Небольшой латвийский город Лиепая (Либава) славился своим торговым портом, который не замерзал даже в самые суровые зимы. Естественно, что это свойство не могло не заинтересовать русских адмиралов. В 18901908 гг. для базирования кораблей Балтийского флота в 3 км севернее Либавы с помощью закупленного за границей оборудования был построен военный порт. В межвоенный период военно-морская база рухнувшей империи пришла в запустение, Латвийской Республике она была просто не нужна.
С вхождением Прибалтийских республик в состав СССР в 1940 г. база была лишь частично восстановлена в качестве военного порта. Советское командование осознавало уязвимость вынесенного почти к границе с Германией порта. Перед войной на Лиепае базировалась только 1-я бригада подводных лодок. Незадолго до начала боевых действий военный совет КБФ, заручившись поддержкой наркома ВМФ Кузнецова, вывел из Лиепае два дивизиона подводных лодок с их плавбазами «Смольный» и «Иртыш». Их перебросили в Усть-Двинск. В итоге в базе осталось 15 лодок из 23 в бригаде в целом. Из них исправными к 22 июня 1941 г. числились лодки Л-3, М-77, М-78, М-79, М-81, М-83. Еще две лодки, С-9 и М-80, имели мелкие неисправности. «Малютке» М-71 из-за коррозии корпуса было запрещено погружаться. Две субмарины заканчивали средний ремонт на заводе «Тосмаре» (С-1 и С-3), но еще не были боеготовыми. Бывшие латвийские «Ронис» и «Спидола» готовились к постановке в средний ремонт. Экс-эстонские лодки «Калев» и «Лембит» нуждались в проверке боезапаса и переоборудовании под советские стандарты. Помимо лодок, в Либаве находился отряд торпедных катеров (5 единиц) и катера охраны рейдов (4 единицы).
Мощности судоремонтного завода «Тосмаре» стали ценным приобретением для советского ВМФ. Естественно, их использовали, как говорится, «на всю катушку». Однако осознание надвигающейся опасности заставило вывести из Лиепаи в Таллин ремонтировавшийся минный заградитель «Марти». Причем неисправный корабль вытащили на буксирах. На «Тосмаре» остался в ремонте старый эсминец «Ленин». Пока война не началась, вовсе прекращать работу завода было бы чрезмерной предосторожностью. Поэтому в ночь с 21 на 22 июня в Лиепае для ремонта прибыл тральщик Т-204 «Фугас».
В 4.50 22 июня Военный совет КБФ объявил по флоту о начавшейся войне с Германией. Около 6.30 командование флота получило радиограмму от Н. К. Кузнецова начать мероприятия, предусмотренные планом прикрытия. В дозор на подступы к базе были отправлены сначала две подводные лодки, а затем к ним присоединились еще две. План также предусматривал постановку минных заграждений на подступах к Лиепае. Прибывший ночью тральщик Т-204 оказался тут как нельзя кстати. За 22 и 23 июня он шесть раз выходил в море для постановки заграждений. Всего было выставлено 206 мин образца 1912 г. До конца года на этом заграждении подорвались немецкие охотники за подлодками, сторожевик и два тральщика.
С началом войны был продолжен запущенный еще до нее процесс вывода из близкой к Германии базы боевых кораблей. Уже в первые часы войны последовал приказ начальника штаба флота о переводе лодок в Усть-Двинск. До вечера 22 июня Лиепае покинули подводные лодки «Лембит», «Калев», С-9, М-77 и М-78. Вслед за ними из базы в сопровождении всего одного пограничного катера ушел танкер «Железнодорожник», что позволило вывезти часть запасов жидкого топлива. Этот этап эвакуации прошел сравнительно благополучно, была потеряна только лодка М-78, потопленная утром 23 июня в районе Виндавы немецкой подлодкой U-144.
Вывод частей ВМФ из Лиепаи проходил не только по морю, но и по суше. Утром 23 июня на восток была отправлена 18-я железнодорожная батарея 180-мм орудий. Как писалось в расследовании обстоятельств потери Либавы «на пути командование батареи получало ряд провокационных слухов даже от официальных лиц (некоторые начальники станций сообщали, что впереди немцами взорваны ж.-д. мосты, на самом деле все они были не тронуты на всем пути следования батареи)». Если бы командиром батареи был склонный к панике человек, она была бы взорвана и ее искореженные орудия стали бы достопримечательностью, на фоне которой фотографируются оккупанты. Но, к счастью, этого не произошло. Пережив несколько авианалетов, в 12.00 24 июня батарея прибыла в Ригу.
