Царь был не только умным, но и образованным человеком своего века. Он много читал, писал письма, составил «Уложение сокольничья пути», пробовал писать свои воспоминания о польской войне, упражнялся в версификации. Он был человеком порядка по преимуществу; «делу время и потехе час» (то есть всему свое время), — писал он; или «без чина же всякая вещь не утвердится и не укрепится».
Этот чин, однако, нужно было утвердить при вступлении шестнадцатилетнего царя на престол. Молодой царь подчинился влиянию Б.Морозова. Задумав жениться, он в 1647 г. выбрал себе в жены дочь Рафа Всеволодского, но отказался от своего выбора благодаря интригам, в которые, вероятно, замешан был сам Морозов. В 1648 г. 16 января, царь заключил брак с Марьей Ильинишной Милославской; вскоре затем Морозов женился на сестре ее Анне. Таким образом Б.И. Морозов и тесть его И.Д. Милославский приобрели первенствующее значение при дворе. К этому времени, однако, уже ясно обнаружились результаты плохого внутреннего управления Б.И. Морозова. Царским указом и боярским приговором 7 февраля 1646 г. установлена была новая пошлина на соль. Эта пошлина заменила не только прежнюю соляную пошлину, но и ямские и стрелецкие деньги; она превосходила рыночную цену соли — главнейшего предмета потребления — приблизительно в полтора раза и вызвала сильное недовольство со стороны населения. К этому присоединились злоупотребления Д.И. Милославского и молва о пристрастии царя и правителя к иностранным обычаям. Все эти причины вызвали бунт народный в Москве и беспорядки в других городах; 25 мая 1648 г. народ стал требовать у царя выдачи Б.Морозова, затем разграбил его дом и убил окольничего Плещеева и думного дьяка Чистого. Царь поспешил тайно отправить любимого им Б.И. Морозова в Кириллов монастырь, а народу выдал окольничего Траханиотова. Новая пошлина на соль отменена была в том же году. После того как народное волнение стихло, Морозов возвратился ко двору, пользовался царским расположением, но не имел первенствующего значения в управлении. Царь Алексей возмужал и уже более не нуждался в опеке; сам он писал Никону в 1651 г., что «слово его стало во дворце добре страшно». Слова эти, однако, на деле не вполне оправдались. Мягкая, общительная натура царя нуждалась в советчике и друге. Таким «собинным», особенно любимым, другом стал Никон. Будучи в то время митрополитом в Новгороде, где со свойственною ему энергией он в марте 1650 г. усмирял мятежников, Никон овладел доверием царским, посвящен был в патриархи 25 июля 1652 г. и стал оказывать прямое влияние на дела государственные. Из числа последних особенное внимание правительства привлекали внешние сношения.
Еще в конце 1647 г. казацкий сотник Зиновий Богдан Хмельницкий бежал из Украины в Запорожье, а оттуда в Крым. Возвратившись с татарским войском и избранный в гетманы казацкою радой, он поднял всю Украину, поразил польские войска при Желтых Водах, Корсуне, Пилаве, осаждал Замостье и под Зборовом заключил выгодный мир; потерпев неудачу под Берестечком, он согласился под Белою Церковью на мир гораздо менее выгодный, чем Зборовский. Мир этот возбудил народное неудовольствие; гетман принужден был нарушить все условия и в стесненных обстоятельствах обратился с просьбою о помощи к «царю восточному». На соборе, созванном по этому поводу в Москве 1 октября 1653 г., решено было принять казаков в подданство и объявлена война Польше. 18 мая 1654 г. сам царь выступил в поход, съездив помолиться к Троице и в Саввин монастырь. Войско направилось к Смоленску. После сдачи Смоленска 23 сентября царь возвратился в Вязьму. Весной 1655 г. предпринят был новый поход. 30 июля царь совершил торжественный въезд в Вильну, затем взяты были Ковно и Гродно. В ноябре царь возвратился в Москву.