Esitettyään Jumalan olemassaolon todistukset, Descartes määrää Jumalan ominaisuudet. Niiden tajuamiseksi arvelee hän riittävän, että tarkastamme kaikkia itsessämme havaittuja ominaisuuksia ja kysymme onko niiden omistaminen täydellisyyttä vai ei. Itsessämme havaitsemme täten epätäydellisiä ominaisuuksia, mutta kaikki ne ominaisuudet, joiden saatamme kuvitella Jumalassa olevan, ovat täydellisiä. Jumalalla ei voi olla kokoonpantua luontoa, eikä siis aineellisuutta. Jumala on vain puhdasta ajattelemista.
Kolmea Jumalan ominaisuutta Descartes pitää ennen muita tärkeinä, nimittäin kaikkivaltaa eli ehdotonta vapautta, muuttumattomuutta ja totuudellisuutta.Jumala on kaikkivaltias s. o. ehdottomasti vapaa. Ei mikään vallitse eikä rajoita hänen tahtoansa, ei edes hänen oma järkensä. Tosi ja väärä, hyvä ja paha ovat sellaiset, koska hän ne sellaisiksi määrää. Samoin matematiikki, siveys, kaikki tieteet ja yleensä kaikki seikat olisivat saattaneet olla toisin, jos Jumala vain olisi tahtonut. Jokaisen olennon ja seikan olemassaolo riippuu täydellisesti Jumalan vapaasta tahdosta; maailma pysyy yllä ainoastaan sentähden, että Jumala sitä ylläpitää, ja tämä ylläpitäminen on jatkuvaa luomista.
Paitsi ehdottomasti vapaata tahtoa eli kaikkivaltaa, on Jumalan täydellisyyden tunnusmerkkejä vielä hänen aikeidensa ja päätöksiensä muuttumattomuus. Samoin kuin Jumala, on myös totuus muuttumaton. Tämä muuttumattomuus ilmenee maailmassa sitä hallitsevien luonnonlakien pysyväisyytenä. Niinpä yleiset liikelait ovat aina samat.Täydellinen olento ei voi meitä pettää. Totuus tosin olisi voinut olla toisenlainen, jos Jumala olisi niin tahtonut, mutta se totuus, jonka Jumala kerran on säätänyt, on todella sellainen, kuin me sen käsitämme. Jumalan totuudellisuus perustaa ja selittää evidenssin totuuden.
Mitä Descartes'n yleiseen fysiikkiin tulee, käsittää hän ulkomaailman kokonaan ulottuvaisuuden muodostamaksi. Kaikki sen muut ominaisuudet, kuten värit, äänet, hajut, y. m. eivät todella ole olemassa muualla kuin meidän sielussamme, toisin sanoen, ovat pelkkiä aistimuksiamme. Tästä seuraa, että maailman selittäminen vain on geometrinen ja mekaninen tehtävä. Descartes'n fysiikissään noudattama metodi on apriorista laatua, joka menee syistä seurauksiin. Hän ei tarkasta nykyistä todellista maailmaa sellaisena kuin se on, vaan luo sen uudelleen ajatuksellaan, ja kokemus ainoastaan vahvistaa hänen yksityiskohtia tarkoittavia hypotesejään. Descartes'n käsityksen mukaan Jumala on säätänyt liikkeen ja ulottuvaisuuden; ja tämän rajattomasti hajaantuvan liikkeen pyörteistä ja värähdyksistä tähdet syntyvät, liikkuvat ja pysyvät tasapainossa; eri aineet muodostuvat kappaleiksi ja taaskin hajaantuvat; kasvit ja eläimet sikiävät, elävät ja ylläpitävät lajiaan. Ei edes tarvitse olettaa loppusyitä. Ensimäinen alkuunpano, ynnä luontoa hallitsevat ja ylläpitävät lait riittävät koko luonnon selittämiseksi. Maailmankaikkeus on Descartes'n mielestä kone, jossa vain tarvitsee tarkastaa sen osien muotoa ja liikkeitä. Elämä itse on mekaninen ilmiö. Eläimet ovat vain automateja eli itsekseen liikkuvia koneita. Viimeksimainitulla omituisella ja epäilemättä väärällä luulolla on juurensa Descartes'n moralisissa vakaumuksissa. Hän näet arveli, että ihmiset menettäisivät siveellisen edesvastuuntunteen, jos olettaisivat eläimissä olevan sielun tai edes pienenkin määrän henkisiä kykyjä.
Lopuksi on meidän luominen silmäys Descartes'n psykologiaan ja moraliin. Sielu, niin opettaa Descartes, eroaa kokonaan ulottuvaisuudesta eli aineesta. Mutta vaikka sielu onkin henkinen ja kokonaan erilainen kuin ruumis, yhtyvät sielun toiminnat sangen usein ruumiin toimituksiin. Sielun olemus on ajattelemista, joka siihen määrään yhtyy kaikkiin sen ilmauksiin, että jos sielu lakkaisi ajattelemasta, se samalla lakkaisi olemasta. Tästä Descartes tekee sen johtopäätöksen, että sielu alati ajattelee.
