«15 июля 1941 года при переезде командного пункта штаба Западного фронта из Гнездово (Смоленск) к новому месту дислоцирования Семенов, как заместитель начальника штаба, командованием фронта был оставлен на старом командном пункте для руководства войсками Смоленского направления, но вместо руководства бездельничал, находящимся с ним аппаратом оперотдела и войсками не руководил, в результате войска этого направления отступили и дали возможность неприятелю подойти к Смоленску, а сам Семенов без ведома Главкома из Гнездова уехал и самовольно приехал в Вязьму».
Однако из обвинительного заключения этот пункт убрали. Заключение было утверждено 14 сентября 1941 года начальником управления особых отделов комиссаром государственной безопасности 3 ранга Абакумовым, а 18 сентября того же года заместителем Главного военного прокурора Красной Армии корвоенюристом Гавриловым. Генерал-майор Семёнов Иван Иосифович и полковник Фомин Борис Андреевич обвинялись в том, что допустили «преступную беспечность и халатное отношение к своим служебным обязанностям». Выразилось это, по мнению следователей, в следующем: «Вместе с бывшим командованием ЗапОВО, зная о подготовке Германии к нападению на Советский Союз, войска округа к войне не готовили. Не добивались устранения безобразий в округе в деле защиты западных границ. Преступно организовали работу оперативного отдела штаба Западного фронта по вопросам управления войсками и оформление боевых приказаний, в результате чего войска в первые дни войны терпели поражения».
Эти действия были квалифицированы по ст. 19317 п. «б» УК РСФСР, по которой Военная коллегия и осудила этих офицеров 7 октября 1941 года.
Судьи несколько изменили формулировку обвинения, признав Семенова и Фомина виновными в том, что они проявили халатность и беспечность в деле подготовки и приведения войск Западного Особого военного округа в боевую готовность, не приняли должных мер к обеспечению оперативного развёртывания частей округа, а равно не обеспечили должного управления войсками и бесперебойной связи с последними. Эти действия, отмечалось в приговоре, явились одной из причин, что части округа в первые дни войны не смогли организовать должного отпора врагу.
Несмотря на столь суровое обвинение, наказание было по тем временам довольно мягким: Семёнова приговорили к 10 годам лишения свободы, с лишением воинского звания «генерал-майор», Фомина к 7 годам лишения свободы, с лишением воинского звания «полковник».
Постановлением Президиума Верховного Совета СССР от 21 октября 1942 года Семёнов и Фомин были досрочно освобождены из лагеря и направлены в действующую армию. То есть они провели в заключении по одному году. Оба достойно воевали. Постановлением Совета Министров СССР Семенову присвоили в 1944 году воинское звание «генерал-лейтенант», а Фомин стал генерал-майором.
В октябре 2010 года по представлению Главного военного прокурора Верховный Суд Российской Федерации отменил приговор Военной коллегии от 7 октября 1941 года и прекратил уголовное дело в отношении И. И. Семенова и Б. А. Фомина.
По запросу прокуратуры специалисты Института военной истории Министерства обороны подготовили заключение, из которого следовало, что в сложнейшей обстановке первых военных дней Семенов и Фомин действовали в соответствии со своими должностными обязанностями и приказами вышестоящего командования
Сравнительно мягкие наказания были определены также некоторым командирам дивизий, воевавшим летом 1941 года на Западном фронте.
Командир 102-й стрелковой дивизии полковник Порфирий Мартынович Гудзь подвергся репрессиям вскоре после неудачного контрнаступления на Бобруйск. 17 июля 1941 года командарм-21 Ф. И. Кузнецов отдал приказ, в котором предписывалось в отношении П. М. Гудзь: «за отсутствие руководства боевой деятельностью дивизии в течение 17 июля, что привело к срыву успешно начатого боя отстранить от занимаемой должности, возбудить ходатайство перед Главкомом о предании суду».
12 августа генерал-майор П. М. Гудзь был арестован в г. Гомеле. До декабря 1941 года он содержался в тюрьме г. Иваново, а затем был этапирован в г. Барнаул. Там его и освободили в марте 1942 года в связи с прекращением дела. Возвратившись в строй, П. М. Гудзь командовал несколькими дивизиями, в 1943 году за форсирование Днепра был удостоен звания Героя Советского Союза.
