Финансовые тяжбы между купцами разбирали городовые магистраты и Главный магистрат. Права промышленников защищали Берг- и Мануфактур-коллегии, они же разбирали взаимоотношения мануфактуристов и работных людей. Военная коллегия рассматривала преступления, совершенные солдатами и офицерами сухопутной армии, и т. д.
Коллегиям подчинялись губернская, провинциальная и уездная администрации.
Порядок рассмотрения дел в коллегиях был разработан Генеральным регламентом, на основе которого строился весь внутренний распорядок учреждений. Помимо Генерального регламента, каждая из коллегий имела свой особый регламент с перечислением конкретных обязанностей по той или иной отрасли управления. К выработке регламентов были привлечены иностранные правоведы, был учтен опыт государственных учреждений Швеции и Дании. Петр I предупреждал: "Которые пункты в шведском регламенте неудобны или с сетуациею сего государства несходны, и оные ставить по своему разсуждению".
С образованием коллегий были уточнены структура Сената, его права и обязанности. Изменился состав Сената. Первоначально все президенты коллегий являлись членами Сената. Но уже в 1722 г. Петр I признал, что такой состав Сената лишал возможности контролировать работу коллегий и противоречил бюрократическому принципу подчиненности низших учреждений высшему. В том же году при Сенате была учреждена высшая в стране должность генерал-прокурора, а в коллегиях - прокуроров. Обязанность прокуратуры состояла в осуществлении гласного надзора за деятельностью Сената и коллегий. В отличие от фискалов, не вмешивавшихся в ход решения того или иного вопроса, а лишь доносивших о замеченных злоупотреблениях обер-фискалу, прокуроры в коллегиях и генерал-прокурор Сената, заметив нарушение законности тут же должны были его устранить. Петр I назвал генерал-прокурора "оком государевым" и "стряпчим в делах государственных". Первым генерал-прокурором Сената был Павел Ягужинский, человек весьма деятельный и властный, умевший придать своей должности высокий престиж Все центральные учреждения и Сенат находились в Петербурге, в Москве они имели конторы.
К 1719 г. изменилась также структура областной администрации. Вместо губернии основной единицей административного управления стала провинция. Их было около пятидесяти. Деление губернии сохранилось, но во власти губернаторов осталось управление губернским городом и командование войсками, расквартированными на территории губернии. По остальным вопросам провинциальные воеводы сносились непосредственно с коллегиями и Сенатом.
В итоге административных преобразований в России было завершено оформление абсолютной монархии. Царь получил возможность неограниченно и бесконтрольно управлять страной при помощи полностью зависимых от него чиновников. Неограниченная власть монарха нашла законодательное выражение в 20-м артикуле Воинского устава и Духовном регламенте. Там отмечено, что "монархов власть есть самодержавная, которым повиноваться сам Бог повелевает". Внешним выражением утвердившегося в России абсолютизма является принятие в 1721 г. Петром I титула императора и наименования "Великий". К важнейшим признакам абсолютизма относятся бюрократизация аппарата управления и его централизация. Реформы центрального и местного управления создали внешне стройную иерархию учреждений от Сената в центре до воеводской канцелярии в уездах.
Административные реформы, сопровождавшиеся созданием иерархии учреждений и иерархии чиновников, вооруженных регламентами, уставами и наставлениями завершили возникновение в России бюрократии. Без бюрократии не может существовать ни одно цивилизованное государство.