Descartes jakaa sieluntilat kahteen pääryhmään, nimittäin sielun toimivaan tilaan (actiones) ja kärsivään eli vastaanottavaan tilaan (passiones). Edelliseen kuuluvat korkeammat sielunkyvyt, kuten ylempi mieltäminen ja tahdontoiminnat. Sielun vastaanottavaan tilaan kuuluu paitsi alempia mieltämistiloja, kuten aistimukset ja muisti, myöskin vietit, halut ja mielenliikutukset. Viimeksimainittuja käsittelee Descartes teoksessaan "Traité des Passions" (Mielenliikutuksien Tutkistelu). Niiden esiintymisen ihmisessä Descartes selittää sen nojalla, että ihminen on henki-ruumiillinen olento. Sielun ja ruumiin vuorovaikutuksen välittäjäksi Descartes kuvittelee niin kutsuttuja elonhengekkeitä, jotka, kuten hän itse kuvailee, ovat ohuen ilmavirtauksen tai soihdusta nousevan liekin kaltaista nopeaan liikkuvaa ainetta. Sielun kuvittelee Descartes sijaitsevan pienessä aivoissa olevassa n. k. mäntyrauhasessa. Sinne vievät kevyet elonhengekkeet viestinsä ruumiista; sieltä ne taaskin virtaavat eri ruumiinosiin johtaen niihin eri sieluntiloja vastaavia vaikutuksia. Vaikka siis mielenliikutuksilla Descartes'n käsityksen mukaan on mekaninen perustuksensa, ja vaikka ne siis suureksi osaksi ovat ruumiista riippuvaiset, saattaa kuitenkin vapaa tahto niitä melkoisesti lieventää ja hillitä.Descartes'n psykologiassa on paljon epäselvää ja epävarmaa. Lukuunottamatta muutamia todellisuuden havaitsemiseen perustuvia huomautuksia, täytyy myöntää, että Descartes'n psykologiset tutkimukset ovat hänen järjestelmänsä heikoin osa.
Erityistä moralifilosofista teosta Descartes ei ole kirjoittanut; hänen siveysoppia koskevia mielipiteitänsä tulee siis poimia esiin hänen eri teoksistaan ja kirjeistään. Teoksessaan "Discours de la Méthode" (Metodin Esitys) Descartes kertoo muodostaneensa itselleen väliaikaisen siveysopin, jonka tarkoituksena oli se, että filosofi sitä noudattamalla saavuttaisi kaipaamansa mielenrauhan, voidakseen levollisesti jatkaa tutkimuksiansa. Kirjeissään oppilailleen, prinsessa Elisabetille ja Kristiina kuningattarelle, selvittelee hän lähemmin vakaumuksiansa tässä suhteessa. Siitä käy selville, että Descartes'n morali on suuressa määrin stoalaisen siveysopin kaltaista. Tosihyvää on vain se, jonka toteuttaminen riippuu meistä, omasta tahdostamme. Korkein hyvä on siinä, että lujasti tahdomme tehdä hyvää, sekä hyvän omantunnon tuottamassa sielunrauhassa. Saavuttaaksemme autuaallisen sielunrauhan ja mielentyydytyksen, tulee meidän hankkia tieto siitä, mitä hyvä on, sekä sitten päättää ryhtyä sitä toteuttamaan. Siveellisessä toiminnassa on siis intellektin toiminnalla melkoinen osansa. Jos hyvin ymmärrämme mikä on hyvää, ja jos arvostelukykymme on kehittynytniin väittää Descartessaatamme myöskin hyvin toimia.
RENÉ DESCARTES.
METODIN ESITYS
OHJAUKSEKSI OIKEAAN AJATTELEMISEEN JA TOTUUDEN ETSIMISEEN TIETEESTÄ
Jos tämä esitys tuntuu olevan liian pitkä luettavaksi yhdessä jaksossa, saattaa sen jakaa kuuteen osaan. Ensimäinen sisältää useita tiedettä koskevia mietteitä; toinen tekijän etsimän metodin pääsäännöt; kolmas muutamia tekijän mainitusta metodista johtamia moralisääntöjä; neljäs ne perusteet, joiden nojalla tekijä todistaa Jumalan ja ihmissielun olemassaolon ja jotka ovat hänen metafysiikkinsä perustuksena; viides joukon tekijän tutkimia luonnontieteellisiä kysymyksiä, erityisesti selityksen sydämen tykytyksestä ja muutamista muista vaikeista lääketieteellisistä seikoista, sekä lisäksi selonteon ihmis- ja eläinsielun erotuksesta; ja kuudes eli viimeinen sellaista, mitä tekijän mielestä sen tulee tietää, joka tahtoo tunkea syvemmälle luonnon tuntemiseen, sekä ne syyt, jotka ovat aiheuttaneet tekijän kirjallisen toiminnan.