В феврале следующего года на свет появился первенец Маргариты и Эдуарда, в крещении названный Хьюго. Восприемником младенца из купели стал архиепископ Андфинн Шотландский. В июне того же года, после заключения мира с Францией, принц Эдуард вернулся на родину.
В том же году произошёл знаменитый конфликт между Филиппом Французским и Бонифацией VIII, который чуть было вновь не привёл к войне, однако смерть Бонифация и избрание Бенедикта XI несколько притушили конфликт. Тогда же к новому Папе в Перуджу было направлено совместное посольство Шотландии и Англии с ходатайством о возведении Архиепископа Андфинна в сан кардинала. Новый папа, желая укрепить своё положение, пошёл навстречу просьбе двух монархов, в результате чего в июне 1304 года у Шотландии появился первый кардинал.
В 1305 году скончался Эдуард I и на престол вступил Эдуард II. Маргарита стала королевой Англии и Шотландии, а её сын Хьюго к своему титулу "герцог Эдинбургский" получил титул принца Уэльского и стал наследником двух корон. В том же году у Маргариты родился сын, названный Эдуардом.
На следующий год королевская семья посетила Шотландию, где шотландской знати был представлен юный герцог Эдинбургский. В качестве жеста, призванного упрочить связь двух монархий, в Эдинбург был возвращён Сконский камень, а в Эдинбургском меморандуме было определено, что все будущие короли Шотландии должны будут короноваться в Эдинбурге независимо от того суверенами ещё каких стран они являются.
В 1307 году разразился знаменитый кризис с Орденом тамплиеров, когда Филипп IV c согласия Климента V произвёл массовые аресты тамплиеров и конфискацию их имущества. Англия и Шотландия заняли выжидательную позицию. По поручению Эдуарда и Маргариты весной следующего года Андфинн отправился в Рим на встречу с Папой. В июле Андфинн удостоился аудиенции, после которой внезапно умер, а на его место в коллегии кардиналов был назначен молодой французский епископ, приходившийся родственником Клименту.
Эта смерть породила крупный кризис в отношениях между Маргаритой и Климентом. Маргарита обвинила папу в непотизме и симонии, а также открыто говорила о том, что смерть любимого кардинала была выгодна Франции. Климент наложил на Маргариту епитимью и отправил в Шотландию нового архиепископа, по "счастливой случайности", также состоявшем в родстве с Климентом.
Маргарет не смирилась, не приняла нового архиепископа, а к ведущим правящим домам Европы направила послания, в которых обвиняла Папу во множестве преступлений и требовала смены главы католического мира. Маргариту поддержали муж, дядя, король Арагона, Валенсии, Сицилии и Сардинии Хайме II Справедливый, Генуэзская республика и ряд более мелких, но не менее владетельных и влиятельных лиц. Более того, Маргарет объявила, что в своих землях берёт под свою защиту тамплиеров, которые были названы "жертвами алчности и чудовищного оговора". В ответ Климент V заявил об отлучении Маргарет от церкви.
В течение следующих трех лет территория Франции и Италии стала ареной войны. Филипп IV при поддержке Папы объявил крестовый поход против Шотландии и начал войну, атаковав английские владения в Аквитании. В ответ англо-шотландская армия высадилась в Пикардии. Норвежский флот, направленный в следующем году Хоконом V на помощь племяннице, опустошил побережье Франции вплоть до Бретани. Арагонская армия совместно с сицилийской армией высадились в Калабрии и начали совместные действия против Неаполитанского королевства.
Маргарита нанесла страшный удар по папской казне, забрав десятину, собираемую в Шотландии. Она заявила, что эти деньги получит церковь, но не Папа, после чего на эти деньги был сформирован двухтысячный рыцарский отряд, костяк которого составляли тамплиеры. Этот отряд отличился в Пикардии, разорив графство Валуааппанаж Карла Валуа, брата Филиппа IV, а также решил исход крупного сражения на границе Нормандии и Пикардии.
Тогда же враги дали Маргарет прозвище "Шотландская валькирия".
В 1310 году в войну вступил Генрих VII, король Германии, желавший удовлетворить свои притязания в Италии. К концу 1311 года союзник Филиппа IV и папы Климента Роберт Неаполитанский вынужден был капитулировать.
