Никанор Шульгин по приказанию собора выступил с казанским войском в поход против Заруцкого, но, узнав об избрании Михаила, остановился в Арзамасе, написав 15 марта в Москву, что не будет продолжать похода по приговору ратных людей, которые издержали свои запасы и более не могут оставаться на службе; в то же время Шульгин извещал собор, что все казанское войско присягнуло Михаилу, а между тем внушал этому войску, что не должно признавать нового царя, который избран без совета с Казанским государством. Никанор надеялся на козаков и, чтоб возмутить их, оставил войско в Арзамасе и отправился в Казань, но здесь не хотели больше козацкого царства, и когда Шульгин приехал в Свияжск, то уже там ждали его послы из Казани, которые объявили ему, что Казань присягнула Михаилу и что ему, Никанору, туда ехать незачем, а чтоб он не вздумал ослушаться, посадили его за приставов. Государь удивился, узнавши, что Никанор за приставами, и послал из Ростова приказ собору разведать, в каком он деле попался? Дело объяснилось, и Шульгина сослали в Сибирь, где он и умер.
Шульгин надеялся на козаков, и козаки еще не теряли надежды: у них оставался Заруцкий. Опустошивши Михайлов, Заруцкий ушел в Епифань, оставив в Михайлове своего воеводу; но 2 апреля михайловцы миром схватили этого воеводу, посадили за пристава, козаковвольных перехватали и посажали в тюрьму и дали знать об этом в Зарайск и Переяславль Рязанский, прося помощи. Вскоре после этого два козака прибежали из Епифани в Каширу и в расспросе сказывали: «Побежало их от Заруцкого детей боярских и козаков человек с двести, зато к Заруцкому пришло черкас человек с триста; Заруцкий хочет идти в Персию, а Марина с ним идти не хочет, зовет его с собою в Литву, у козаков был об этом круг, и многие козаки хотят обратиться к государю». Потом приехали в Каширу четырнадцать человек козаков и объявили, что у Заруцкого 2500 козаков, кроме новоприбыльных черкас, и что он сказал своему войску поход на Украйну. Получив эти вести, бояре, князь Мстиславский с товарищами, 13 апреля решили идти из Москвы на Заруцкого воеводе князю Ивану Одоевскому с воеводами — из Михайлова, Зарайска, Владимира, Суздаля и других городов; но в то же время боярам дали знать, что Заруцкий убежал из Епифани, выграбил Дедилов, сжег Крапивну, хочет идти на Тулу. Царь отвечал на эти донесения боярам, чтоб они всякими мерами промышляли, над Заруцким поиск учинили и с литовскими людьми ему сойтись не дали. Князь Одоевский выступил из Москвы 19 апреля; в мае дали знать в Москву, что Заруцкий приступал к Ливнам и оттуда пошел к Лебедяни, вследствие чего князю Одоевскому в Тулу был послан приказ идти со всеми людьми на Заруцкого в Донков и к Лебедяни. Одоевский выступил из Тулы, и скоро пришла от него весть, что он сошелся с Заруцким у Воронежа, бился с ним два дня без отдыха и побил наголову, наряд, знамена, обоз взял, языков многих схватил, коши все отбил, и Заруцкий с немногими людьми побежал в степь, за Дон, к Медведице. Так доносил воевода, но летописец говорит, что воеводы Заруцкому ничего не сделали, что он побил множество воронежцев и ушел к Астрахани. Некоторые козаки не хотели следовать в степь за Заруцким и пришли с повинною в Москву, говоря, что вслед за ними будут и другие их товарищи; царь простил их и послал под Смоленск.
Между тем воевода Одоевский с товарищами писал к козакам на Волгу, что «их атаманскою и козачьею службою, радением и дородством Московское государство очистилось и учинилось свободно; и ныне ваша братья, атаманы и козаки, многие по вере христианской поборают, врагов и разорителей доходят и Литовскую землю воюют; а в великих государствах государя нашего строится все доброе, всякие люди пришли в познанье и между собою учинились в любви, в совете и соединении; только теперь от всего Московского государства отлучася, в одной Астрахани ведомый вор и желатель крови христианской, черкашенин Ивашка Заруцкий с Маринкою заводят воровство и смуту».