Сампсониевское кладбище было городским. Здесь хоронили дворян, мещан, купцов, ремесленников простой люд и «благородных». Различным был и характер погребений: от «князь-папы» П. И. Бутурлина, похороненного в присутствии Петра I, до умершего в 1726 г. в Петропавловской крепости И. Т. Посошкова, автора известной «Книги о скудости и богатстве». В 1721 г. здесь похоронили сибирского губернатора князя М. П. Гагарина, повешенного за казнокрадство, в 1740 г. были преданы земле останки казненных А. П. Волынского, П. М. Еропкина, А. В. Хрущова.
С первых лет существования Петербурга появилась необходимость в особых кладбищах для жителей иностранного вероисповедания. Военные специалисты, инженеры, механики, архитекторы, ученые, медики, мастера адмиралтейской верфи множество людей родом из Голландии, Франции, Швейцарии, Дании, германских княжеств оказались в это время в России, внося заметный вклад в строительство города на берегах Невы.
В допетровской православной Руси не только место погребения, но и само место жительства иностранцев было строго изолировано (как, например, «Немецкая слобода» в Москве). То же, кстати, было и в других европейских странах: в католических Испании и Италии иноверцы не могли быть похоронены в ограде «священной земли» церковного кладбища.
В Петербурге веротерпимость с самого начала была важной чертой городского быта. С 1706 г. близ Главной аптеки на левом берегу Невы существовал католический приход со своей церковью. Протестанты молились в церкви на дворе адмирала К. И. Крюйса. Шведы и финны, переехавшие в Петербург из разоренного Ниеншанца, совершали богослужения в наемном доме в районе «финских шхер» близ Мойки. Безразличие основателя города к тонкостям церковного исповедания доходило до того, что по его повелению иноверцев Р. Арескина и А. Вейде похоронили в православном Невском монастыре. Но, как правило, иностранцев погребали в специально отведенных местах вблизи городских православных кладбищ.
Недалеко от Сампсониевского православного кладбища, выше по течению Большой Невки, появилось иноверческое («немецкое») кладбище. Известно, что на нем были похоронены братья Блументросты: архиатер Иван Лаврентьевич (16761756) и лейб-медик Лаврентий Лаврентьевич (16921755), первый президент Санкт-Петербургской Академии наук. Среди первых петербургских академиков, погребенных на Сампсониевском: филолог и историк Готлиб Байер (16941738), математик Кристиан Гольдбах (16901764). Сампсониевское немецкое кладбище памятно в истории петербургского искусства. Здесь были похоронены зодчие Жан Леблон (16791719), Николаус Гербель (ум. 1724), Доменико Трезини (16701734), живописец Георг Гроот (17161749), скульптор Бартоломео Растрелли (16751744), а возможно, и сын последнего, архитектор Франческо Растрелли (17001771).
В ограде Сампсониевского храма недалеко от руководителя «Комиссии о Санкт-Петербургском строении» П. М. Еропкина (16981740) был погребен строитель здания Академии художеств А. Ф. Кокоринов (17261772)[70].
Упразднение Сампсониевских кладбищ православного и иноверческого произошло в 1770-е гг., но территория долгое время не была застроена; отдельные надгробные плиты во дворе церкви и в стенах храма сохраняются до настоящего времени.
В 1710-е гг. Сампсониевское кладбище не было единственным на правом берегу Невы. По указу Петра I, в 1715 г. на Выборгской стороне «в мазанках» были открыты морской, а четырьмя годами позже сухопутный госпитали. При них упоминается особое «госпитальное кладбище» с церковью святого Иоанна Богослова, приписанной к Сампсониевской. Кроме того, в восточной части Аптекарского острова, рядом с Ботаническим садом, находилось еще одно инославное Аптекарское кладбище. Оно возникло раньше Сампсониевского, после открытия которого на Аптекарском хоронили главным образом весной и осенью, когда ледоход или шторм нарушал связь с Выборгской стороной.
Вторым городским кладбищем стало Ямское. По указу 1713 г., в Петербург переселили «ямщиков лучших и семьянистых», которые составили население Ямской слободы, располагавшейся по Московскому (Новгородскому) тракту. В 17181719 гг. ямщики выстроили в слободе деревянную приходскую церковь Рождества Иоанна Предтечи. Позднее, в 17481749 гг., здесь была сооружена каменная церковь во имя Воздвиженья Животворящего Креста Господня (перестроенная в середине XIX в.).
19 июля 1719 г. Петр I послал архимандриту Невского монастыря Феодосию указ: «в ямской слободе от церкви в длину до Черной речки и в ширину от церкви по обе стороны [отмерить] по пятидесяти сажень для погребения в том месте умерших тел всякого чина людей здешней стороны, зделать ограду деревянную по обыкновению из бедных умерших не имая никакой платы погребать, а окроме вышеозначенного места нигде не погребать»[71]. Наблюдение за порядком на устраиваемом кладбище поручалось «ямской слободы почтмейстеру». В указе отмечалось: «а ежели кроме вышеозначенного места близ того в рощицах как где инде станут хоронить, так и в указанном месте в погребении кто какое препятствие будет чинить, и то взыщется на оном почтмейстере». Судя по этому указанию, в окрестных «рощицах» хоронили и до официального устройства Ямского кладбища. Как и Сампсониевское, это кладбище перестало существовать в 1770-е гг.