Реакция греческого населения на готовившиеся реформы была различной. Богатые константинопольские греки с введением мирского начала в церковное управление надеялись получить большее влияние на дела своего народа и Церкви. Многие греческие иерархи были рады упразднить самовластие геронтов и прекратить их злоупотребления. Консервативно настроенные митрополиты и в первую очередь сами геронты, разумеется, были категорически против всяких нововведений. Патриархия протестовала против некоторых пунктов проекта преобразований: по поводу необходимости для архиереев присягать правительству при вступлении в должность и по ряду других моментов. В результате было избрано церковно-народное собрание, состоявшее из семи митрополитов, 21 мирянина и двух чиновников; носило оно, разумеется, совершенно светский характер. Первое заседание собрания состоялось 3 октября 1858 г. Собрание обсуждало разные вопросы: первым из них был порядок выбора Патриарха. Мирским членам собрания удалось провести решение, предусматривавшее контроль над выборами со стороны мирян, и лишь окончательное избрание предоставлялось Синоду. Особенно горячие дебаты возникли по поводу введения жалования духовенству. Осуществление этой меры не только ставило духовенство в зависимость от правительства, но имело целью постепенный секвестр церковных имуществ, что в конечном итоге привело бы к ослаблению Церкви. Кроме того, приводился довод, что в государстве с иноверным правительством не может быть введена мера, практикующаяся в России, где царь и правительство православные и поэтому являются естественными покровителями Церкви. Поскольку геронты активно препятствовали работе совета, 6 июля 1859 г. было принято решение об их удалении. К началу 1860 г. были в общих чертах разработаны новые положения управления Церковью, известные под названием «Общих уставов» (Γενικο κανονισμοί).[10] Из-за активного противодействия их введению со стороны нового Патриарха, Иоакима II, избрание членов Синода по новому уставу состоялось только в конце января 1862 г.
Согласно новому порядку, в случае вакантности патриаршего престола избирался местоблюститель, утверждаемый Портой. Затем все архиереи Патриархата должны были прислать в запечатанных конвертах имя того кандидата, который казался им наиболее достойным. Одновременно составлялось избирательное собрание: в него входили члены Синода и те архиереи, которые в данный момент находились в столице. Светскую часть составляли: три из высших чиновников Патриархии; члены смешанного совета; три из старейших чиновников, имеющих гражданскую степень, два имеющих степень военную и три из других гражданских чиновников; губернатор Самоса или его представитель; три представителя от Дунайских княжеств; четыре наиболее известных ученых; пять от торговых корпораций; один из банкиров; десять представителей цехов; двадцать восемь представителей от епархий. Таким образом, составлялся предварительный список из всех предложенных кандидатур, который представлялся Порте; последняя в течение 24 часов вычеркивала из него тех лиц, которых по политическим соображениям считала неподходящими для выбора на патриарший престол. После возвращения списка избирательное собрание посредством тайной подачи голосов указывало трех кандидатов, по большинству голосов, из числа не исключенных лиц. Из этих трех кандидатов духовные члены собрания также тайным голосованием с призыванием Св. Духа избирали одного из трех кандидатов. Если количество голосов оказывалось равным, то вопрос решал местоблюститель. Теперь патриарший Синод состоял из 12 архиереев, выбираемых сроком на два года, причем никто из архиереев, не являющихся членами Синода, не мог находиться в Константинополе без специального разрешения Патриарха; равным образом члены Синода не могли отлучаться из столицы. Заседания Синода должны были происходить два раза в неделю.
Церковно-народное собрание выработало также «Устав постоянного смешанного совета», особого административного учреждения, которого прежде в Константинопольской Церкви не существовало. Состоял смешанный совет из двенадцати членов четырех архиереев и восьми мирян, под председательством одного из духовных членов. Выбирались члены совета сроком на два года, причем часть его должна была обновляться ежегодно. Членами совета могли быть только оттоманские подданные старше 30 лет, имеющие опыт в делах и пользующиеся уважением. Вознаграждения они не получали, а взяточничество строго преследовалось. В обязанности членов совета входило следить за исполнением завещаний и других актов, рассмотрение вопросов по наследству, наблюдение за школами, больницами и другими богоугодными заведениями и проч.