На работы Чуйкевича обратил внимание недавно назначенный на пост военного министра М. Б. Барклай де Толли. Он искал молодых грамотных офицеров, способных к аналитическому мышлению, а стиль прочитанных книг пришелся ему по вкусу. Поэтому новый министр лично предложил отставному офицеру начать вновь служить в возглавляемом им военном ведомстве. В 1810 г. после столь лестного предложения капитан Чуйкевич снова надел форму и стал трудиться в секретной экспедиции Военного министерства. Это был специально созданный Барклаем в 1810 г. орган, занимавшийся руководством разведывательной деятельностью против самого грозного вероятного противникафранцузской империи Наполеона. Среди сохранившихся в архивах документов военного ведомства можно найти очень много бумаг за подписью и с пометками Чуйкевича. Он составлял списки лиц, подозреваемых в шпионаже, направлял агентуру за границу, получал и обрабатывал разведывательные минные со всех концов Европы, писал аналитические записки, делал предложения об «учреждении шпионств» в различных пунктах, рассылал маршруты для передвижения русским воинским частям на западной границе. Его деятельностью, видимо, были довольны, так как уже 15 сентября 1811 г. он в 28 лет получил чин подполковника. И именно ему в начале января 1812 г. поручили составить «дислокационную карту» наполеоновских сил в Германии. По этой карте военный министр и император на основе поступавшей развединформации следили за передвижениями французских корпусов к русским границам.
Весной 1812 г. Чуйкевич отправился вместе с Барклаем, назначенным также главнокомандующим 1-й Западной армии, в Вильно. В начале июня 1812 г. он был командирован в Пруссию с военно-дипломатической миссией и использовал этот предлог для сбора разведданных о сосредоточенных вблизи границы и готовых к нападению войсках Наполеона.
Когда начались военные действия, Чуйкевич не стал отсиживаться в Главной квартире. Он отпросился и принял участие в рейде первого партизанского отряда под командованием генерала Ф. Ф. Винцингероде. Затем, с 6 июля, как опытный штабной работник, он был назначен обер-квартирмейстером в казачий корпус М. И. Платова, к которому присоединился на марше в Старом Быхове. Командуя казачьими полками, участвовал во многих арьергардных делах при отступлении до Москвы и за отличие 15 августа 1812 г. по представлениям Платова и Барклая де Толли получил чин полковника.
Награжденный за Бородинское сражение орденом Св. Владимира 3-й степени, Чуйкевич перед оставлением русскими войсками Москвы, серьезно заболел, видимо, сказалось каждодневное напряжение от постоянных стычек и боев, и он удалился из арьергарда. Чуть подлечившись, он сопровождал М. Б. Барклая де Толли в Петербург после его отъезда из армии. В Петербурге Чуйкевич был вынужден, как единственный оставшийся из военных чиновников, 10 января 1813 г. вступить в управление Особенной канцелярией (так стала называться секретная экспедиция в 1812 г.). Более в боевых действиях с французами он не участвовал, так как находился в этой должности до конца 1815 г., а 29 ноября 1816 г. вышел в отставку с мундиром. Но нельзя сказать, что 18131811 гг. были спокойными и мирными в жизни Чуйкевича. В 1813 г. он был командирован на усмирение крестьянских бунтов под Новгородом, Вяткой, Вологдой, Арзамасом и Астраханью, где даже получил ранение дробью в ногу.
В это время не сидел сложа руки он и как военный писатель. Верный своей привычке писать о важнейших событиях, свидетелем которых он был, Чуйкевич в 18131814 гг. опубликовал три книги, посвященные кампании 1812 г. («Покушение Наполеона на Индию 1812 года». СПб., 1813; «Затеи Наполеона в продолжении похода 1812 года». СПб., 1814; «Рассуждения о войне 1812 года». СПб., 1813). Его по праву можно причислять к первым историографам Отечественной войны.
Долго оставаться в отставке Чуйкевич не смог. 21 октября 1820 г. он вновь поступил на службу и был причислен к канцелярии Главного штаба. В 1821 г. его командировали «по особенному поручению» (так в то время часто именовались разведывательные задания) на международный конгресс в г. Лайбах (современная Любляна), а 12 декабря 1823 г. он получил чин генерал-майора. Последняя должность, которую он занимал с 25 октября 1829 г. начальник штаба Отдельного Оренбургского корпуса.
