Местные князья нередко оставались наместниками в своих прежних княжествах, часто под суверенитетом великого князя сохраняли и княжеские права, выдавали жалованные грамоты, имели своих вассалов.
Политический строй Русского государства рубежа XV - XVI вв. развивался в сторону централизации. Великий князь всея Руси уже систематически пользовался титулом государь, а в его власти проявлялись черты самодержца. Даже внешний вид государя во время торжественных церемоний должен был показывать его отличие от подданных. В руках у него скипетр и держава - символы верховной власти. На голове - великокняжеская корона, "шапка Мономаха", выкованная из золота тюбетейка, опушенная мехом и увенчанная уже в Москве крестом. Предполагают, что она была подарена Ивану Калите ханом Узбеком. Официальная же московская легенда начала XVI в. "Сказание о князьях Владимирских" рассказывала, что это якобы византийская корона, перешедшая к Владимиру Мономаху от его деда, византийского императора Константина Мономаха как знак царского достоинства. В 1472 г. овдовевший Иван III женился на племяннице последнего византийского императора Софье (Зое) Палеолог, после чего великокняжеским гербом стал византийский двуглавый орел.
Уже при Василии III один из придворных - Берсень Беклемишев вспоминал, что Иван III любил "встречу", т. е. несогласие с ним. Вероятно, Берсень несколько идеализировал прошлое. Иван III умел беспощадно расправляться с теми приближенными, кто рисковал "высокоумничать".
Характер, который приобрела власть государя, ясно виден на примере событий династического кризиса рубежа XV - XVI вв. Ход событий был таков. От первой жены у Ивана III был сын Иван, которого, чтобы отличить от отца, называли "Молодым". Он умер в 1490 г.; наследником престола стал его сын Дмитрий. В 1498 г. Иван III торжественно венчал своего внука великокняжеским венцом. Софья Палеолог и ее сын Василий тщетно пытались помешать торжеству Дмитрия Внука: жена и сын оказались в опале. Но вскоре ситуация изменилась. Дмитрий Внук и его мать, дочь молдавского господаря Елена Стефановна ("Елена Волошанка"), были близки к религиозным вольнодумцам и даже еретикам. Когда Иван III, сначала сочувствовавший вольнодумцам, вернулся в стан ортодоксов, он приказал арестовать внука и сноху. Стоит обратить внимание на то объяснение, которое давал государь своему решению: "Чи не волен яз, князь великий, в своих детех и в своем княжении? Кому хочу, тому дам княжение". Основой великокняжеской власти была здесь не законность, а личное желание самодержца, деспотический принцип. Государство Иван III считал своей личной собственностью, вотчиной.
При Василии III еще более усилилась великокняжеская власть. Упоминавшийся выше Берсень Беклемишев был казнен за "непригожие речи" о государе. Он, в частности, жаловался в беседах с монахом Максимом Греком, что Василий III важнейшие дела решает "сам-третей у постели", со своим личным окружением. Посол Германской империи Сигизмунд фон Герберштейн, чье сочинение отличается спокойствием оценок и неплохим знанием русской жизни, писал, что ни один из советников Василия III не решается ему противоречить, что его подданные считают, "что воля государя есть воля божья, и что ни сделает государь, он делает по воле божией".
Совещательным органом при великом князе была Боярская дума. Она восходит к временам Древнерусского государства, когда князь "думал" со старшими дружинниками о делах "земли". Совещания князей с боярами продолжались и в период феодальной раздробленности. В первой трети XVI в. сложилось четкое разграничение думных чинов - боярина (повыше) и окольничего. Дума была невелика. В разное время в нее входило от 5 до 12 бояр и не более 12 окольничих. Все они были отпрысками аристократических родов. Состав Думы менялся. До середины XV в.