Став в 1997 г. сотрудником кафедры, А. Ю. Ватлин взял на себя чтение лекций по послевоенной истории Германии и сразу же обратил внимание на диссонанс послеперестроечного времени: в отличие от истории ФРГ, освещавшейся теперь подробно и с разных сторон, история ГДР полностью отошла на задний план, а существующие исследования в значительной степени устарели. В рамках авторского спецкурса по истории этой страны в духе новых подходов Ватлиным были совмещены элементы лекционного и семинарского занятий, студентам предлагались различные формы работы с текстами источников, написание проблемных эссе с обязательной самостоятельной оценкой событий, осваивались основы компаративистского подхода. Под его руководством были подготовлены и успешно защищены 4 кандидатских диссертации по различным темам истории Германии в ХХ веке. По мере удлинения современного исторического периода А. Ю. Ватлин стал читать на кафедре и спецкурс по истории Германии после воссоединения страны в 1990 г.
Одной из этапных работ для постсоветской исторической науки стала его обобщающая монография «Германия в ХХ веке»70. Можно отметить, что это была действительно первая современная история новейшего периода в развитии Германии, вышедшая до появления и книги А. И. Патрушева, и объемного трехтомника под редакцией Б. Бонвеча и Ю. В. Галактионова71. Эту работу отличает учет современных концепций западногерманской историографии, свежий фактический материал, оригинальный и динамичный стиль изложения. А. Ю. Ватлин «прорубил окно» в Германию для нового поколения российских историков-германистов, поскольку неоднократно являлся организатором международных научных конференций и в России, и за рубежом, посвященных актуальным проблемам германской истории и российско-немецких отношений.
В качестве приглашенного профессора он читал лекции в университетах Германии и Австрии, его научные труды переведены на несколько европейских языков. Он активно сотрудничает и имеет широкую известность как в российских, так и в германских СМИ. С 2015 г. профессор А. Ю. Ватлин является членом Российско-германской комиссии историков, которая в непростое время усложнившихся международных отношений сохраняет плодотворное научное сотрудничество ученых двух стран, инициирует новые научные проекты, в том числе и двуязычные документальные издания. Он входит в редакционный совет «Ежегодника по истории международного коммунизма», который издается в Берлине с конца 1990-х г.
Большое внимание А. Ю. Ватлин уделяет консолидации российских исследователей, избравших в качестве своего жизненного пути изучение германской истории нового и новейшего времени. Вместе с Т. Ю. Тимофеевой им была основана в 2001 г. Рабочая группа молодых историков-германистов России, разработан сайт, и с 2005 г. положена традиция ежегодного проведения российско-германских научных конференций, первая из которых одновременно знаменовала открытие в Москве Германского исторического института. Материалы большинства из них были опубликованы72, а сами научные форумы стали известной площадкой для контактов и дискуссий германских и российских ученых, в том числе из региональных центров и университетов. С полным правом можно констатировать, что Рабочая группа стала инструментом возрождения горизонтальных связей в сообществе историков-германистов, смогла приблизить региональных историков к международным стандартам научных исследований, а возникшие научные связи сохраняются и по сегодняшний день. Традицию вовлечения молодых ученых в международное научное сотрудничество А. Ю. Ватлин продолжил в новом формате, когда в 2017 г. в Гейдельберге совместно с профессором Таней Пентер подготовил первый семинар молодых историков двух стран, материалы которого опубликованы на двух языках в периодическом издании Российско-германской комиссии историков73.
Одна из монографий А. Ю. Ватлина посвящена истории Баварской Советской республики 1919 г. и выполнена в интересной и своеобразной творческой манере, определенной в предисловии как «авторская реконструкция»74. Эта книга в полной мере способна вызвать интерес разных читательских кругов, так как в ней органично сочетаются и научное исследование, и публикация документов, и литературно-художественные эссе. Автор использует свой опыт работы в баварских и российских архивах, вводя в исторический оборот уникальные документы следственных дел баварских коммунистов, уделяя особое внимание ярким деталям событий, разворачивавшихся в Мюнхене и его пригородах. В заключении не только сформулирована авторская позиция по вопросу о «русском следе» в Баварии: «сколько-нибудь ощутимого прямого воздействия Советская Россия на Советскую Баварию не имела»75, но и подчеркнут тот факт, что крах «красной» Баварии, острое противостояние Советов и парламентской демократии стали не только логическим концом германской революции в целом, но и прологом к выходу на историческую авансцену праворадикальной «третьей силы».
Идеология и практика тоталитарных режимов, их влияние на жизнь простых людей разных поколений всегда интересовали Т. Ю. Тимофееву, хотя диссертацию на соискание степени кандидата исторических наук она защитила в 1991 г. о социальной политике в период Германской революции 1918–1919 гг. В переломный для России исторический период Т. Ю. Тимофеева постаралась рассмотреть данную проблему под новым углом зрения, сосредоточив внимание на деятельности Ведомства по экономической демобилизации, в которой наиболее выпукло отразилась дилемма соотношения социальной реформы и революционного действия.
Инициировав первый коллективный спецкурс кафедры – «Авторитарные и тоталитарные режимы в ХХ веке» – Т. Ю. Тимофеева заинтересовалась новой для российской исторической науки 1990-х гг. проблематикой: изучением истории повседневной жизни людей в тоталитарных государствах. Она разработала спецкурс по общественному сознанию и повседневности Германии периода национал-социализма. Во время научной стажировки в Германии в 2000–2001 гг. она провела более 200 интервью со «свидетелями времени», жителями Берлина в 1930–1940 гг., работала в архивах с документами нацистской эпохи. Результатом стали монография ««Мы жили обычной жизнью?» Семья в Берлине в 30–40-е гг. ХХ в.»76 и серия статей, опубликованных в российских и немецких изданиях.
Став в 1989–1990 гг. свидетелем падения Берлинской стены и воссоединения Германии, Т. Ю. Тимофеева впоследствии не упускала из виду и этот период, в своих исследованиях обращая особое внимание на преломление исторических событий в судьбах и восприятии обычных людей, на их непосредственное влияние на ход истории. Ее исследовательское внимание привлекали поколенческие различия в отношении к перестройке, различные трактовки исторической памяти в российской и германской общественной науке. Вместе с профессором факультета иностранных языков и регионоведения МГУ В. В. Захаровым Т. Ю. Тимофеева инициировала и выполнила ряд международных исследовательских проектов, в частности, по истории урановой индустрии ГДР и советско-германского предприятия «Висмут». И в этом случае она смогла реализовать свои научные приоритеты, воссоздав картину повседневной жизни советских специалистов в Восточной Германии77. Т. Ю. Тимофеева является автором нескольких спецкурсов, соавтором учебных программ и пособия по истории Германии78, за 25 лет работы на кафедре под ее руководством подготовлено более тридцати дипломных работ.
Выпускница А. Ю. Ватлина Т. А. Некрасова защитила в 2009 г. кандидатскую диссертацию «Федерализм и политика в землях французской зоны оккупации Германии в 1945–1949 гг.» и сразу же включилась в работу германской секции кафедры, зарядив ее новой энергией и неистощимым энтузиазмом. За 10 лет работы на кафедре новой и новейшей истории она написала ряд статей по различным сюжетам истории Германии в XX веке79, руководила подготовкой более десяти дипломных работ, разработала учебные курсы для нескольких факультетов МГУ имени М. В. Ломоносова.