В этих условиях как партийной властью, так и руководством чекистов предпринимался ряд шагов по поиску выхода из кризиса. Во-первых, 29 сентября 1918 г. выходит сообщение о создании при ВЧК контрольно-ревизионной коллегии, призванной бороться с грабежами, взяточничеством и шантажом со стороны лиц, состоящих на советской службе. Впоследствии в состав этого контролирующего органа были введены представители Центрального комитета Российской коммунистической партии (большевиков) (ЦК РКП[б]), НКВД и НКЮ, а также было предоставлено право опротестования постановлений отделов и применения высшей меры наказания.
Во-вторых, во избежание произвольных форм в организации местных ЧК в сентябре 1918 г. было принято «Положение ВЧК о губернских и уездных чрезвычайных комиссиях», предписывающее в обязательном порядке включать в структуру местных ЧК 4 главных отдела: Отдел по борьбе с контрреволюцией, Отдел по борьбе со спекуляцией, Отдел по борьбе с преступлениями по должности и Иногородний отдел.
В-третьих, в начале октября в ЦК РКП(б) созревает решение составить проект положения о ВЧК, ее взаимоотношениях с другими комиссариатами как в центре, так и на местах. Эта задача была возложена в ВЧК на комиссию из Я.Х. Петерса, И.Н. Полукарова и В.В. Фомина. 28 октября 1918 г. Президиум ВЦИК принял «Положение о Всероссийской и местных чрезвычайных комиссиях», согласно которому ВЧК являлась органом исполнительной власти и подчинялась СНК. Председатели местных ЧК избирались исполкомами и утверждались ВЧК. Постановления местных чрезвычайных комиссий могли отменить или приостановить только ЧК вышестоящей инстанции. Между тем, Положение о ВЧК хотя и определяло правовой статус Комиссии, но лишь в общих чертах, что предопределило появление новых междуведомственных конфликтов.
В-четвертых, на заседании Президиума ВЧК 15 ноября 1918 г. приняли Положение о Коллегии из 9 членов во главе с председателем. Решение было обосновано как вопросами повышения контроля за действиями ВЧК, так и необходимостью усовершенствования управления ВЧК. Однако персональный состав Коллегии официально был утвержден постановлением СНК РСФСР только 27 марта 1919 г. в количестве 14 человек. Связано это было как раз с кризисом ВЧК, вызванным возросшим количеством претензий
Механизм налаживания взаимоотношений через Контрольно-ревизионную комиссию оказался нежизнеспособным. В декабре 1918 г. появился доклад М.Я. Лациса о ее деятельности в ВЧК в качестве представителя НКВД. В нем отмечалось, что Контрольно-ревизионная комиссия не может успешно работать, так как члены этой Комиссии были сотрудниками ВЧК, к тому же всякие попытки контроля оборачивались сопротивлением со стороны ВЧК. Но главной проблемой автор доклада считал отсутствие координации взаимодействия районных ЧК, уголовной милиции и ВЧК. Попытка наладить это взаимодействие успеха не имела, и Лацис просился в Прибалтийский край.
В это же время произошел конфликт с представителем НКЮ в Комиссии М.Ю. Козловским, который, едва успев ознакомиться с некоторыми делами ВЧК, выразил решительный протест против ее методов. В результате ЦК РКП(б) рекомендовало НКЮ заменить Козловского, отношение которого к деятельности ВЧК носило «не столько деловой характер, сколько злобное отношение».
