В ходе войны было много неожиданных и трагических поворотов. Применялось варварское средство расправы с противником - ослепление. Дважды его использовал Василий Васильевич: сначала приказал выколоть глаза боярину Ивану Дмитриевичу Всеволожскому, переметнувшемуся на сторону Юрия Дмитриевича; затем такая же судьба постигла попавшего в плен Василия Косого. Но и Василий Васильевич не избежал этой участи. В 1445 г. казанский хан Улу-Мухаммед совершил набег на Русь. Василий II потерпел поражение и попал в плен, власть захватил Шемяка. Но Василий Васильевич, мастер закулисных комбинаций, обещал хану выплатить огромный выкуп и с ханским ярлыком вернулся в Москву. Шемяка не думал сдаваться. Он использовал справедливое недовольство народа обещанным великим князем выкупом (Шемяка даже говорил, что Василий хану всю землю "процеловал", т. е. поклялся уплатить огромную сумму, поцеловав крест), заключил соглашение с суздальско-нижегородскими князьями о восстановлении независимости их княжества. Стоило через три месяца после возвращения, в феврале 1446 г., Василию поехать на богомолье в Троице-Сергиев монастырь, как Шемяка захватил Москву. Арестованного Василия ослепили и отправили в ссылку в Углич. С тех пор Василий II стал Василием Темным, т. е. слепым. В сентябре Василий Темный поклялся, что не будет стремиться к великокняжескому престолу и стал удельным князем в Вологде. Казалось, Шемяка победил, но выкуп, обещанный Василием, собирать-то приходилось Шемяке. Московские бояре и другие феодалы уже не только были напуганы появлением на первых местах шемякинских приближенных, но потерпели материальный урон: при восстановлении независимости Суздальско-Нижегородского княжества были возвращены местным феодалам вотчины, захваченные или купленные московскими боярами. Общественное мнение постепенно отворачивалось от Шемяки. Роль Василия Темного в ослеплении Ивана Всеволожского и Василия Косого подзабылась, а он сам был свежей жертвой отвратительной жестокости. Поддержал Василия Темного и тверской великий князь Борис Александрович: он, видимо, полагал, что неудачник Василий Темный будет не так опасен для независимости Твери, как Шемяка. Услужливый игумен Кирилло-Белозерского монастыря "снял клятву" с Василия, он переехал в Тверь, где закрепил союз торжественным обручением своего шестилетнего сына Ивана (будущего Ивана III) и четырехлетней тверской княжны Марьи. Со свадьбой, правда, пришлось подождать, пока молодые подрастут: их обвенчали тогда, когда жениху исполнилось 12, а невесте 10.
Через год после своего свержения и ослепления Василий II победоносно въехал в Москву. Московские феодалы отказали Шемяке в поддержке, они не только не стали воевать против Василия, но и переходили на его сторону. Но феодальная война не кончилась: московские войска преследовали Шемяку, пока он не умер в 1453 г., (судя по всему, его отравили).
Феодальная война дорого стоила народу: за распри князей расплачивались жители сожженных дотла и разграбленных городов. Сторонники Василия расправлялись с теми, кто осмелился присягнуть Шемяке, а сторонники Шемяки вешали тех, кто был лоялен к Василию. Театром военных действий была вся страна. Междоусобица усилила власть Орды, снова получившей возможность вмешиваться в политические отношения на Руси.
Вместе с тем феодальная война показала необратимость процесса объединения русских земель вокруг Москвы. По сравнению с междоусобицами предшествующего периода цели, которые ставили враждующие стороны, изменились. Если в XIV в. речь шла о том, Москва или Тверь возглавит объединительный процесс, то теперь велась борьба между князьями Московского дома за обладание Москвой.