В нормальных условиях хорошие администраторы установили бы четкие границы и прописали алгоритмы, а агенты, работающие в поле, терпеливо создавали бы агентурную сеть на протяжении нескольких лет. Но Израиль не мог позволить себе такую роскошь. Его разведывательная деятельность должна была строиться «с колес» и в условиях осады, когда молодая страна сражалась за само свое существование.
Первый вызов, с которым столкнулись разведчики Бен-Гуриона, имел внутреннее происхождение: некоторые евреи, в том числе принадлежавшие к остаткам подпольных движений правого толка, яростно отрицали авторитет премьер-министра. Крайним проявлением такого отрицания явился произошедший в июне 1948 года случай с «Алталеной». Корабль под этим названием, отправленный из Европы «Иргуном», должен был привезти в Израиль иммигрантов и оружие. Однако «Иргун» отказался передавать все оружие новому государству, настаивая на передаче части груза своим сохранившимся подразделениям. Бен-Гурион, которого проинформировали о планах агентов «Иргуна», приказал захватить судно силой. Во время последовавшего боестолкновения корабль был потоплен, 16 боевиков «Иргуна» и трое военнослужащих Армии обороны Израиля убиты. Вскоре после этого инцидента службы безопасности арестовали по всей стране двести активистов «Иргуна», практически положив конец существованию этой организации.
Ицхак Шамир и оперативники «Лехи», находившиеся под его командованием, тоже отказались принять более умеренную власть Бен-Гуриона. Во время перемирия, в течение лета, спецпосланник ООН граф Фольке Берна-дот разработал промежуточный мирный план, который мог бы остановить боевые действия. Однако этот план был неприемлем для «Лехи» и Шамира, который обвинил Бернадота в сотрудничестве с нацистами в период Второй мировой войны и в подготовке предложения, которое настолько серьезно изменило бы границы Израиля, что страна не смогла бы после этого выжить. План Бернадота включал передачу большей части пустыни Негев и Иерусалима арабам, установление международного контроля над портом Хайфы и аэропортом Лидда (Лод), а также наложение на еврейское государство обязательства принять обратно 300 000 арабских беженцев.
«Лехи» распространила несколько публичных предупреждений в форме записок, расклеенных на улицах городов: «СОВЕТ АГЕНТУ БЕРНАДОТУУБИРАЙСЯ ИЗ НАШЕЙ СТРАНЫ». Подпольная радиостанция высказалась еще более откровенно: «Граф закончит так же, как и лорд» (намек на убийство лорда Мойна в Каире). Бернадот проигнорировал предостережение и даже велел наблюдателям ООН не носить оружие, заявив: «Флаг Объединенных Наций защитит нас».
Уверенный, что план спецпосланника будет принят, Шамир дал приказ о ликвидации. 17 сентября, через четыре месяца после провозглашения государства Израиль и на следующий день после представления Бернадотом своего плана Совету Безопасности ООН, он ехал в кортеже из трех автомашин DeSoto из представительства ООН в район Рехавия еврейского Иерусалима, когда путь им преградил джип. Из него выскочили трое молодых людей в заостренных головных уборах. Двое из них прострелили колеса ооновским машинам, а третий, Йехошуа Коен, открыл дверь автомобиля, в котором находился Бернадот, и открыл огонь из автомата МР40 («шмайссер»). Первая очередь попала в сидевшего рядом с Бернадотом французского полковника Андре Серо, однако вторая, более точная, ударила графа в грудь. Оба были убиты. Атака завершилась буквально за несколько секунд«как вспышка молнии и раскат грома, столько, сколько нужно, чтобы выпустить 50 пуль» так описал нападение израильский офицер связи капитан Моше Хиллман, который находился в одной машине с жертвами. Нападавших не поймали.
Это убийство разгневало и привело в глубокое замешательство израильское руководство. Совет Безопасности осудил его как «трусливый акт, который, судя по всему, осуществлен криминальной группой террористов из Иерусалима». В газете The New York Times написали на следующий день: «Никакие арабские армии не смогли бы за столь короткое время так навредить еврейскому государству».