На эсминце «Ленин» утром 23 июня были введены в действие два из четырех котлов, корабль самостоятельно отошел от стенки. На нем началась приемка мазута. К 23 июня на южные подступы к городу были выдвинуты части 67-й стрелковой дивизии, которые остановили наступающих немцев на рубеже реки Барта. Серьезным аргументом обороняющихся были береговые батареи Лиепаитри 152-мм и двадцать два 130-мм орудия.
Своеобразие обстановки для 291-й пехотной дивизии заключалось в том, что она, с одной стороны, должна была штурмовать находившийся на побережье город, с другойделать это в отрыве от основных сил 18-й армии. Соответственно, на саму Лиепаю поначалу был нацелен лишь один усиленный 505-й пехотный полк полковника Карла Ломейера. В 19.30 23 июня 505-м полком была захвачена Гробиняузел дорог примерно в 10 км к востоку от Лиепаи. Основная масса дивизии с вечера 23 июня выходила в район Приекуле-Скуодас и занимала там оборону фронтом на север и восток.
Появление противника на подступах к Лиепае круто изменило судьбу оставшихся в базе кораблей. Из двух ремонтировавшихся «эсок» на ходу была только С-3, но она была лишена возможности погружаться. «Ронис» и «Спидола» не имели аккумуляторов. Согласно докладу командира бригады Египко, их вообще планировали использовать в качестве зарядовых станций, а не боевых лодок. М-71 имела сильную коррозию корпуса, из-за которой лодке было запрещено погружаться. Субмарина была сравнительно старой, 1934 г. постройки. На М-80 была неисправна система пополнения запасов воздуха высокого давления для всплытия.
В 22.15 берлинского времени (т. е. в 23.15 московского) 23 июня передовые подразделения 505-го полка вышли к каналу в 5 км к западу от Гробиня. До города было еще далеко, а до искусственных бассейнов военного порта немцам оставалось пройти всего около 3 км. По советским данным, уже в 23.00 порт был обстрелян немецкой артиллерией. Неудивительно, что командование базы охватила паника. Правда, позднее командующий базой капитан 1-го ранга М. С. Клевенский в ходе расследования обстоятельств оставления Лиепае отрицал, что давал приказ на подрыв кораблей. Якобы решение было принято командиром «Ленина» капитан-лейтенантом Ю. М. Афанасьевым. Против этой версии говорит то, что, помимо эсминца, были взорваны подводные лодки, которые Афанасьеву никак не подчинялись. В итоге в 23.45 23 июня были подорваны эсминец «Ленин», спустя 20 минутлодки С-1, М-71, М-80, «Ронис» и «Спидола». Избежала подрыва лодка С-3, ее командир капитан-лейтенант Костромичев фактически нарушил приказ на подрыв. В 23.41 23 июня она вышла в море. Перед этим она приняла на борт большую часть экипажа С-1, включая командира и комиссара. Что творилось в душе моряков, когда они слышали взрывы за кормой лодки? Финальным аккордом стал подрыв в 4.20 24 июня минного склада.
Позднее в материалах вышеупомянутого расследования указывалось: «Таким образом, в ночь с 23 на 24 июня вследствие растерянности и паники в руководстве ЛВМБ были уничтожены без вынужденной на то обстановки все находившиеся в Либаве боевые корабли, самостоятельно распущены и ушли все обеспечивающие средства, подорван минный склад и т. д., и в базе остался только дивизион ТК в составе пяти катеров». Экипажи кораблей усилили сухопутный фронт.
Тем временем лодка С-3 в ночной темноте медленно шла 5-узловым ходом вдоль берега. Можно только представить себе настроение экипажей, на глазах которых только что произошел подрыв кораблей. Вынырнувшие из предрассветной тьмы в 3.30 в районе маяка Ужава два корабля с незнакомыми силуэтами не обещали ничего хорошего. Это были «шнелльботы» торпедные катера S-35 и S-60. 100-мм пушка «эски» не была надлежащим образом смонтирована и вести огонь не могла. Советские моряки отстреливались из 45-мм пушки и стрелкового оружия. Под шквалом огня 20-мм автоматов и пулеметов находившиеся на палубе и мостике были убиты или ранены. От интенсивной стрельбы автоматические пушки катеров вышли из строя. «Шнелльботы» атаковали лодку торпедами, но промахнулись. Вскоре в ход пошли ручные гранаты. Точку в этом бою поставила глубинная бомба, сброшенная у носа С-3 катером S-60. Получившая большую пробоину советская субмарина быстро затонула. Немцы подняли из воды 20 советских моряков. Оба командира лодок погибли.