Необходимо отметить, что сложившийся кризис во взаимоотношениях ведомств был в том числе спровоцирован и самой ВЧК, допустившей ряд ошибок, усложнивших и без того непростое положение. Так, в «Еженедельнике ЧК» вышла публикация «Хватит миндальничать», которую резко осудил ЦК РКП(б). На местах и в центре чекистами были возбуждены громкие дела, фигурантами которых были видные большевики и советские чиновники. Так, летом 1918 г. И.А. Визнер вступил в конфликт с местной партийной элитой Брянска. 19 августа 1918 г. он обратился с письмом к Ф.Э. Дзержинскому, в котором указывал, что руководство города было арестовано в связи с подозрением в разных хищениях. Общая ответственность в случившемся была возложена на старого большевика председателя Совдепа Фомина, который на то время находился в Москве с целью опротестовать арест своих товарищей. Положение И.А. Визнера осложнилось тем, что доказать виновность обвиняемых ему не удалось, а благодаря сильным амбициям начальника уголовного подотдела Отдела по борьбе с преступлениями по должности внутри ВЧК назрело недовольство его действиями. В результате Президиум ВЧК на заседании 31 декабря, «не предрешая виновности» И.А. Визнера, решил его задержать и провести негласное расследование.
В итоге, в декабре 1918 г. критика деятельности ВЧК достигла апогея. Президиум ВЦИК 26 декабря 1918 г. назначил специальную ревизионную комиссию для проверки работы ВЧК. 8 января 1919 г. Л.Б. Каменев направил В.И. Ленину проект резолюции о реформе революционных трибуналов и чрезвычайных комиссий, который предусматривал немедленную ликвидацию ВЧК и всех ее местных органов. Практически одновременно в ВЧК был принят проект о ВЧК и губЧК, который был представлен В.И. Ленину. Оба проекта были вынесены на решение партии. ЦК выразил доверие ЧК, а Ф.Э. Дзержинскому удалось отстоять компромиссный проект о реорганизации ЧК и ревтрибуналов. Однако было принято решение об упразднении уездных ЧК.
Вся ответственность за деятельность ВЧК была возложена на ее Коллегию, как в центре, так и на местах. Ее постановления могли быть обжалованы в СНК и ВЦИК, которым ВЧК отчитывалась ежемесячно. Причем, в отличие от губЧК постановления ВЧК не приостанавливались. В случае спорных вопросов местные исполкомы должны были обращаться в ВЧК.
Произошли изменения и в организации работы линейных отделов ВЧК. Основным структурным подразделением в ВЧК и в ее органах становится Секретно-оперативный отдел, из которого впоследствии была выделена оперативная часть. Такие изменения ознаменовали повсеместный переход на негласные методы работы.
Упразднение уездных ЧК не пошло на пользу их деятельности. Эта реформа повлекла за собой массу дополнительных хлопот и увеличение нагрузки на чекистов, что само по себе осложнялось условиями Гражданской войны и становлением нового государственного аппарата. В связи с упразднением уездных ЧК всем командирам батальонов войск ВЧК было приказано приступить к стягиванию всех частей, расположенных по уездам, в города. При этом предписывалось забирать имущество, как движимое, так и не движимое. Изменилась и штатная структура губЧК, на которых, в связи с ликвидацией уездных ЧК, была возложена «вся ответственность за борьбу с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности на территории губернии». Кроме того, сам механический процесс ликвидации сопровождался целым комплексом работ, включающих и передачу ценностей, вещей и дел. С учетом того, что к концу 1918 г. в Советской России насчитывалось 356 уездных ЧК, их упразднение несколько затянулось. Более того, в конце апреля 1919 г. на местах продолжали поступать указания об образовании уездных ЧК. Этот процесс во многом был связан с потребностями чекистов в борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и саботажем, поэтому уездные ЧК, как элементы организации чекистских органов на местах, просуществовали довольно долго. Более того, в начале 1920 г. ВЧК возвращается к проблеме организации своих подразделений в уездах. Основным подразделением на местах становится политическое бюро, штатная расстановка которого предусматривала 3 категории. Политическое бюро 1-й категории имело в штате 5 уполномоченных, в то время как 3-й категориивсего 2.
В новых условиях основные усилия руководства ВЧК по организации управления ведомством сводились к повышению его эффективности и исполнительской дисциплины. Трудностей в этой сфере хватало как в Центре, так и на местах. Большой проблемой для ВЧК была организация делопроизводства из-за отсутствия сплошной нумерации документов ВЧК. Как результат, Комиссия выдавала справки, не соответствовавшие действительности.