего учиться тому, что ведет его к спасению». Жизнь школы так же, как и раньше, была еще тесно связана с Церковью: в уставе указывается на необходимость посещения церкви в воскресные и праздничные дни, необходимость исповедоваться и причащаться в каждый пост. Как и в древнерусской школе, обязательна была молитва перед учением: «Поутру все, сошедшись в назначенный час, не должны начинать учения, пока не прочтут молитв и обычного предисловия. Ибо сказано: в начале дела твоего Бога поминай». Важнейшими средствами духовно-нравственного воспитания продолжали оставаться поучение и проповедь: «После обеда в субботу учитель обязан не малое время и гораздо больше, чем в прочие дни, беседовать с детьми, поучая их страху Божию и чистым юношеским нравам: как они должны быть в церкви перед Богом, в доме перед родными своими и как им везде сохранить добродетель и целомудрие, то есть пред Богом и Святыми Его почитания и страх, пред родными и учителем послушание, пред всеми вообще покорность и уважение, а сами в себе чистоту и добродетель»; «В воскресенье и праздники Господские, пока пойдут к Литургии, учитель обязан со всеми беседовать и наставлять их о том празднике или святом дне, и учить их воле Божией. А после обеда должен всем изъяснять праздничное Евангелие и Апостол. Ибо сказано: Блажен, иже в законе Господни поучается день и ночь». Таким образом, в достижении целей религиозно-нравственного воспитания учащихся братская школа не употребляла средств искусственных, но обращалась к тем, какие употребляет церковь. На первом месте обязательное посещение богослужения, принятие св. Таинств, благоговейная молитва. «Весь строй братской школы, пишет С. И. Миропольский, проникнут был религиозностью, но эта религиозность, искренняя, простая, безыскусственная, исходящая от души, правдивая и основанная на уставах церкви» [136, с. 151].
Школа продолжала оставаться всесословной: «богатые пред убогими в школе ничем не могут быть выше, как только наукою ибо все мы братья во Христе». От учащихся требовалось послушание и выполнение правил дисциплины, которые не были авторитарно-принудительными, но органично вытекали из воспитательной концепции школы: «старшему оказывать безусловное послушание, во всем советуясь с ним и ему повинуясь добровольно, без всякого принуждения и ропота, как тому, который будет наставлять и учить всему приличному и полезному»; «никто не должен ходить ни в какие неприличные собрания или пирушки и иметь обращение и товарищество с теми, которые тому преданы, ибо человек, как с преподобными преподобен бывает, так со строптивыми развращается».
После воссоединения с Московским царством (1654) части украинских и белорусских земель влияние подобных школ на образование в Русском государстве усилилось. Церковный Собор 16661667 годов, осудивший старый обряд, назвал основной причиной раскола невежество духовенства. Поэтому была поставлена задача ввести его в систематическое школьное образование. Помощь в этом деле оказали Москве выпускники Киевской академии. Однако пока речь еще не шла о создании высшей школы. В школах продолжалось элементарное образование, греческий и латынь не изучались, а изучалась азбука, часослов, псалтирь, письмо и пение. Обучение по преимуществу происходило в домах священников и дьячков, т. е. было делом частным, а не правительственным.
В конце XVII века в высшем русском духовенстве зреет мысль о создании греко-славянского просветительского центра. С этой целью в 1685 году в столицу были приглашены греческие ученые братья Иоанникий (16391717) и Софроний (16521730) Лихуды, возглавившие греческую школу при Богоявленском монастыре. Эта школа потом влилась во вновь созданную Славяно-греко-эллинскую (позже Славяно-греко-латинскую) академию (1687) первое в Московской Руси высшее учебное заведение. Братья Лихуды содействовали развитию на Руси греческого богословия и византийской педагогической традиции, не отвергая при этом и европейской науки. Взяв за основу программы латинских школ Европы, педагоги попробовали перестроить их на православных источниках. Учебный материал осмыслялся с православных позиций, учащихся готовили к полемике с представителями других вероисповеданий. В разные годы академию закончили такие видные поэты и ученые, как Карион Истомин, Леонтий Магницкий, М. В. Ломоносов и др.; ее выпускники занимали как духовные, так и светские должности.