Сразу же он начал энергично проводить церковную реформу, одобренную церковными соборами с участием восточных патриархов. Наиболее существенные новшества коснулись церковных обрядов. Никон заменил обычай креститься двумя пальцами троеперстием, велел произносить слово "аллилуйя" не дважды, а трижды, двигаться вокруг аналоя не по солнцу ("посолонь"), а против него. Изменениям подверглась и одежда священнослужителей и монахов. В самом тексте богослужебных книг произведены замены одних слов другими, по сути равнозначными. Так "певцы" заменены "песнопевцами", "вечное" "бесконечным", "видевшие" - "узревшими" и т. д.
Поначалу споры между ревнителями и сторонниками реформы носили келейный характер и не выходили за рамки богословских рассуждений узкого круга лиц. Но, став патриархом, Никон круто порвал с кружком ревнителей и выслал их из Москвы. Был сослан в Сибирь и Аввакум.
Вслед за Никоном с ревнителями порвал и царь. На первых порах он не вмешивался в проведение реформы. Но после того, как Никон оставил патриаршество, царь стал продолжателем дела, начатого патриархом. Надежды ревнителей на то, что с уходом Никона прекратятся "мудрования", не оправдались. Церковный собор 1666 - 1667 гг. объявил проклятие всем противникам реформы, предал их суду "градских властей", которые должны были руководствоваться статьей Уложения 1649 г., предусматривавшей сожжение на костре всякого, "кто возложит хулу на господа Бога". В разных местах страны запылали костры, на которых гибли ревнители старины. Подвижнической смерью погиб и протопоп Аввакум. После многолетнего заточения в земляной тюрьме он был сожжен на костре в 1682 г.
После собора 1666 - 1667 гг. споры между сторонниками и противниками реформы были перенесены в гущу народных масс и чисто религиозное движение приобрело социальную окраску. Силы споривших между собой никониан и старообрядцев были неравны: на стороне никониан находилась церковь и государственная власть, в то время как их противники располагали только одним средством нападения и защиты - словом.
Старообрядчество - сложное движение как по составу участников, так и по существу. Общим лозунгом был возврат к старине, протест против всех новшеств. Однако различные социальные группы вкладывали в понятие "старины" неодинаковое содержание.
Казалось бы обрядовые новшества не должны были вызывать фанатичную приверженность к старине, но новшества поддерживала государственная власть, обрушившая на расколоучителей суровые кары, утвердила Уложение 1649 г., жестоко расправилась с выступлением городских низов, организовала сыск беглых с целью возвращения их помещикам, в крови утопила движение Разина. Старообрядцы боролись против официальной церкви, поддерживаемой государством, посягавшей на весь уклад веками сложившейся жизни, и этого было достаточно, чтобы вызвать протест низов.
Проповеди расколоучителей находили отклик и у стрельцов, так как они связывали со стариной вольготную службу в столице, жизнь, не обремененную походами, широкое участие в торгах и промыслах.
В рядах раскольников было немало представителей черного и белого духовенства. У них старина ассоциировалась с привычным выполнением обрядов, заученными молитвами и т. д.
Среди старообрядцев встречаются и имена бояр. Для них старина означала возврат к боярскому самовластию, отрицание государственной централизации, протест против формировавшегося абсолютизма.
На длительном пути своего существования старообрядчество являлось то знаменем открытой вооруженной борьбы с самодержавием, то символом не только пассивного непротивления злу, но и самоуничтожения, выразившегося в массовых "гарях" (самосожжениях) последней четверти XVII в.