15 сентября 1941 года Военный трибунал Западного фронта рассмотрел дело по обвинению бывшего командира 162-й стрелковой дивизии полковника Николая Федоровича Колкунова. Дивизия входила в состав 25-го стрелкового корпуса и, участвуя с 11 июля в сражении за Витебск, понесла большие потери.
Суд приговорил Н. Ф. Колкунова на основании ст. 19317 п. «а» УК РСФСР к лишению свободы в ИТЛ сроком на 5 лет, с отсрочкой исполнения приговора до окончания военных действий и отправкой осужденного на передовые позиции фронта. Его вину усмотрели в том, что «13 июля 1941 года в момент выхода дивизии из окружения противника, вследствие трусости, отдал приказание зарыть в землю имущество связи (3 рации, 2 приемника КУБ-4, 28 телефонных аппаратов и др.).
Н. Ф. Колкунов погиб под Вязьмой 2 октября 1941 года.
За утрату материальной части при отходе попавшей в окружение 307-й стрелковой дивизии за реку Десна угроза суда нависала тогда и над ее командиром полковником В. Г. Терентьевым, а также комиссаром дивизии старшим батальонным комиссаром Ф. И. Олейником. Оба были отстранены от должностей. Но до суда дело не дошло. В своей докладной записке от 25 ноября 1941 года на имя начальника ГУК В. Г. Терентьев писал, что никаких переправ через Десну не было, поэтому дивизия переправлялась на примитивных плотах, а технику пришлось уничтожить (7 орудий, 4 легковые и 22 грузовые машины).
В последующем В. Г. Терентьев стал генерал-лейтенантом, командовал 70-м стрелковым корпусом. Военная Фемида настигла его уже после войны, когда тучи сгустились над маршалом Г. К. Жуковым. А поскольку Терентьев с 1943 года состоял при нем генералом для особых поручений, то 1 ноября 1947 года последовал его арест. А ровно через четыре года 1 ноября 1951 года состоялся суд Военной коллегии, которая приговорила его к 25 годам лишения свободы.
Генералу Терентьеву инкриминировались антисоветские разговоры на своей квартире с одним из сослуживцев и братом, также осужденным за контрреволюционное преступление. Следователи МГБ вменили генералу в вину, в частности, недовольство политикой советского руководства, которое довело страну до нищенского состояния и «способно пойти на уничтожение 50 млн. недовольных, лишь бы удержать власть».
Фамилия маршала Жукова в материалах дела Терентьева не фигурировала. Однако за годы тюремного заточения он сам вычислил истинную причину своего ареста. И прямо сказал об этом в суде:
Основную свою вину я вижу в том, что, когда по решению партии Жуков был смещен с должности главнокомандующего сухопутными войсками, я единственный из генералов присутствовал на вокзале при отъезде Жукова в Одессу Теперь я понимаю, что в этом и заключается мое основное преступление. Хотя оно и не вменено мне следствием.
После суда Терентьев находился в заключении еще два года и в 1953 году был реабилитирован.
Полковой комиссар Ф. И. Олейник в 1944 году тоже стал генералом. А до этого, 30 июня 1942 года, он во второй раз был отстранен от должности комиссара 160-й дивизии и арестован вместе с ее командиром полковником М. Б. Анашкиным, также будущим генералом и Героем Советского Союза. В вину им вменялось то, что части дивизии были врагом расколоты, оторвались от других частей 40-й армии и вышли на левый берег Дона южнее Воронежа. В августе дело в отношении Анашкина и Олейника прекратили и восстановили в званиях. Ф. И. Олейник остался на прежней должности, М. Б. Анашкин был назначен командиром 159-й стрелковой дивизии.
Избежал уголовного наказания и командир 98-й стрелковой дивизии генерал-майор Михаил Филиппович Гаврилов. С 6 июля 1941 года он был отстранен от должности за потерю управления частями дивизии и растерянность. Но реконструкция событий того времени показывает, что фактически генерал продолжал командовать остатками разбитой противником дивизии. К 19 июля она оказалась в полном окружении. На следующий день предприняли попытку ночного прорыва, уничтожив перед этим материальную часть. Генерал-майор М. Ф. Гаврилов руководил прорывом, который планировалось осуществить на 17 автомобилях. Машина, в которой он находился, была подбита и загорелась. Его считали пропавшим без вести. Но 20 августа генерал вместе со 150 бойцами вышел из окружения северо-западнее Великих Лук.