Летом 1312 года Филипп IV начал переговоры о мире. Пикардия, Нормандия. Аквитания, Пуату были разорены, армия обескровлена, торговля нарушена, среди населения и знати началось брожение. Последней каплей стала гибель Карла Валуа и пленение Людовика (будущего Людовика Х), попавших с отрядом в засаду на границе Иль-де-Франс. Маргарита и союзники выставили ряд жёстких требований, касавшихся Папы: Климент V должен был отречься от тиары и уйти в монастырь, местом пребывания папы определялся Рим, а не Авиньон, в коллегию кардиналов должны были быть введены представители Англии, Шотландии, Норвегии, Арагона и Сицилии, с Маргариты снималось отлучение.
Желая разрушить коалицию, Климент V упразднил орден Тамплиеров и санкционировал коронацию Генриха VII в качестве Императора Священной Римской империи, что позволило избежать вторжения войск в Прованс, но не уменьшило требований союзников.
Трудные переговоры завершились лишь осенью 1313 года. Отлучение с Маргариты было снято, коллегия кардиналов расширена, Климент V обязался созвать собор в Риме для выбора нового Папы не позднее лета 1314 года. Разорение французских провинций и вывоз награбленного в Англию и Шотландию оживили внутреннюю торговлю. По итогам мирного договора Франция должна была выплатить контрибуцию в миллион турских ливров, а также признавала сюзеренные права английской короны над Аквитанией.
Что касается руководства ордена Тамплиеров, то Жан де Моле и Гийом де Шарне были тайно убиты в августе 1312 года. После заключения мирного договора все тамплиеры были выпущены из заключения. Но получили запрет на проживание во Франции. В Англии и Шотландии к ним не применяли никаких санкций, а имущество ордена послужило основой для рыцарского ордена Рождества Христовапреемника ордена Тамплиеров.
В 1315 году внезапно скончался Эдуард II Английский. Маргарита стала регентшей при Хьюго I. К этому моменту у неё было пять детей.
Через два года Хьюго I стал совершеннолетним королём, но Маргарита осталась при дворе и сохранила своё влияние. Она передала сыну власть над Шотландией, инициировала переговоры о браке старшего сына с Элеонорой Кастильской и о помолвке второго сына с Маргаритой Французской, дочерью короля Филиппа V. В августе 1317 года в составе посольства, вместе с сыном Эдуардом и дочерью Марией она отправилась в Норвегию для подтверждения прежних договоров. По пути она посетила монастырь блаженного Хьюго Оркнейского и передала дары.
В Осло её ждали. Дядя старел, сыновей у него не было. Маргаритапервая в очереди наследования, мать короля, у неё есть ещё один сын, внучатый племянник короля, который может стать норвежским королём. Однако у короля есть и родной внукнаследник шведской короны, который в то время был ещё младенцем. С прибытием Маргариты партия её сторонников значительно усилилась, в её пользу играли как права и титулы Маргариты, так и её личные качества. В конце зимы 1318 года было достигнуто соглашение между Хоконом и Маргаритой о том, что в случае смерти норвежского короля один из детей Маргариты становится новым королём. Норвежская знать склонялась к тому, чтобы поддержать права Эдуарда, герцога Эдинбургского, мелкое дворянство, купцы и часть духовенства готовы были признать Хьюго I Английского и Шотландского при условии расширения их прав. В июне 1318 посольство вернулось в Англию.
Не прошло и года, как норвежский престол освободился и Маргарет вновь отправилась в Осло, где от имени своего старшего сына приняла бразды правления. До весны 1322 года она оставалась в Норвегии, где отметилась совершенствованием законов и упрощением налогообложения. Кроме того, в период её правления был заложен монастырь святой Урсулы и построены две крепости на границе с Швецией.
1322 год был богат на события. Вернувшись в Лондон, Маргарита приняла участие в свадьбе своего старшего сына с 15-леней Элеонорой Кастильской и последующем посещении Шотландии. Вернулся из Франции второй сын Эдуард, куда он ездил для знакомства со своей будущей супругой Маргаритой и где, в силу обстоятельств, представлял Англию, Шотландию и Норвегию на похоронах Филиппа V и коронации Карла IV.