Вопреки запрету Никон расширял патриаршие владения за счет царских пожертвований и приобретения новых земель. На небывалую высоту он вознес церковное благолепие, его патриаршее облачение, украшенное жемчугом, золотом и драгоценными камнями общим весом в полтора пуда, стоило свыше полумиллиона золотых рублей (на деньги начала XX в.).
Властный, не терпевший возражений патриарх за малейшую провинность сурово наказывал подчиненных церковнослужителей. Более того, беспредельно честолюбивый Никон, пользуясь покровительством государя, бесцеремонно вторгался в светские дела, чем вызывал недовольство бояр; они докладывали ему, как и царю, стоя. В отсутствие царя, отбывшего в 1654 г. на театр военных действий, он рассылал указы, используя следующий титул: "Указал царь великий князь всея Руси Алексей Михайлович и мы, великий государь и патриарх". До этого патриархи, за исключением Филарета, величали себя "великим господином", а не "великим государем". Никон упорно стремился к осуществлению своей мечты о полном подчинении царской власти патриарху. Царь наконец осознал эту опасность. Восторженное отношение к "собинному другу" сменилось охлаждением, особенно усилившимся после неудачной войны со Швецией, затеянной по настойчивому совету патриарха. По внушению враждебных к Никону бояр, а также бывших друзей патриарха из кружка "ревнителей древнего благочестия", к которому до патриаршества принадлежал сам, царь перестал являться на богослужения, отправляемые патриархом. Никон, закусив удила, продолжал гнуть свою линию, надеясь сломить волю слабохарактерного монарха: патриарх на продолжительное время уезжал в Новый Иерусалим - храм, сооруженный по его повелению, являвшийся точной копией подлинного храма в Иерусалиме, отличавшийся роскошным убранством. Он совершал шаги, один рискованнее другого.
Однажды Никон после службы в Успенском соборе облачился в простую монашескую одежду и присутствовавшей пастве огласил: "От сего времени не буду вам патриархом" - и отправился в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь. Никон полагал, что царь станет униженно просить его не покидать патриаршества. Этого, однако, не случилось. Царь ограничился тем, что справился у Никона, для чего патриаршество оставляет, затем сдержанно просил не покидать трон и, наконец, обратился с просьбой дать благословение на замещение патриаршего места Крутицким митрополитом Питиримом.
Никон понял, что поединок с царем он проигрывает, и решил проявить смирение, согласившись, чтобы патриархом стал митрополит Крутицкий и подписался в письме к царю в 1658 г. так: "Смиренный Никон, бывший патриарх". В действительности Никон вовсе не собирался стать "бывшим патриархом". Это был тактический шаг, рассчитанный на восстановление прежних отношений с царем путем выражения покорности.
Царь, однако, решился на избрание нового патриарха. Когда Никон уяснил для себя, что примирение с царем невозможно, он в 1660 г. заявил, что не отказывался от патриаршества, а четыре года спустя, в декабре 1664 г., дал знать, что считает себя патриархом, - он неожиданно для всех появился в Успенском соборе, откуда отправил послание царю, в котором, в частности, писал: "Сошел он с престола никем гоним, а ныне пришел на свой престол никем зовом". Примирения не состоялось и на этот раз: царь созвал находившихся в Москве архиереев и, опираясь на их мнение, велел Никону возвращаться в Новый Иерусалим.
После этого демарша Никон убедился в невозможности вернуть себе патриаршество, согласился отречься от сана, но просил сохранить за ним три монастыря со всеми владениями и привилегиями, а также право назначать в эти монастыри всех духовных лиц.