Несмотря на служебную занятость, Чуйкевич не оставлял занятий по военной истории. К 1829 г. он успел собрать 44 исторических журналов отдельных воинских частей, в которых содержался огромный по объему материал по боевой подготовке, быту и воинским традициям. Это обширное собрание послужило в будущем толчком для составления «Хроники российской армии». Сам же Чуйкевич не успел уже заняться подобным трудом, так как 17 августа 1831 г. был исключен из списков умершим.
Публикуемая записка П. А. Чуйкевича «Патриотическия мысли или политическия и военныя разсуждения» хранится в Российском военно-историческом архиве (Ф. 494. Д. 14. Л. 114). Она была написана им после приезда вместе с военным министром в г. Вильно. По сути дела, этот документ можно рассматривать как обобщающий итог анализа разведданных о наполеоновской армии, накопленных русской военной разведкой в течение длительного времени. Не случайно и то, что автором записки стал Чуйкевич. Незадолго до этого произошла смена руководства главного разведывательного ведомства РоссииОсобенной канцелярии. Директор этого органа в 18101812 гг. полковник А. В. Воейков 19 марта 1812 г. был переведен по инициативе Александра I на должность командира 3-й бригады 27-й пехотной дивизии, поскольку оказался замешанным в деле М. М. Сперанского.
Назначенный на вакантный пост 21 марта 1812 г. полковник А. А. Закревский, до этого находившийся в составе Молдавской армии, вряд ли за короткий срок мог вникнуть во все детали полученной с 1810 г. развединформации. Именно поэтому Чуйкевичу, как единственному офицеру, прослужившему в Особенной канцелярии Военного министерства с начала ее возникновения, было поручено написать аналитическую записку о предстоящей войне с конкретными рекомендациями командованию.
По жанру эта записка относится как разновидность официально-делопроизводственной документации к комплексу проектов военных действий. С 1810 г. до начала войны в адрес высшего русского руководства было подано большое количество планов предстоящей войны с непобедимым доселе Наполеоном. Письменные предложения поступали не только из среды русского генералитета, в этом процессе активно участвовали и иностранцы.
Правда, комплекс предвоенных планов, ставший предметом исследования военными историками, ограничивается несколькими фамилиями: М. Б. Барклая де Толли (план 1810 г.), П. И. Багратиона, А. дАлонвиля, К. Толя, П. М. Волконского. С известными оговорками к ним можно причислить предложения Л. И. Вольцогена, К. Фуля, Л. Л. Беннигсена. Исследователями упоминались проекты Е. Ф. Канкрина, А. Вюртембергского, Я. П. Гавердовского, Ш.-Ф. Дюмурье, М. Л. Магницкого, фон Лилиенштерна, Фонтона де Верайона, К. Ф. Кнезебека и Г.-Ф.-К. Штейна. До настоящего времени практически неизвестными остаются планы генералов И. Б. Барклая де Толли, Г. М. Армфельдта, Ф. Ф. Довре, Ф. П. Уварова, Ф. В. Дризена, подполковника барона И. Б. А. Кроссара, графа Фолькленда, русских офицеров А. И. Полева, Жанбара, В. И. Крона, И. И. Дибича и ряда неизвестных авторов. Можно предположить, что список составителей планов не ограничивается указанными лицами. Их, вероятно, было больше. Анализ же содержания этих проектов, как свидетельство борьбы среди русского генералитета по вопросу о выборе пути и средств к достижению победы, может стать предметом самостоятельного исследования. В то же время большинство предложений служило лишь фоном и не оказало прямого влияния на выработку планов, так как по многим причинам они не могли отвечать требованиям реальной обстановки накануне войны. Подавляющая часть указанных авторов не знала многих важнейших деталей, необходимых для процесса серьезного планирования, так как не была ознакомлена с информацией о состоянии русских сил на границах и не имела доступа к разведывательной документации об армии Наполеона.