Бен-Гурион увидел в грубой операции «Лехи» серьезный вызов, брошенный его авторитету и способный привести к перевороту или даже к гражданской войне. Он среагировал мгновенно, поставив «Иргун» и «Лехи» вне закона. Бен-Гурион приказал руководителю службы Шин Бет Иссеру Харелю арестовать членов «Лехи». Во главе списка разыскиваемых лиц находился Ицхак Шамир. Он не был пойман, но были схвачены многие другие. Их посадили под усиленную охрану. «Лехи» прекратила свое существование как организация.
Бен-Гурион был благодарен Харелю за жесткие действия против подпольщиков и сделал его главным в стране по вопросам безопасности.
Маленького роста, плотного телосложения и очень подвижный, Иссер Харель когда-то находился под впечатлением от большевистского революционного движения в России и использования большевиками тактики саботажа, партизанской войны и убийств, однако ненавидел коммунизм. Под его началом Шин Бет держала под постоянным наблюдением и осуществляла шпионаж за политическими оппонентами Бен-Гуриона, левыми социалистическими и коммунистическими партиями и правой партией «Херут», созданной ветеранами «Иргун» и «Лехи».
Тем временем у Бен-Гуриона и его министра иностранных дел Моше Шаретта возникли разногласия по поводу политики, которую следовало проводить по отношению к арабам. Шаретт был одним из наиболее видных лидеров «раннего» Израиля, убежденных, что дипломатические методынаиболее подходящий инструмент для обеспечения мира в регионе и безопасности страны. Еще до создания государства Израиль он обращался с тайными предложениями к королю Иордании Абдулле и ливанскому премьеру Риаду ас-Сольху, которые помогали формированию арабской коалиции, напавшей на Израиль, и контролировали деятельность палестинских военизированных организаций, наносивших тяжелые потери Ишуву. Несмотря на жесткую антиеврейскую риторику ас-Сольха и его антиизраильские действия, он в 1948 году неоднократно секретно встречался в Париже с Элияху Сассоном, одним из заместителей Шаретта, для обсуждения мирного соглашения. «Если мы хотим установить с арабами контакты для того, чтобы покончить с войной, говорил Сассон, когда Шаретт, с энтузиазмом воспринимавший такие встречи, попросил его выступить на заседании кабинета министров, мы должны поддерживать отношения с теми из них, кто находится у власти. С теми, кто объявил нам войну и у кого возникают проблемы с ее продолжением».
Однако эти дипломатические усилия явно не давали эффекта, и 12 декабря 1948 года Бен-Гурион приказал сотрудникам военной разведки убить ас-Сольха.
«Шаретт был категорически против этой идеи, вспоминал позже Ашер (Артур) Бен-Натан, видная фигура в политическом отделе МИДа, который отвечал за тайные операции за рубежом. И когда наш отдел попросили помочь военной разведке выполнить этот приказ с помощью наших контактов в Бейруте, Шаретт отменил его, фактически этот приказ дезавуировав».
Этот инцидент, равно как и другие столкновения Хареля с Шареттом, вызвал гнев у Бен-Гуриона. Он считал дипломатию слабым заменителем сильной армии и эффективной разведки, а Шаретта рассматривал как человека, который является его личным соперником и угрожает власти премьер-министра. В декабре 1949 года Бен-Гурион вывел политический отдел из-под контроля МИДа и переподчинил его непосредственно себе. Позднее он даст этому ведомству новое названиеВедомство разведки и специальных задач. Однако в обиходе его станут называть просто «Ведомство» «Моссад».
С образованием «Моссада» израильские спецслужбы приобрели трехчастевую структуру, которая в большей или меньшей степени сохранилась и поныне: АМАНвоенная разведка, которая обеспечивает развединформацией Армию обороны Израиля; Шин Бет, отвечающая за внутреннюю безопасность, антитеррор и контрразведку; и «Моссад», который осуществляет тайные операции за рубежом.