Возглавить второе ополчение Пожарский согласился ещё и по личным мотивам. 17 августа 1611 года его крепко обидел сосед по вотчине Григорий Орлов. Он написал письмо польскому королю Сигизмунду, обвинив князя в измене, и был награжден за свой донос поместьем Пожарского селом Нижний Ландех. Пришлось Дмитрию Михайловичу срочно перебираться в другое свое владение село Мугреево.
Став во главе ополчения, Пожарский, по сути дела, обладал всей верховной властью над Русской землей. Но, по свидетельству современников, в том великом деле, которое совершал под его начальством русский народ, личность самого Пожарского проявлялась весьма мало. Он не пользовался особым авторитетом и сам про себя говорил: «Был бы у нас такой столп, как князь Василий Васильевич Голицын, все бы его держались, а меня к этому делу приневолили бояре и вся земля» (Нижегородский край в словаре Брокгауза и Ефрона. Нижний Новгород, издательство «Нижегородская ярмарка», 2000).
Не хватало ему и полководческого опыта. Остановившись с ополчением в Ярославле, Пожарский целое лето не торопился двинуться на Москву, несмотря на то, что существовала опасность появления войск польского короля Сигизмунда. Выступив из Ярославля, князь снова непростительно медлил, сворачивал с дороги, чтобы поклониться родительским гробам в Суздале, а в результате гетман Ходкевич едва не успел доставить в Москву провиант для польского гарнизона. Этот провиант отбили у Ходкевича казаки под командованием князя Трубецкого, что и решило участь оборонявшихся.
После взятия Москвы Пожарский занимал лишь второстепенные должности. Он получил в награду несколько поместий на территории современной Нижегородской области. Спустя 8 лет царь вернул ему и Нижний Ландех. Но особого расположения со стороны Михаила Романова Пожарский не испытывал. Особенно после того, как в 1613 году князь вступил в конфликт с только что получившим чин боярина Борисом Салтыковым, особы, приближенной к царю. За это он был «выданголовой» (там же). Этот унизительный обряд заключался в том, что обидчик несколько часов подряд стоял без шапки на дворе Салтыкова.
Перед лицом вечности
После 1613 года Пожарский участвовал в переговорах о заключении Столбового мира со Швецией, руководил Ямским, Разбойным и Судным приказами, служил воеводой в Новгороде, Можайске, Пафнутьеве, воевал с поляками. Но он всё чаще стал болеть, здоровье не позволяло ему участвовать в длительных походах.
На склоне лет Дмитрий Михайлович занялся строительством богоугодных заведений. Основал два монастыря, на его деньги были возведены церкви в Юрине, Мугрееве, Кинешме и подмосковном селе Медведково, храм-памятник нижегородскому ополчению в Москве. Кроме того, князь жертвовал деньги. Когда свирепствовала моровая язва чума, привёз из Соловков Чудотворный Животворящий крест Господень, изготовленный из гранатового дерева. Этой святыне поклонялись в Пурехе около трехсот лет. Сейчас она находится в Свято-Троицкой церкви Нижнего Новгорода.
Весьма примечателен и такой факт. Когда поляки, осажденные в Москве, сдались, поначалу решено было их истребить. Но Пожарский убедил ополченцев этого не делать. Он расселил пленных на своих пустующих землях вдоль дороги Нижний Новгород-Ярославль, и они приносили князю дополнительную прибыль. Не так-то он был прост, денежки считать умел. Сегодня потомки поляков живут в Пурехе, деревне Беляниха, в селе Пестяки и в других населённых пунктах.
Раздвоение камня
Считается, что погребён князь в родовой усыпальнице в Суздальском Спасо-Евфимьевском монастыре. Однако есть свидетельства, которые опровергают официальную версию. В 1886 году, например, пастух из нижегородской деревни Старцево нашёл появившийся неведомо откуда надгробный камень с могилы Пожарского. «Теперь все уверены, что князь похоронен в Юрино, говорилось в протоколе заседания нижегородского губернского статистического комитета. Оно датировано тем же, 1886 годом. Надгробье же его заброшено в самый глубокий омут большого озера при Лебедевском заводе, верстах в 15 (имелось в виду озеро Пырское, С.С.-П.), либо в болото» (Александр Гациский. Нижегородский летописец. Нижний Новгород, издательство «Нижегородская ярмарка», 2001).
Обошлись с ним так жестоко по той причине, что люди боялись, что «раздвоение надгробья» проделки дьявола. Камень, найденный безымянным пастухом, был совершенно идентичен надгробью князя в часовне Спасо-Евфимьевском монастыря.